結論

さっさと結論を述べてしまうと、settings.xmlは以下のディレクトリにあります。(環境はmacOS 10.13.2/IntelliJ IDEA 2017.3.2 (Ultimate Edition))

maven3のsettings.xml: /Applications/IntelliJ IDEA.app/Contents/plugins/maven/lib/maven3/conf/settings.xml
maven2のsettings.xml: /Applications/IntelliJ IDEA.app/Contents/plugins/maven/lib/maven2/conf/settings.xml

こちらにありました。

ちなみに

ちなみにProxyの設定であれば、以下のような方法もあるようです。

この方法を使うと、プロジェクトに対して設定できるので、常にProxyが必要な環境とかでもない限りはこちらの方が都合がいいのかもしれませんね。

settings.xmlのProxy設定は以下参照。