iTerm2をv3系にアップデートしたら Cmd+Shift+; でフォントサイズが拡大できなくなりました。
手元の環境はMac OSX EI Capitan 10.11.6 + iTerm2 v3.1.beta.6です。
フォントサイズを拡大しようとショートカット Cmd+Shift+; を押すと 「About Shell Integration」 というダイアログが出てきます。
「OK」を押してダイアログを閉じても、フォントサイズが大きくなりません。
仕方がないので「Install Now」でインストールしてみたんですけど、インストール後も Cmd+Shift+; も同じダイアログが出てきて、やっぱりフォントサイズが拡大できません。
ほんとまじなんなんこいつ。俺はただフォントサイズを大きくしたいだけなんだ。
このダイアログを無効化する方法は分かりませんでしたが、暫定の回避策として、キーボードショートカットじゃなくても、トラックパッドのピンチアウト（二本指で広げる）動作でフォントサイズが拡大できることに気付きました。
まったく納得がいかないですが、メニューからプロファイルを開くよりかはまぁマシ。
誰かもうちょっとマシな回避策を見つけたら教えて下さい。