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githubにある最新版(2015/10/27)をビルドしてみたところ、.nvimrcが読み込まれないようだったので調べて見た.
どうやら、つい直前のマージで、デフォルトでXDG Base Directory Specificationに対応したらしい.
なので、これ以降は$HOME/.nvimrcではなく、~/.config/nvim/init.vimに設定を書かなくてはならないようだ.
詳しくは、:help vim-differencesまたはWeb版のヘルプ(vim-differences)に書いてあるのでそちらを参照してほしい.

ただ、ホームディレクトリが綺麗になっていくのはいいが、.nvimrcも読み込んで置いて、起動時にXGD_CONFIG_HOMEに移行せよといったエラーメッセージを出すようにして欲しかった気がする...
helpに書いてあるのに気づかずに、githubのissueを漁ってしまった.(何人かこのことについて、issueを立てている人がいた)

参考
[RFC] XDG base directory specification support
Support XDG directory specification
Ubuntu フォルダー構造 その10 - XDG Base Directory Specificationについて