自分用のメモとして残します。
#■やり方
事前に対象ブランチをチェックアウトする。
下記のコマンドで対象ファイルを削除
git filter-branch -f --index-filter 'git rm --ignore-unmatch ファイルパス' HEAD
#####このままではリモートと競合するため、リモート側の対象ブランチを削除
git push origin :ブランチ名
#####その後ローカルブランチをコミットする。
git push origin ブランチ名
以上。