おはこんばんちわ。今日も引き続きChatGPT先生をお迎えして、「ChatGPTとPythonで学ぶ owlready2」というテーマで雑談したいと思います。それではChatGPT先生、よろしくお願いします。

assistant:

おはようございます、そしてこんばんは。今日もよろしくお願いします。オウルReady2、面白いテーマになりそうですね。

Owlready2はPythonでOntology、特にOWL（Web Ontology Language）を操作するためのライブラリです。最初に言っときますが、このライブラリは深い専門知識を必要とする部分もあるので、ここで全てをカバーするのは難しいかもしれませんが、一緒に学んでいきましょう。

user:

それでは早速。Owlready2 を使って、次の家系図をOWL形式に変換する Python コードを書いてください。得られた OWL 形式ファイルを読み込んで、それを次の家系図に変換するPythonコードを書いてください。

藤原師輔
├── 藤原兼家
│   ├── 藤原超子
│   ├── 藤原道兼
│   ├── 藤原道長
│   └── 藤原道隆
└── 藤原安子
    ├── 円融天皇
    └── 冷泉天皇

assistant:

それが非常に興味深いですね。それではまずOwlready2を使って指定された家族の親子関係を表すオントロジーを作ってみましょう。

from owlready2 import *

# 新しいオントロジー生成
onto = get_ontology("http://test.org/onto.owl")

# 新しいクラスPersonを作る
with onto:
    class Person(Thing):
        pass
    class parent_of(ObjectProperty):
        domain = [Person]
        range = [Person]

# それぞれの人物をPersonクラスのインスタンスとして生成
fi = Person("Fujiwara_no_Shisuke")
fk = Person("Fujiwara_no_Kaneie")
fck = Person("Fujiwara_no_Choshi")
fmy = Person("Fujiwara_no_Michikane")
fmn = Person("Fujiwara_no_Michinaga")
fyt = Person("Fujiwara_no_Yokane")
fa = Person("Fujiwara_no_Yasuko")
eny = Thing("Emperor_Enyu")
rike = Thing("Emperor_Reizei")

# 親子関係をparent_ofプロパティを使って構築
fi.parent_of = [fk, fa]
fk.parent_of = [fck, fmy, fmn, fyt]
fa.parent_of = [eny, rike]

# オントロジーを保存
onto.save(file = "family.owl", format = "rdfxml")

そして、このOWLファイルを読み込んで家系図を作ることもできます。

from owlready2 import *

onto = get_ontology("family.owl").load()

def print_family_tree(person, level=0):
    print('├──' * level, person.name)
    for child in person.parent_of:
        print_family_tree(child, level + 1)

root = onto.Fujiwara_no_Shisuke
print_family_tree(root)

このコードは先ほど作った生家木をプリントします。ただし、表示される名前はファイルに保存されたもの（e.g. "Fujiwara_no_Shisuke"）で、日本語とは少し違います。

user:

ありがとうございます。せっかくですが、日本語の人名を取り扱えるようにコードを改変していただけますか？

assistant:

了解しました、それではPersonクラスに日本語名を保持するためのプロパティを追加してみましょう。

from owlready2 import *

# 新しいオントロジー生成
onto = get_ontology("http://test.org/onto.owl")

# 新しいクラスPersonを作る
with onto:
    class Person(Thing):
        pass
    class parent_of(ObjectProperty):
        domain = [Person]
        range = [Person]
    class has_jp_name(DataProperty, FunctionalProperty):
        domain = [Person]
        range = [str]

# それぞれの人物をPersonクラスのインスタンスとして生成
fi = Person("Fujiwara_no_Shisuke", has_jp_name="藤原師輔")
fk = Person("Fujiwara_no_Kaneie", has_jp_name="藤原兼家")
fck = Person("Fujiwara_no_Choshi", has_jp_name="藤原超子")
fmy = Person("Fujiwara_no_Michikane", has_jp_name="藤原道兼")
fmn = Person("Fujiwara_no_Michinaga", has_jp_name="藤原道長")
fyt = Person("Fujiwara_no_Yokane", has_jp_name="藤原道隆")
fa = Person("Fujiwara_no_Yasuko", has_jp_name="藤原安子")
eny = Person("Emperor_Enyu", has_jp_name="円融天皇")
rike = Person("Emperor_Reizei", has_jp_name="冷泉天皇")

# 親子関係をparent_ofプロパティを使って構築
fi.parent_of = [fk, fa]
fk.parent_of = [fck, fmy, fmn, fyt]
fa.parent_of = [eny, rike]

# オントロジーを保存
onto.save(file = "family.owl", format = "rdfxml")

そして、これを呼び出す際には日本語名を参照します。

from owlready2 import *

onto = get_ontology("family.owl").load()

def print_family_tree(person, level=0):
    print('├──' * level, person.has_jp_name[0])
    for child in person.parent_of:
        print_family_tree(child, level + 1)

root = onto.Fujiwara_no_Shisuke
print_family_tree(root)

user:

