docker start を行うとコンテナはDockerイメージから起動します。
ところがApache をインストールしたWEBコンテナにて、/etc/httpd/conf.d 配下のファイルを編集後、docker stop して、再度docker start してもコンテナ上の設定は残っています。
■ 仮説
結局、Dockerイメージを利用して起動する部分は局所的なんでしょ？！
と仮設を立てて、いろいろなファイルをいじってみました。（まだ検証途中ですが、分かってる範囲で追記していきます。切りがないと言えば切りがないですが、みなさんの何かの助けになれば・・・）
＜イメージから起動されて、設定が残らないファイル＞
/etc/hosts
/etc/hostname
/etc/resolv.conf
systemctl disable mysql → インストール方法によるものなのかな。。。。
＜docker stop / docker start を実行しても設定が残るファイル＞
（おそらく上記設定が残らないファイルに記載されているもの以外）
/etc/httpd 配下
/etc/hosts.allow
/etc/hosts.deny
/etc/ssh/sshd_config
systemctl enable / disable の情報