大まかな流れから。

Laravel JetStream

php artisan jetstream:install livewire --dark

この --dark オプションをつけると、諸々がダークモードでインストールされます。
該当オプションは vendor/laravel/jetstream/src/Console/InstallCommand.php の中に書いてあるのでわかりやすいんですけど、

vendor/laravel/jetstream/src/Console/InstallCommand.php

    protected function removeDarkClasses(Finder $finder)
    {
        foreach ($finder as $file) {
            file_put_contents($file->getPathname(), preg_replace('/\sdark:[^\s"\']+/', '', $file->getContents()));
        }
    }

と書いてある通り、設定ファイルの dark: のところを消してます。
で、どのファイルを対象にしているかというと tailwind.config.js です。

tailwind.config.js

export default {
    dark: 'class',
};

消してるのはこの辺。

WireUI

しかし、Livewire用の拡張UIの WireUI をインストールすると、ダークモードが解除されてしまいます。

composer require wireui/wireui

これの原因は tailwind.config.js に追記する下記の設定のせいです。

tailwind.config.js

module.exports = {
    ...
    presets: [
        ...
        require("./vendor/wireui/wireui/tailwind.config.js")
    ],
    content: [
        ...
        "./vendor/wireui/wireui/src/*.php",
        "./vendor/wireui/wireui/ts/**/*.ts",
        "./vendor/wireui/wireui/src/WireUi/**/*.php",
        "./vendor/wireui/wireui/src/Components/**/*.php",
    ],
    ...
}

presets で vendor/wireui/wireui/tailwind.config.js を参照するようになってますね。
こいつの中をみると、

vendor/wireui/wireui/tailwind.config.js

const colors = require('tailwindcss/colors')

/** @type {import('tailwindcss').Config} */
module.exports = {
    (略)

  darkMode: 'class',
  
    (略)

とまあ、ばっちり darkMode のパラメーターが復活してます。
こいつがあるとデフォルトでダークモードが有効になりません。

なので一手間、body タグにでもクラスをつけてあげるようにしましょう。
私の場合は layout に埋めてます。

resources/views/layouts/app.blade.php

    <body class="font-sans antialiased dark">

dark の文字列を付けたり消したりすれば良いので、設定ファイルや env で制御したり、JavaScript でクラスを付けたり消したりすれば良いでしょう。

細かくは Tailwind のマニュアルを参考にどうぞ。
Tailwind DarkMode