CloudFrontのキャッシュ削除はAWSコンソールから手動で行うことができますが、
デプロイ時に自動化するために、EC2からキャッシュ削除する方法をまとめました。

EC2+S3+CloudFrontは構築済みの前提で説明します。

1. 準備

デプロイ時の状況をシミュレーションするための準備をします。

1-1. S3へファイルアップロードする

まずはテスト用のファイルをアップロードします。
AWSコンソール > サービス > S3 > 該当バケット > アップロード
でS3へ適当な画像ファイルやHTMLファイルなどをアップロードします。

次へを押して、後の確認のためパブリックアクセス権を付与してください。

それ以外の設定はデフォルトでOKで、アップロードを押してください。

アップロードされたもの詳細を表示し、オブジェクトURLへアクセスし内容を確認してください、

ちなみに今回アップロードしたものはこのような内容です。

CloudFrontのURLへアクセスします。
AWSコンソール > サービス > CloudFront > 該当のディストリビューション
で詳細を表示し、Domain Nameを確認します。

その後ろに、S3でアップロードしたオブジェクトのパスを付与すると該当のファイルへのURLとなります。
https://<domain name>/<object name>

同じ内容が表示されていればOKです。

ちなみに自分は↓の現象に当たったので、S3バケットを作り直しました。
S3+CloudFrontでS3のURLにリダイレクトされてしまう場合の対処法 | Developers.IO
でも作り直さなくても気長に反映されるまで待てば問題ないです。

1-2. S3のファイル上書きする

オリジンサーバ(S3)とキャッシュサーバ(CloudFront)の内容に差異をつけるため、S3の内容を変更します。
先ほどと同じ手順で、同じファイル名かつ違う内容のファイルをS3にアップロードすればOKです。

再アップロードした後、先ほどアクセスしたS3のURLとCloudFrontのURLへそれぞれアクセスし、
S3は変更後の内容、CloudFrontは変更前の内容になっていることを確認します。

CloudFrontのステータスコードは304(リソース未更新)が返ってきていると思います。

2. キャッシュ削除する

CloudFrontキャッシュの削除とは、公式だとファイルの無効化(CreateInvalidation)を指します。
これを行うためにCloudFront APIを利用します。
このAPIを利用する方法として、シェルスクリプトで行う場合と、PHPで行う場合を説明します。

2-1. シェルスクリプトで削除する

AWS CLIをインストール＆設定したのちに
$ aws cloudfront create-invalidation
のコマンドでキャッシュ削除することができます。
詳細：[create-invalidation — AWS CLI 2.0.24 Command Reference]
(https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/cloudfront/create-invalidation.html)

EC2の任意フォルダ内に以下のファイルを作成

clear_cache.sh

#!/bin/bash

echo "CloudFront cache clear..."
aws cloudfront create-invalidation \
--distribution-id "EDFDVBD6EXAMPLE" \
--paths "/*"

権限付与して実行

$ chmod 755 clear_cache.sh
$ ./clear_cache.sh

出力結果

CloudFront cache clear...
{
    "Invalidation": {
        "Status": "InProgress", 
        "InvalidationBatch": {
            "Paths": {
                "Items": [
                    "/*"
                ], 
                "Quantity": 1
            }, 
            "CallerReference": "cli-1592983262-260490"
        }, 
        "Id": "XXXXXXXXXX", 
        "CreateTime": "2020-06-24T07:21:03.500Z"
    }, 
    "Location": "https://cloudfront.amazonaws.com/2019-03-26/distribution/EDFDVBD6EXAMPLE/invalidation/XXXXXXXXXX"
}

参考
CloudFrontキャッシュを削除するシェルスクリプトを書いてみた。 - Qiita

2-2. PHPで削除する

今回はPHPですが、AWS SDKは他の言語もいろいろあるのでなんでも良いと思います。

AWS SDK for PHPをインストールしたのち
Aws\CloudFront\CloudFrontClient のオブジェクトを利用して
$result = $client->createInvalidation();または
$promise = $client->createInvalidationAsync();
のコマンドでキャッシュ削除することができます。
AWS SDK for PHP 3.x

EC2の任意フォルダ内に以下のファイルを作成

clear_cache.php

<?php
require 'vendor/autoload.php';

use Aws\CloudFront\CloudFrontClient;
use Aws\Exception\AwsException;

echo('CloudFront cache clear...'."\n");

$access_key = "xxxxxx";
$access_secret = "xxxxxx";
$distribution_id = "XXXXXX";
$paths = [
    '/*',
];

$client = new CloudFrontClient([
    'region'  => 'us-east-1',
    'version' => '2019-03-26',
    'credentials' => [
        'key'    => $access_key,
        'secret' => $access_secret,
    ],
]);

/** @var \Aws\Result $result */
$result = $client->createInvalidation([
    'DistributionId' => $distribution_id,
    'InvalidationBatch' => [
        'Paths' => [
            'Quantity' => count($paths),
            'Items' => $paths,
        ],
        'CallerReference' => time(),
    ],
]);

var_dump($result);
?>

実行


$ php clear_cache.php

出力結果

CloudFront cache clear...
/home/ec2-user/clear_cache.php:37:
class Aws\Result#90 (2) {
  private $data =>
  array(3) {
    'Invalidation' =>
    array(4) {
      'Id' =>
      string(14) "xxxxxxx"
      'Status' =>
      string(10) "InProgress"
      'CreateTime' =>
      class Aws\Api\DateTimeResult#109 (3) {
        ...
      }
      'InvalidationBatch' =>
      array(2) {
        ...
      }
    }
    'Location' =>
    string(99) "https://cloudfront.amazonaws.com/2019-03-26/distribution/XXXXXX/invalidation/I2WADC1K0L962S"
    '@metadata' =>
    array(4) {
      'statusCode' =>
      int(201)
      'effectiveUri' =>
      string(84) "https://cloudfront.amazonaws.com/2019-03-26/distribution/XXXXXX/invalidation"
      'headers' =>
      array(5) {
        ...
      }
      'transferStats' =>
      array(1) {
        ...
      }
    }
  }
  private $monitoringEvents =>
  array(0) {
  }
}

参考
AWS PHP SDK v3 で Amazon CloudFront のキャッシュをパージする | コンクリートファイブジャパン - concrete5 Japan Inc.

3. 確認

CloudFrontのステータスが「配備済み(APPROVED)」に変わってから
CloudFrontのURL https://<domain name>/<object name> へアクセス。
内容が変更後のものになったことを確認します。
ステータスコードも304ではなく200になっています。

コンソールでログ確認

一応 AWSコンソール > サービス > CloudTrail でログを確認します。
（他にCloudFrontのログ設定しているものがあればそちらを見れば良いと思います。）

エラーコードに何も表示されていなければ成功です。