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Jupyterでgraphvizを動かす

Last updated at 2019-01-08Posted at 2019-01-08

XGBoostのplotはGraphvizというライブラリを使っているらしい。
ちょっと触ってみた。

環境

以下の環境で実行しました。

予め必要なパッケージをインストールしておく

$ brew list graphviz
$ pip install graphviz

パッケージがインストールされていることを確認する

!brew list | grep graphviz
!dot -V
!pip list | grep graphviz

graphviz
dot - graphviz version 2.40.1 (20161225.0304)
graphviz                           0.10.1

ライブラリが利用できることを確認する

import graphviz
display(graphviz.__version__)

'0.10.1'

# ライブラリ読み込み
from graphviz import Digraph

# インスタンス作成
dot = Digraph()

# ノードの属性を設定
dot.attr('node', shape='circle')

# ノードを登録
dot.node('P', 'P')
dot.node('D', 'D')
dot.node('C', 'C')
dot.node('A', 'A')

# エッジの属性を登録
dot.attr('edge', arrowsize='2')

# エッジを登録
dot.edge('P', 'D')
dot.edge('D', 'C')
dot.edge('C', 'A')
dot.edge('A', 'P')

# 生成されたソースコードを確認
print(dot)

digraph {
	node [shape=circle]
	P [label=P]
	D [label=D]
	C [label=C]
	A [label=A]
	edge [arrowsize=2]
	P -> D
	D -> C
	C -> A
	A -> P
}

# 出力フォーマットを指定
dot.engine = 'circo'
dot.filename = 'PDCA'
dot.format = 'png'
dot.render(view = True)

'PDCA.png'