こちらの資料を参考しながらこの手順を用意しました。
https://docs.aws.amazon.com/quickstart/latest/linux-bastion/

keypair 用意

ないなら、EC2へアクセスできるようにKeyPairを作成します。

aws ec2 create-key-pair --key-name bastion-keypair --region ap-northeast-1

ローカルでPrivate Key bastion.pemを用意

vi ~/.ssh/bastion.pem
{上記で出力されたPRIVATE KEY情報をファイルに書き込む}

# ファイル権限更新
sudo chmod 400 ~/.ssh/bastion.pem

Bastion用のSecurity Groupを作成

# Create security group
aws ec2 create-security-group --group-name bastion-sg --vpc-id {使用するVPCID} --description "security group for basition instance(s) for acting as a intermediate jump of point for rds acccess"

注意：CIDRを適切なIPで絞るべき

SSHアクセスを許可

# Add authorization for ssh(port 22) to ingress
aws ec2 authorize-security-group-ingress \
--group-id $(aws ec2 describe-security-groups --query 'SecurityGroups[?GroupName==`bastion-sg`].GroupId' --output text) \
--protocol tcp \
--port 22 \
--cidr "0.0.0.0/0"

現状のRDS　Security Groupとの通信を許可

export EXISTING_RDS_SECURITY_GROUPID={RDS Security Group ID }
aws ec2 authorize-security-group-ingress --group-id ${EXISTING_RDS_SECURITY_GROUPID} \
--protocol tcp \
--port 5432 \
--cidr "0.0.0.0/0" \
--source-group $(aws ec2 describe-security-groups --query 'SecurityGroups[?starts_with(GroupName, `bastion-sg`)].GroupId' --output text)

踏み台用のEC2を作成

ami-0f63c02167ca94956: Ubuntu 18.04 LTS

aws ec2 run-instances --image-id ami-0f63c02167ca94956 --count 1 --instance-type t2.micro --key-name bastion-keypair --security-group-ids $(aws ec2 describe-security-groups --query 'SecurityGroups[?starts_with(GroupName, `bastion-sg`)].GroupId' --output text) --subnet-id {PUBLIC SUBNET ID} --associate-public-ip-address

# 出たインスタンスIDを使って、用意されるまで待つ
aws ec2 wait instance-status-ok --instance-ids　{INSTANCE ID}

SSHで踏み台（BASTION）サーバへアクセスして、DBに接続します。

# IPを取得
aws ec2 describe-instances --instance-id {INSTANCE_ID}  --query "Reservations[*].Instances[*].PublicIpAddress"   --output=text

ssh -i ~/.ssh/bastion.pem ubuntu@{IP ADDRESS}

SSHで踏み台（BASTION）サーバにインストールしたいライブラリー・ツール

# Pythonツール系インストールできるように準備
sudo apt update
sudo apt install python3-distutils
curl https://bootstrap.pypa.io/get-pip.py -o get-pip.py
sudo python3 get-pip.py 
sudo apt install build-essential

# python headersを取得（パッケージをビルド時に使用される）
sudo apt install python3-dev

# DBへ接続確認ために
sudo python3 -m pip install pgcli

SSH Tunnelにより、同じPCにDBがあるように接続する

自分のPCからTunnel貼る：

postgresqlを使用例

# LOCAL_PORT:REMOTE_ADDRESS:REMOTE_PORT
ssh -nNT -L 5432:{VPC内のRDSIPADDRESS}:5432 -i ~/.ssh/bastion.pem ubuntu@{IP ADDRESS} &

自分のPCからDBにへ接続：

pgcli postgresに接続できる簡易CLI
```
pgcli -h 127.0.0.1 -p 5433 -d annotation_tool -U readonly -W
```