解決方法をメモしておく。
CIのバージョンは3.1.6。
(バージョンはCodeIgniter.phpに書いてあるのを確認する)

#事象
codeigniterを使ってメール送信する機能を作ったが、iphoneのメーラーで受信した時に件名や本文が文字化けした。
ちなみにAndroidやPCのメーラー(thunderbirdとか)は文字化けしなかった。

元のソースはこれ

Mail.php

$config = array(
    'protocol' => 'sendmail',
    'mailpath' => '/usr/sbin/sendmail',
    '_encoding' => '7bit',
    'charset'  => 'ISO-2022-JP',
    'newline'  => '\r\n',
    'mailtype'  => 'text',
    'validation' => FALSE,
    'wordwrap' => FALSE,
    'send_multipart' => FALSE
);
// メール送信
$this->load->library('parser');
// テンプレートに変数をアサイン
$data['message'] = $this->parser->parse('template/email/email_text', $data['email_text'], TRUE);
// メールライブラリ
$this->load->library('email',$config);
$this->email->set_newline("\r\n");
$this->email->from(FROM_EMAIL, mb_encode_mimeheader(FROM_NAME, "ISO-2022-JP", "UTF-8,EUC-JP,auto"));
$this->email->to($data['email']['user_email']);
$this->email->subject(mb_convert_encoding(FROM_SUBJECT, "ISO-2022-JP", "UTF-8,EUC-JP,auto"));
$this->email->message(mb_convert_encoding($data['message'], "ISO-2022-JP", "UTF-8,EUC-JP,auto"));
// メール送信
$mail_status = '1';
try{
    if( !$this->email->send() ) {
        log_message('debug', print_r($this->email->print_debugger(), true));
        $mail_status = '9';
    }
}catch( Exception $e ){
    log_message('debug', print_r($e, true));
    $mail_status = '9';
}

メールの件名はconstants.phpに定義

constants.php

define('FROM_EMAIL', 'noreply@～');	//送信者アドレス
define('FROM_NAME', '送信者名');	//送信者名
define('FROM_SUBJECT', '登録が完了しました。');	//メールのタイトル

#修正してみた
まずは、件名と本文のmb_convert_encodingをやめることに。
UTF-8ならば表示されるはず…？

Mail.php

$this->email->subject(FROM_SUBJECT);
$this->email->message($data['message']);

で、メール送信してみたけど、まだ文字化けしてる。

調べてみるとCI_Email(Emailsystem\librariesにあるEmail.php)内で、なにやら問題があるよう。

Email.php

	public function subject($subject)
	{
		$subject = $this->_prep_q_encoding($subject);  <--ココ
		$this->set_header('Subject', $subject);
		return $this;
	}

	public function message($body)
	{
		$this->_body = rtrim(str_replace("\r", '', $body));  <--ココ

		if ( ! is_php('5.4') && get_magic_quotes_gpc())
		{
			$this->_body = stripslashes($this->_body);  <--ココ
		}

		return $this;
	}

これを使わないようにしたいので、Email.phpをオーバーライドしたMY_Email.phpを作成。
application\librariesに置けばOK。

MY_Email.php

<?php
defined('BASEPATH') OR exit('No direct script access allowed');

class MY_Email extends CI_Email {

	 public function __construct()
     {
        parent::__construct();
     }

     private function _set_header($header, $value)
     {
         $this->_headers[$header] = $value;
     }

     public function subject($subject)
     {
         $this->set_header('Subject', $subject);
         return $this;
     }

     public function message($body)
     {
         $this->_body = $body;
         return $this;
     }
}

これで確認してみたところ、文字化けが解消！…と思いきや
ところどころにまだ文字化けが。

たぶん自動改行されてて、その改行コードが文字化けしてるっぽい。

Mail.phpのconfigで'wordwrap' => FALSE,にしてたけど、MY_Emailの中で親のコンストラクタ呼んでるから、configが効いてなかった。
emailライブラリをloadした後に自動改行をoffにしてやれば良さそう。

Mail.php

// メールライブラリ
$this->load->library('email',$config);
$this->email->set_newline("\r\n");
$this->email->set_wordwrap(FALSE); <--ここに追記
$this->email->from(FROM_EMAIL, mb_encode_mimeheader(FROM_NAME, "ISO-2022-JP", "UTF-8,EUC-JP,auto"));
$this->email->to($data['email']['user_email']);
$this->email->subject(FROM_SUBJECT);
$this->email->message($data['message']);

ようやく文字化け解消！