超Python初心者なんで、ハマり倒したのでメモ
from PIL import Image
im = Image.open("input.png")
alpha = im.split()[3]
im = im.convert('RGB').convert('P', palette=Image.ADAPTIVE, colors=255)
mask = Image.eval(alpha, lambda a: 255 if a <=128 else 0)
im.paste(255, mask)
im.save('export.gif', transparency=255)
細かい部分で何しているかわかってないですが、自分と同じことで時間を使ってしまう人が減るように・・