最初は１つのRailsプロジェクトだったのですが、
webpackerを外したことにより、フロントエンドとバックエンドと同じにしている理由もなくなり、
デプロイする工程においてはむしろ作業が増えるので、分割することにしました。
その時のメモです。
少しでも同じ課題を抱えている方の参考になれば。

分割したいプロジェクトをclone

分割用に別途プロジェクトを用意しましょう。
失敗してもリセットできるように念の為

git clone リポジトリURL

プロジェクトから不要リソースを取り除く（コミット履歴も含めて）

git filter-branchコマンドで不要リソースを指定
例）バックエンドのリポジトリを作る場合はフロントエンドのリソースを指定する

# ファイル名の部分に「package.json frontend」といった感じにスペース区切りで記載していく ディレクトリも指定可
git filter-branch --tree-filter 'rm -rf ファイル名' -f --prune-empty

コミット履歴が多いと時間がかかります。
終わったらプロジェクトを見て指定したファイルが消えていることを確認しましょう

github等で新しいリポジトリを作成しましょう

git remote set-url origin 新リポジトリURL
git push origin master

これで指定したファイルを除いた形で新リポジトリに引っ越しができました。
これをバックエンドとフロントエンド両方やる形で無事分割ができました！