minttyをWindowsのタスクバーにピン留めして、-i とかオプションを指定して起動すると別のアイコンがタスクバーに追加されて、複数起動するとそっちでグループ化されていた。
これを解消する方法がman minttyに記述されていた。
1) ~/.minttyrc に以下を追記
AppID=mintty
minttyは何でもよい
2) https://code.google.com/archive/p/win7appid/ からダウンロードしたWin7AppId1.1.exeを実行（2014-09-17時点で1.1）
https://github.com/mintty/utils にもある
$ ./Win7AppId1.1.exe "C:/Users/xxx/AppData/Roaming/Microsoft/Internet Explorer/Quick Launch/User Pinned/TaskBar/Terminal.lnk" mintty
minttyは.minttyrcのAppIDで指定した文字列を指定する。
これで、ショートカットにAppIDが設定されて？タスクバーのピン留めされたアイコンが起動中を示す状態になる。
追記（2018-09-20)
以下が参考になる