とあるPDFビューアでPDFのページにローテーションがかかっている場合に、
そのページ内のリンクの表示がずれてしまうということがありました。
Acrobat XIを使って各ページ毎のローテーションを変更する方法を調べたので書き残しておきます。

※縦横向きが混在した紙の資料をスキャンして1つのPDFにしたときにも、各ページごとにローテーション指定して保存しておくと、単純にPDF閲覧がしやすくなると思います。

手順は下記のとおりです。

1. PDFの該当ページにローテーションがかかっているか確認

1-1. [編集]->[プリフライト]メニューを実行

1-2. プリフライトウィンドウの [オプション]->[PDFの内部構造を参照...]メニューを実行

1-3. PDFの内部構造ウィンドウで該当ページの"Rotate"属性を確認。

2. PDFのページの回転を設定

2-1. ページサムネールを表示し、対象とするページを右クリックし、[ページを回転...]メニューを実行

2-2. "方向"と"ページ範囲"を選択してOKボタンを押下(今回は方向:180°、ページ範囲:選択したページにしています)

3-1. 前述の[1-1]〜[1.3]の手順でPDFの内部構造を確認し、"Rotate"属性がなくなっていることを確認

3-2. PDFを開き直しても変更したページごとのローテーション通りに表示されることも確認できます。