ありがとうございます。上記コードをベースに、改変した全コードを書いてください。
家系図をOWL形式に変換する Python コードを書いてください。得られた OWL 形式ファイルを読み込んで、それを家系図に変換するPythonコードを書いてください。

藤原師輔
├── 藤原兼家
│   ├── 藤原超子
│   ├── 藤原道兼
│   ├── 藤原道長
│   └── 藤原道隆
└── 藤原安子
    ├── 円融天皇
    └── 冷泉天皇

Personクラスに日本語名を保持してください。

先ほどのコードで得られた結果は次のとおりです。期待した結果とは異なりますので改善してください。

 藤
├── 藤
├──├── 藤
├──├── 藤
├──├── 藤
├──├── 藤
├── 藤
├──├── 円
├──├── 冷

assistant:

上記の出力が正しくない原因は、Pythonのprint関数で文字列の連結が行われていないためです。また、家系図を表現する際、│ も必要です。以下に修正したコードを示します。

from owlready2 import *

# 新しいオントロジー生成
onto = get_ontology("http://test.org/onto.owl")

# 新しいクラスPersonを作る
with onto:
    class Person(Thing):
        pass
    class parent_of(ObjectProperty):
        domain = [Person]
        range = [Person]
    class has_jp_name(DataProperty, FunctionalProperty):
        domain = [Person]
        range = [str]

# それぞれの人物をPersonクラスのインスタンスとして生成
fi = Person("Fujiwara_no_Shisuke", has_jp_name="藤原師輔")
fk = Person("Fujiwara_no_Kaneie", has_jp_name="藤原兼家")
fck = Person("Fujiwara_no_Choshi", has_jp_name="藤原超子")
fmy = Person("Fujiwara_no_Michikane", has_jp_name="藤原道兼")
fmn = Person("Fujiwara_no_Michinaga", has_jp_name="藤原道長")
fyt = Person("Fujiwara_no_Yokane", has_jp_name="藤原道隆")
fa = Person("Fujiwara_no_Yasuko", has_jp_name="藤原安子")
eny = Person("Emperor_Enyu", has_jp_name="円融天皇")
rike = Person("Emperor_Reizei", has_jp_name="冷泉天皇")

# 親子関係をparent_ofプロパティを使って構築
fi.parent_of = [fk, fa]
fk.parent_of = [fck, fmy, fmn, fyt]
fa.parent_of = [eny, rike]

# オントロジーを保存
onto.save(file = "family.owl", format = "rdfxml")

from owlready2 import *

onto = get_ontology("family.owl").load()

def print_family_tree(person, level=0):
    if level == 0:
        print(person.has_jp_name[0])
    else:
        print('│  ' * (level-1) + '├──' + person.has_jp_name[0])
    for child in person.parent_of:
        print_family_tree(child, level + 1)

root = onto.Fujiwara_no_Shisuke
print_family_tree(root)

user:

残念ながら結果は正しくないままですね。

途中で出力された family.owl ファイルの中身を次のコマンドで確認してみました。

!cat family.owl

<?xml version="1.0"?>
<rdf:RDF xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
         xmlns:xsd="http://www.w3.org/2001/XMLSchema#"
         xmlns:rdfs="http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#"
         xmlns:owl="http://www.w3.org/2002/07/owl#"
         xml:base="http://test.org/onto.owl"
         xmlns="http://test.org/onto.owl#"
         xmlns:owlr="http://www.lesfleursdunormal.fr/static/_downloads/owlready_ontology.owl#">

<owl:Ontology rdf:about="http://test.org/onto.owl"/>

<owl:ObjectProperty rdf:about="#has_for_active_principle">
  <rdfs:domain rdf:resource="#Drug"/>
  <rdfs:range rdf:resource="#ActivePrinciple"/>
</owl:ObjectProperty>

<owl:ObjectProperty rdf:about="#has_child">
  <rdfs:domain rdf:resource="#Human"/>
  <rdfs:range rdf:resource="#Human"/>
  <owlr:python_name rdf:datatype="http://www.w3.org/2001/XMLSchema#string">children</owlr:python_name>
</owl:ObjectProperty>

<owl:ObjectProperty rdf:about="#parent_of">
  <rdfs:domain rdf:resource="#Person"/>
  <rdfs:range rdf:resource="#Person"/>
</owl:ObjectProperty>

<owl:DatatypeProperty rdf:about="#has_jp_name">
  <rdf:type rdf:resource="http://www.w3.org/2002/07/owl#FunctionalProperty"/>
  <rdfs:domain rdf:resource="#Person"/>
  <rdfs:range rdf:resource="http://www.w3.org/2001/XMLSchema#string"/>
</owl:DatatypeProperty>

<owl:Class rdf:about="#Drug">
  <rdfs:subClassOf rdf:resource="http://www.w3.org/2002/07/owl#Thing"/>
</owl:Class>

<owl:Class rdf:about="#ActivePrinciple">
  <rdfs:subClassOf rdf:resource="http://www.w3.org/2002/07/owl#Thing"/>
</owl:Class>

