メディアンフィルタをかける場合を例として書いてみます


//main部分だけ
int _tmain(int argc, _TCHAR* argv[])
{
	IplImage *img;
	Mat dst; 

	img = cvLoadImage("ファイル名", CV_LOAD_IMAGE_GRAYSCALE); //グレースケールの部分は任意

   //IplImage型のimg -> Mat型のsrc
	Mat(src) = img;
   //srcにメディアンフィルタをかけてdstとして出力
	cv::medianBlur(src, dst, 3);
   //Mat型のdst -> IplImageのresult
	IplImage result = dst;

   //出力するときはこんな感じです
	cvShowImage("元画像", img);
	cvShowImage("処理後", &result);
   //保存する場合
	cvSaveImage("median.bmp", &result);
}

こんなに簡単なのに検索ですぐに見つからないので自分用にまとめてみました