SRA toolkitの使い方 #bioinformatics

あまり使わないコマンドなのでメモ用に取っておく。

最新版はこちらからダウンロードしてください。

使ったバージョン

2.8.2-1 (CentOS Linux 64 bit用）

使用例

SRAをダウンロードするとき

#単体の場合 （--max-sizeはなんとなくつけてます）
prefetch --max-size 200G SRR123456

#複数のSRAをダウンロードしたいとき
prefetch --max-size 200G --option-file <SRA list>

SRAからFASTQに変換するとき

#Single-endの場合
fastq-dump SRR123456.sra

#Paired-endの場合
fastq-dump --split-files --defline-seq '@$ac:$si:$sn $ri:N:0:' --defline-qual '+' SRR123456.sra

Paired-endの場合、--split-filesオプションをつけないとsingleとして出力されてしまいますので、ご注意を。