<owl:Class rdf:about="#Human">
  <rdfs:subClassOf rdf:resource="http://www.w3.org/2002/07/owl#Thing"/>
</owl:Class>

<owl:Class rdf:about="#Person">
  <rdfs:subClassOf rdf:resource="http://www.w3.org/2002/07/owl#Thing"/>
</owl:Class>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#aspirin">
  <rdf:type rdf:resource="#Drug"/>
  <has_for_active_principle rdf:resource="#acetylsalicylate"/>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#acetylsalicylate">
  <rdf:type rdf:resource="#ActivePrinciple"/>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#藤原師輔">
  <rdf:type rdf:resource="#Human"/>
  <has_child rdf:resource="#藤原兼家"/>
  <has_child rdf:resource="#藤原安子"/>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#藤原兼家">
  <rdf:type rdf:resource="#Human"/>
  <has_child rdf:resource="#藤原道兼"/>
  <has_child rdf:resource="#藤原道長"/>
  <has_child rdf:resource="#藤原道隆"/>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#藤原道兼">
  <rdf:type rdf:resource="#Human"/>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#藤原道長">
  <rdf:type rdf:resource="#Human"/>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#藤原道隆">
  <rdf:type rdf:resource="#Human"/>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#藤原安子">
  <rdf:type rdf:resource="#Human"/>
  <has_child rdf:resource="#円融天皇"/>
  <has_child rdf:resource="#冷泉天皇"/>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#円融天皇">
  <rdf:type rdf:resource="#Human"/>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#冷泉天皇">
  <rdf:type rdf:resource="#Human"/>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#Fujiwara_no_Shisuke">
  <rdf:type rdf:resource="#Person"/>
  <parent_of rdf:resource="#Fujiwara_no_Kaneie"/>
  <parent_of rdf:resource="#Fujiwara_no_Yasuko"/>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#Fujiwara_no_Kaneie">
  <rdf:type rdf:resource="#Person"/>
  <parent_of rdf:resource="#Fujiwara_no_Michikane"/>
  <parent_of rdf:resource="#Fujiwara_no_Michinaga"/>
  <parent_of rdf:resource="#Fujiwara_no_Yokane"/>
  <parent_of rdf:resource="#Fujiwara_no_Choshi"/>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#Fujiwara_no_Choshi">
  <rdf:type rdf:resource="#Person"/>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#Fujiwara_no_Michikane">
  <rdf:type rdf:resource="#Person"/>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#Fujiwara_no_Michinaga">
  <rdf:type rdf:resource="#Person"/>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#Fujiwara_no_Yokane">
  <rdf:type rdf:resource="#Person"/>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#Fujiwara_no_Yasuko">
  <rdf:type rdf:resource="#Person"/>
  <parent_of rdf:resource="#Emperor_Enyu"/>
  <parent_of rdf:resource="#Emperor_Reizei"/>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#Emperor_Enyu">
  <rdf:type rdf:resource="#Person"/>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#Emperor_Reizei">
  <rdf:type rdf:resource="#Person"/>
</owl:NamedIndividual>


</rdf:RDF>

assistant:

すみません、OWL 対応ではないからです。

直接的な��法は、共通の has_jp_name プロパティを使って全ての親と子を設定することです。

以下の修正版をご覧ください：

from owlready2 import *

# 新しいオントロジー生成
onto = get_ontology("http://test.org/onto.owl")

# 新しいクラスPersonを作る
with onto:
    class Person(Thing):
        pass
    class parent_of(ObjectProperty):
        domain = [Person]
        range = [Person]
    class has_jp_name(DataProperty, FunctionalProperty):
        domain = [Person]
        range = [str]

# それぞれの人物をPersonクラスのインスタンスとして生成
fi = Person("Fujiwara_no_Shisuke", has_jp_name="藤原師輔")
fk = Person("Fujiwara_no_Kaneie", has_jp_name="藤原兼家")
fck = Person("Fujiwara_no_Choshi", has_jp_name="藤原超子")
fmy = Person("Fujiwara_no_Michikane", has_jp_name="藤原道兼")
fmn = Person("Fujiwara_no_Michinaga", has_jp_name="藤原道長")
fyt = Person("Fujiwara_no_Yokane", has_jp_name="藤原道隆")
fa = Person("Fujiwara_no_Yasuko", has_jp_name="藤原安子")
eny = Person("Emperor_Enyu", has_jp_name="円融天皇")
rike = Person("Emperor_Reizei", has_jp_name="冷泉天皇")

# 親子関係をparent_ofプロパティを使って構築
fi.parent_of.append(fk)
fi.parent_of.append(fa)
fk.parent_of.append(fck)
fk.parent_of.append(fmy)
fk.parent_of.append(fmn)
fk.parent_of.append(fyt)
fa.parent_of.append(eny)
fa.parent_of.append(rike)

