Windows+Tomcat環境でTomcatを起動すると(tomcat\bin\startup.bat)、コマンドプロンプトはSJISで表示するのに対し、TomcatのログがUTF-8になっているため、日本語表示で文字化けが発生します。
tomcat\conf\logging.propertiesを開き、51行目を以下のようにSJISに変更します。
tomcat\conf\logging.properties
# java.util.logging.ConsoleHandler.encoding = UTF-8
java.util.logging.ConsoleHandler.encoding = SJIS
これで再度Tomcatを起動すると、日本語部分の文字化けは解消される。