生じた問題

GNOME デスクトップを使っていて /etc/default/keyboard を編集して、CapsLock を Ctrl にしようとしたのに期待された挙動になりませんでした。

書き込んだ設定

/etc/default/keyboard

# CapsLock をなくして Ctrl にする
XKBOPTIONS="ctrl:nocaps"

期待された挙動

CapsLock が Ctrl になる
CapsLock の機能をもつキーは消える

実際の挙動

CapsLock が Ctrl になる
左 Ctrl が CapsLock の機能になる

この挙動はctrl:nocaps ではなく ctrl:swapcaps の挙動です。仮想コンソールを開くとちゃんと nocaps の仕様になっているようなので、これは GNOME デスクトップの設定と競合しているのだと推測しました。

対処法

ターミナルで dconf-editor を実行します。

$ dconf-editor

GUI の設定画面が開くので org > gnome > desktop > input-sources > xkb-options を開きます。そこに Custom Value 欄があり、['ctrl:nocaps', 'ctrl:swapcaps'] などと並んでいるので必要な内容（ここでは 'ctrl:swapcaps' を削除する）に編集します。

参考資料

How to allow for caps-lock keyboard layout change - Unix & Linux Stack Exchange