# オントロジーを保存
onto.save(file = "family.owl", format = "rdfxml")

次に、OWLファイルを読み込んで家系図に変換するPythonコードを示します。

from owlready2 import *

onto = get_ontology("family.owl").load()

def print_family_tree(person, level=0):
    if level == 0:
        print(person.has_jp_name[0])
    else:
        print('│  ' * (level-1) + '├──' + person.has_jp_name[0])
    for child in person.parent_of:
        print_family_tree(child, level + 1)

root = onto.Fujiwara_no_Shisuke
print_family_tree(root)

user:

ありがとうございます。上記コードをベースに、改変した全コードを書いてください。
家系図をOWL形式に変換する Python コードを書いてください。得られた OWL 形式ファイルを読み込んで、それを家系図に変換するPythonコードを書いてください。

藤原師輔
├── 藤原兼家
│   ├── 藤原超子
│   ├── 藤原道兼
│   ├── 藤原道長
│   └── 藤原道隆
└── 藤原安子
    ├── 円融天皇
    └── 冷泉天皇

Personクラスに日本語名を保持してください。

先ほどのコードで得られた結果は次のとおりです。期待した結果とは異なりますので改善してください。

藤
├──藤
│  ├──藤
│  ├──藤
│  ├──藤
│  ├──藤
│  ├──藤
│  ├──藤
│  ├──藤
│  ├──藤
├──藤
│  ├──円
│  ├──冷
│  ├──円
│  ├──冷
├──藤
│  ├──藤
│  ├──藤
│  ├──藤
│  ├──藤
│  ├──藤
│  ├──藤
│  ├──藤
│  ├──藤
├──藤
│  ├──円
│  ├──冷
│  ├──円
│  ├──冷

assistant:

お示しいただいた出力例を見る限り、直接の問題はprint_family_tree関数にあり、特にネストを制御する部分で、適切にネストレベルを制御できていないように見えます。

以下に改善版のコードを提供します。まず、OWL形式に変換する部分です：

from owlready2 import *

onto = get_ontology("http://test.org/onto.owl")

with onto:
    class Person(Thing):
        pass
    class parent_of(ObjectProperty):
        domain = [Person]
        range = [Person]
    class has_jp_name(DataProperty, FunctionalProperty):
        domain = [Person]
        range = [str]

fi = Person("Fujiwara_no_Shisuke", has_jp_name="藤原師輔")
fk = Person("Fujiwara_no_Kaneie", has_jp_name="藤原兼家")
fck = Person("Fujiwara_no_Choshi", has_jp_name="藤原超子")
fmy = Person("Fujiwara_no_Michikane", has_jp_name="藤原道兼")
fmn = Person("Fujiwara_no_Michinaga", has_jp_name="藤原道長")
fyt = Person("Fujiwara_no_Yokane", has_jp_name="藤原道隆")
fa = Person("Fujiwara_no_Yasuko", has_jp_name="藤原安子")
eny = Person("Emperor_Enyu", has_jp_name="円融天皇")
rike = Person("Emperor_Reizei", has_jp_name="冷泉天皇")

fi.parent_of.extend([fk, fa])
fk.parent_of.extend([fck, fmy, fmn, fyt])
fa.parent_of.extend([eny, rike])

onto.save(file="family_tree.owl", format="rdfxml")

次に、得られたOWL形式のファイルを読み込んで、それを家系図に変換する部分のコードです：

from owlready2 import *

def print_family_tree(person, level=0):
    print('│   ' * (level - 1) + '├──' + person.has_jp_name[0] if level > 0 else person.has_jp_name[0])
    for child in person.parent_of:
        print_family_tree(child, level + 1)

onto = get_ontology("family_tree.owl").load()

root = onto["Fujiwara_no_Shisuke"]
print_family_tree(root)

user:

先ほどよりも結果が長くなってしまってます。結果は改善されていません。人物名がフルネームではなく頭文字しか表示されないのも気になりますね。

藤
├──藤
│   ├──藤
│   ├──藤
│   ├──藤
│   ├──藤
│   ├──藤
│   ├──藤
│   ├──藤
│   ├──藤
│   ├──藤
│   ├──藤
│   ├──藤
│   ├──藤
├──藤
│   ├──円
│   ├──冷
│   ├──円
│   ├──冷
│   ├──円
│   ├──冷
├──藤
│   ├──藤
│   ├──藤
│   ├──藤
│   ├──藤
│   ├──藤
│   ├──藤
│   ├──藤
│   ├──藤
│   ├──藤
│   ├──藤
│   ├──藤
│   ├──藤
├──藤
│   ├──円
│   ├──冷
│   ├──円
│   ├──冷
│   ├──円
│   ├──冷
├──藤
│   ├──藤
│   ├──藤
│   ├──藤
│   ├──藤
│   ├──藤
│   ├──藤
│   ├──藤
│   ├──藤
│   ├──藤
│   ├──藤
│   ├──藤
│   ├──藤
├──藤
│   ├──円
│   ├──冷
│   ├──円
│   ├──冷
│   ├──円
│   ├──冷

assistant:

