処理の流れは以下のとおりです。

grid画面でmultipleSelect()を使用して一つの項目で複数選択できるようにします
multipleSelect()で取得した配列で中間テーブルを検索します
中間テーブルで多対多で紐づくテーブルのIDを検索し、全てヒットするもう一つの外部キーをgroupbyとhavingを使用して特定します
$query->whereIn に特定した外部キーの配列を渡してフィルタします

ActivationKeyCreateHistoryProduct.php (中間テーブル)

<?php

namespace App\Models;

use Illuminate\Database\Eloquent\Model;

class ActivationKeyCreateHistoryProduct extends Model
{
    protected $table = 'activation_key_create_history_product';

    public static function ActivationKeyCreateHistoryProducts($productIds)
    {
        return ActivationKeyCreateHistoryProduct::whereIn('product_id', $productIds)
            ->groupBy('activation_key_create_history_id')
            ->havingRaw('count(distinct product_id) = ' . count($productIds))
            ->get('activation_key_create_history_id');
    }
}

ActivationKeyCreateHistoryController.php (フィルタ部分)

        $grid->filter(function ($filter) {
            $filter->where(function ($query) {
                $aKCreateHistoryProducts = ActivationKeyCreateHistoryProduct::ActivationKeyCreateHistoryProducts($this->input);
                $aKCreateHistoriesIds = [];
                foreach ($aKCreateHistoryProducts as $item) {
                    $aKCreateHistoriesIds[] = $item['activation_key_create_history_id'];
                }

                $query->whereIn('id', $aKCreateHistoriesIds);

            }, 'Products')->multipleSelect(Product::pluck('name', 'id')->toArray());
        });