ので、FormData の第3引数に encodeURIComponent したファイル名を設定、
test.html
<input type="file" id="file" />
<script>
let file = document.querySelector("#file");
let body = new FormData();
body.append("file1", file.files[0], encodeURIComponent("日本語.jpg"));
fetch("upload.php", {
method: "POST",
body: body,
}).then(function(res){
// 以下略...
</script>
受け側で urldecode して対応。
upload.php
<?php
$fileName = urldecode($_FILES["file1"]["name"]);
echo $fileName; // 日本語.jpg