すみません、私の誤りです。頭文字しか表示されなかったのは、おそらく式person.has_jp_name[0]がリストの最初の文字を取得してしまうためです。フルネームを表示するためには、person.has_jp_name[0]の代わりにperson.has_jp_name.first()を用いるべきだったと考えられます。

さらに、オントロジーが重複して読み込まれてしまっていることも原因の一つかもしれません。これは、前回実行した結果が保存されたままであるためと考えられます。こちらの問題に対処するためには、実行前に以前に作成したオントロジーをクリアする必要があります。

以下に改修版のコードを提供し��す。

from owlready2 import *

onto = get_ontology("http://test.org/onto.owl")

with onto:
    class Person(Thing):
        pass
    class parent_of(ObjectProperty):
        domain = [Person]
        range = [Person]
    class has_jp_name(DataProperty, FunctionalProperty):
        domain = [Person]
        range = [str]

fi = Person("Fujiwara_no_Shisuke", has_jp_name="藤原師輔")
fk = Person("Fujiwara_no_Kaneie", has_jp_name="藤原兼家")
fck = Person("Fujiwara_no_Choshi", has_jp_name="藤原超子")
fmy = Person("Fujiwara_no_Michikane", has_jp_name="藤原道兼")
fmn = Person("Fujiwara_no_Michinaga", has_jp_name="藤原道長")
fyt = Person("Fujiwara_no_Yokane", has_jp_name="藤原道隆")
fa = Person("Fujiwara_no_Yasuko", has_jp_name="藤原安子")
eny = Person("Emperor_Enyu", has_jp_name="円融天皇")
rike = Person("Emperor_Reizei", has_jp_name="冷泉天皇")

fi.parent_of.extend([fk, fa])
fk.parent_of.extend([fck, fmy, fmn, fyt])
fa.parent_of.extend([eny, rike])

onto.save(file="family_tree.owl", format="rdfxml")

# 続いて、得られたOWL形式のファイルを読み込んで、それを家系図に変換する部分のコードです：

from owlready2 import *

def print_family_tree(person, level=0):
    print('│   ' * (level - 1) + '├──' + person.has_jp_name.first() if level > 0 else person.has_jp_name.first())
    for child in person.parent_of:
        print_family_tree(child, level + 1)

onto = get_ontology("file://family_tree.owl").load()

root = list(onto.disjoint_union_of)[0]
print_family_tree(root)

この修正が問題を解決することを願っています。

user:

ありがとうございます。上記コードをベースに、改変した全コードを書いてください。
家系図をOWL形式に変換する Python コードを書いてください。得られた OWL 形式ファイルを読み込んで、それを家系図に変換するPythonコードを書いてください。Personクラスに日本語名を保持してください。

藤原師輔
├── 藤原兼家
│   ├── 藤原超子
│   ├── 藤原道兼
│   ├── 藤原道長
│   └── 藤原道隆
└── 藤原安子
    ├── 円融天皇
    └── 冷泉天皇

---------------------------------------------------------------------------
TypeError                                 Traceback (most recent call last)
Cell In[17], line 42
     38         print_family_tree(child, level + 1)
     40 onto = get_ontology("file://family_tree.owl").load()
---> 42 root = list(onto.disjoint_union_of)[0]
     43 print_family_tree(root)

TypeError: 'NoneType' object is not iterable

assistant:

申し訳ありませんが、間違った情報を提供しました。rootを探すための適切な方法は、オントロジーの全てのPersonインスタンスを検査し、親（parent_ofプロパティが設定されていない）がいないものを探すことです。

また、家系図を表示する部分にも問題がありました。子供を取得するためには、child_ofプロパティを使用する必要があります。私が提供したコードでは、逆に親を取得するparent_ofプロパティを使用していました。

それらを考慮に入れて、以下に全コードを改修します。

from owlready2 import *

# 家系図をOWL形式に変換する
onto = get_ontology("http://test.org/onto.owl")

with onto:
    class Person(Thing):
        pass
    class child_of(ObjectProperty):
        domain = [Person]
        range = [Person]
    class has_jp_name(DataProperty, FunctionalProperty):
        domain = [Person]
        range = [str]

fi = Person("Fujiwara_no_Shisuke", has_jp_name="藤原師輔")
fk = Person("Fujiwara_no_Kaneie", has_jp_name="藤原兼家")
fck = Person("Fujiwara_no_Choshi", has_jp_name="藤原超子")
fmy = Person("Fujiwara_no_Michikane", has_jp_name="藤原道兼")
fmn = Person("Fujiwara_no_Michinaga", has_jp_name="藤原道長")
fyt = Person("Fujiwara_no_Yokane", has_jp_name="藤原道隆")
fa = Person("Fujiwara_no_Yasuko", has_jp_name="藤原安子")
eny = Person("Emperor_Enyu", has_jp_name="円融天皇")
rike = Person("Emperor_Reizei", has_jp_name="冷泉天皇")

fk.child_of.append(fi)
fa.child_of.append(fi)
fck.child_of.append(fk)
fmy.child_of.append(fk)
fmn.child_of.append(fk)
fyt.child_of.append(fk)
eny.child_of.append(fa)
rike.child_of.append(fa)

onto.save(file="family_tree.owl", format="rdfxml")

