メモとして残します。

■やり方

with WScript.CreateObject("Excel.Application")
    .DisplayAlerts = False ' アラートダイアログを表示しない。
    Set book = .WorkBooks.Open("開くエクセルファイルのパス")
    Set sheet = book.WorkSheets.Item(1) 'とりあえず1番目のシートを取得

    '変数「sheet」に対して処理など・・・・

    book.Saveas("保存先パス") '.DisplayAlertsがfalseであれば同名ファイルは上書きされる。

    .Quit()  ' Excel.Applicationを破棄
end with

■さいごに

おそらくCOMオブジェクト？を呼びしだしてそのオブジェクトの操作をしているだけなのでVBSで、というよりかは、COMオブジェクトを用いて、エクセルを開いて、編集、名前を付けて保存という表現が正しい気がします。