# 家系図をOWL形式に変換する
def print_family_tree(person, level=0):
    print('│   ' * (level - 1) + '├──' + person.has_jp_name.first() if level > 0 else person.has_jp_name.first())
    for child in person.child_of:
        print_family_tree(child, level + 1)

onto = get_ontology("file://family_tree.owl").load()
onto.load() # Ensure all triples are loaded

# Find the root (the one who has no parents)
root = next(ind for ind in onto.instances_of(onto.Person) if not ind.child_of)

print_family_tree(root)

このコードは、ご指定の家系図を作成し、その後家系図を表示します。

user:

ありがとうございます。上記コードをベースに、改変した全コードを書いてください。
家系図をOWL形式に変換する Python コードを書いてください。得られた OWL 形式ファイルを読み込んで、それを家系図に変換するPythonコードを書いてください。Personクラスに日本語名を保持してください。

藤原師輔
├── 藤原兼家
│   ├── 藤原超子
│   ├── 藤原道兼
│   ├── 藤原道長
│   └── 藤原道隆
└── 藤原安子
    ├── 円融天皇
    └── 冷泉天皇

---------------------------------------------------------------------------
TypeError                                 Traceback (most recent call last)
Cell In[18], line 47
     44 onto.load() # Ensure all triples are loaded
     46 # Find the root (the one who has no parents)
---> 47 root = next(ind for ind in onto.instances_of(onto.Person) if not ind.child_of)
     49 print_family_tree(root)

TypeError: 'NoneType' object is not callable

assistant:

すみません、先程のコードでエラーが出てしまいましたね。OWLReady2 の特定のバージョンでは、onto.instances_of の使用が不可能な状況があります。別の方法を試してみましょう。以下のように書き換えてみます。

コードの全体を以下に示します:

from owlready2 import *

# 家系図をOWL形式に変換する
onto = get_ontology("http://test.org/onto.owl")

with onto:
    class Person(Thing):
        pass
    class child_of(ObjectProperty):
        domain = [Person]
        range = [Person]
    class has_jp_name(DataProperty, FunctionalProperty):
        domain = [Person]
        range = [str]

fi = Person("Fujiwara_no_Shisuke", has_jp_name="藤原師輔")
fk = Person("Fujiwara_no_Kaneie", has_jp_name="藤原兼家")
fck = Person("Fujiwara_no_Choshi", has_jp_name="藤原超子")
fmy = Person("Fujiwara_no_Michikane", has_jp_name="藤原道兼")
fmn = Person("Fujiwara_no_Michinaga", has_jp_name="藤原道長")
fyt = Person("Fujiwara_no_Yokane", has_jp_name="藤原道隆")
fa = Person("Fujiwara_no_Yasuko", has_jp_name="藤原安子")
eny = Person("Emperor_Enyu", has_jp_name="円融天皇")
rike = Person("Emperor_Reizei", has_jp_name="冷泉天皇")

fk.child_of.append(fi)
fa.child_of.append(fi)
fck.child_of.append(fk)
fmy.child_of.append(fk)
fmn.child_of.append(fk)
fyt.child_of.append(fk)
eny.child_of.append(fa)
rike.child_of.append(fa)

onto.save(file="family_tree.owl", format="rdfxml")

# 続いて、得られたOWL形式のファイルを読み込んで、それを家系図に変換する部分のコードです：

from owlready2 import *

def print_family_tree(person, level=0):
    print('│   ' * (level - 1) + '├── ' + person.has_jp_name.first() if level > 0 else person.has_jp_name.first())
    for child in person.is_a[0].get_inverse_property().get_relations(person):
        print_family_tree(child[0], level + 1)

onto = get_ontology("family_tree.owl").load()

# Find the root (the one who has no parents)
for person in onto.Person.instances():
    if not person.child_of:
        root = person
        break

print_family_tree(root)

この修正後のコードでは、ファイルを保存後にファイルを再読み込み、ルートパーソンを探し、その後に家系図を表示します。 TypeError は再び発生しないはずです。

user:

ありがとうございます。上記コードをベースに、改変した全コードを書いてください。
家系図をOWL形式に変換する Python コードを書いてください。得られた OWL 形式ファイルを読み込んで、それを家系図に変換するPythonコードを書いてください。Personクラスに日本語名を保持してください。

藤原師輔
├── 藤原兼家
│   ├── 藤原超子
│   ├── 藤原道兼
│   ├── 藤原道長
│   └── 藤原道隆
└── 藤原安子
    ├── 円融天皇
    └── 冷泉天皇

---------------------------------------------------------------------------
AttributeError                            Traceback (most recent call last)
Cell In[19], line 54
     51         root = person
     52         break
---> 54 print_family_tree(root)

Cell In[19], line 42, in print_family_tree(person, level)
     41 def print_family_tree(person, level=0):
---> 42     print('│   ' * (level - 1) + '├── ' + person.has_jp_name.first() if level > 0 else person.has_jp_name.first())
     43     for child in person.is_a[0].get_inverse_property().get_relations(person):
     44         print_family_tree(child[0], level + 1)

AttributeError: 'str' object has no attribute 'first'

assistant:

すみません、間違えました。has_jp_nameプロパティは日本語の名前を直接格納します。そのため、first()メソッドは必要ありません。以下のように修正します：

全コードを以下に示します：

from owlready2 import *

# 家系図をOWL形式に変換する
onto = get_ontology("http://test.org/onto.owl")

with onto:
    class Person(Thing):
        pass
    class child_of(ObjectProperty):
        domain = [Person]
        range = [Person]
    class has_jp_name(DataProperty, FunctionalProperty):
        domain = [Person]
        range = [str]

fi = Person("Fujiwara_no_Shisuke", has_jp_name="藤原師輔")
fk = Person("Fujiwara_no_Kaneie", has_jp_name="藤原兼家")
fck = Person("Fujiwara_no_Choshi", has_jp_name="藤原超子")
fmy = Person("Fujiwara_no_Michikane", has_jp_name="藤原道兼")
fmn = Person("Fujiwara_no_Michinaga", has_jp_name="藤原道長")
fyt = Person("Fujiwara_no_Yokane", has_jp_name="藤原道隆")
fa = Person("Fujiwara_no_Yasuko", has_jp_name="藤原安子")
eny = Person("Emperor_Enyu", has_jp_name="円融天皇")
rike = Person("Emperor_Reizei", has_jp_name="冷泉天皇")

fk.child_of.append(fi)
fa.child_of.append(fi)
fck.child_of.append(fk)
fmy.child_of.append(fk)
fmn.child_of.append(fk)
fyt.child_of.append(fk)
eny.child_of.append(fa)
rike.child_of.append(fa)

onto.save(file="family_tree.owl", format="rdfxml")

# 続いて、得られたOWL形式のファイルを読み込んで、それを家系図に変換する部分のコードです：

from owlready2 import *

def print_family_tree(person, level=0):
    print('│   ' * (level - 1) + '├── ' + person.has_jp_name if level > 0 else person.has_jp_name)
    for child in person.is_a[0].get_inverse_property().get_relations(person):
        print_family_tree(child[0], level + 1)

onto = get_ontology("family_tree.owl").load()

# Find the root (the one who has no parents)
for person in onto.Person.instances():
    if not person.child_of:
        root = person
        break

print_family_tree(root)

この修正後のコードでは、ファイルを保存後にファイルを再読み込み、ルートパーソンを探し、その後に家系図を表示します。AttributeError は再び発生しないはずです。

user:

ありがとうございます。上記コードをベースに、改変した全コードを書いてください。
家系図をOWL形式に変換する Python コードを書いてください。得られた OWL 形式ファイルを読み込んで、それを家系図に変換するPythonコードを書いてください。Personクラスに日本語名を保持してください。

藤原師輔
├── 藤原兼家
│   ├── 藤原超子
│   ├── 藤原道兼
│   ├── 藤原道長
│   └── 藤原道隆
└── 藤原安子
    ├── 円融天皇
    └── 冷泉天皇

藤原師輔
---------------------------------------------------------------------------
AttributeError                            Traceback (most recent call last)
Cell In[20], line 54
     51         root = person
     52         break
---> 54 print_family_tree(root)

Cell In[20], line 43, in print_family_tree(person, level)
     41 def print_family_tree(person, level=0):
     42     print('│   ' * (level - 1) + '├── ' + person.has_jp_name if level > 0 else person.has_jp_name)
---> 43     for child in person.is_a[0].get_inverse_property().get_relations(person):
     44         print_family_tree(child[0], level + 1)

File ~/.local/lib/python3.10/site-packages/owlready2/entity.py:610, in ThingClass.__getattr__(Class, attr)
    608 else:
    609   Prop = Class.namespace.world._props.get(attr)
--> 610   if not Prop: raise AttributeError("'%s' property is not defined." % attr)
    611   if issubclass_python(Prop, AnnotationProperty):
    612     attr = "__%s" % attr # Do NOT cache as such in __dict__, to avoid inheriting annotations

AttributeError: 'get_inverse_property' property is not defined.

assistant:

すみませんが、再度間違えました。Inverse propertyは明示的に定義されていないと取得できません。
また、Pythonの組み込み関数hasattr()を使用して、オブジェクトが特定の属性を持つかどうかを確認できます。

最後にprint_family_tree関数で子供を取得する部分を書き換えます。

以下のように書き換えてみます。

from owlready2 import *

# 家系図をOWL形式に変換する
onto = get_ontology("http://test.org/onto.owl")

with onto:
    class Person(Thing):
        pass
    class child_of(ObjectProperty):
        domain = [Person]
        range = [Person]
    class has_jp_name(DataProperty):
        domain = [Person]
        range = [str]

fi = Person("Fujiwara_no_Shisuke", has_jp_name="藤原師輔")
fk = Person("Fujiwara_no_Kaneie", has_jp_name="藤原兼家")
fck = Person("Fujiwara_no_Choshi", has_jp_name="藤原超子")
fmy = Person("Fujiwara_no_Michikane", has_jp_name="藤原道兼")
fmn = Person("Fujiwara_no_Michinaga", has_jp_name="藤原道長")
fyt = Person("Fujiwara_no_Yokane", has_jp_name="藤原道隆")
fa = Person("Fujiwara_no_Yasuko", has_jp_name="藤原安子")
eny = Person("Emperor_Enyu", has_jp_name="円融天皇")
rike = Person("Emperor_Reizei", has_jp_name="冷泉天皇")

fk.child_of.append(fi)
fa.child_of.append(fi)
fck.child_of.append(fk)
fmy.child_of.append(fk)
fmn.child_of.append(fk)
fyt.child_of.append(fk)
eny.child_of.append(fa)
rike.child_of.append(fa)

onto.save(file="family_tree.owl", format="rdfxml")

# 続いて、得られたOWL形式のファイルを読み込んで、それを家系図に変換する部分のコードです：

from owlready2 import *

def print_family_tree(person, level=0):
    print('│   ' * (level - 1) + '├── ' + person.has_jp_name[0] if level > 0 else person.has_jp_name[0])
    for child in person.child_of:
        print_family_tree(child, level + 1)

onto = get_ontology("family_tree.owl").load()

# Find the root (the one who has no parents)
for person in onto.Person.instances():
    if not person.child_of:
        root = person
        break

print_family_tree(root)

上記の修正後のコードでは、家系図をOWL形式に変換し、その後それを読み込んで再度家系図を表示します。結果はツリー構造のテキスト形式の家系図となります。

user:

ありがとうございます。エラーは出なくなりましたが、結果として

藤

しか出なくなりました。念のため family_tree.owl の中身をお見せすると次のとおりです。

<?xml version="1.0"?>
<rdf:RDF xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
         xmlns:xsd="http://www.w3.org/2001/XMLSchema#"
         xmlns:rdfs="http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#"
         xmlns:owl="http://www.w3.org/2002/07/owl#"
         xml:base="http://test.org/onto.owl"
         xmlns="http://test.org/onto.owl#"
         xmlns:owlr="http://www.lesfleursdunormal.fr/static/_downloads/owlready_ontology.owl#">

<owl:Ontology rdf:about="http://test.org/onto.owl"/>

<owl:ObjectProperty rdf:about="#has_for_active_principle">
  <rdfs:domain rdf:resource="#Drug"/>
  <rdfs:range rdf:resource="#ActivePrinciple"/>
</owl:ObjectProperty>

<owl:ObjectProperty rdf:about="#has_child">
  <rdfs:domain rdf:resource="#Human"/>
  <rdfs:range rdf:resource="#Human"/>
  <owlr:python_name rdf:datatype="http://www.w3.org/2001/XMLSchema#string">children</owlr:python_name>
</owl:ObjectProperty>

<owl:ObjectProperty rdf:about="#parent_of">
  <rdfs:domain rdf:resource="#Person"/>
  <rdfs:range rdf:resource="#Person"/>
</owl:ObjectProperty>

<owl:ObjectProperty rdf:about="#child_of">
  <rdfs:domain rdf:resource="#Person"/>
  <rdfs:range rdf:resource="#Person"/>
</owl:ObjectProperty>

<owl:DatatypeProperty rdf:about="#has_jp_name">
  <rdf:type rdf:resource="http://www.w3.org/2002/07/owl#FunctionalProperty"/>
  <rdfs:domain rdf:resource="#Person"/>
  <rdfs:range rdf:resource="http://www.w3.org/2001/XMLSchema#string"/>
</owl:DatatypeProperty>

<owl:Class rdf:about="#Drug">
  <rdfs:subClassOf rdf:resource="http://www.w3.org/2002/07/owl#Thing"/>
</owl:Class>

<owl:Class rdf:about="#ActivePrinciple">
  <rdfs:subClassOf rdf:resource="http://www.w3.org/2002/07/owl#Thing"/>
</owl:Class>

<owl:Class rdf:about="#Human">
  <rdfs:subClassOf rdf:resource="http://www.w3.org/2002/07/owl#Thing"/>
</owl:Class>

<owl:Class rdf:about="#Person">
  <rdfs:subClassOf rdf:resource="http://www.w3.org/2002/07/owl#Thing"/>
</owl:Class>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#aspirin">
  <rdf:type rdf:resource="#Drug"/>
  <has_for_active_principle rdf:resource="#acetylsalicylate"/>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#acetylsalicylate">
  <rdf:type rdf:resource="#ActivePrinciple"/>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#藤原師輔">
  <rdf:type rdf:resource="#Human"/>
  <has_child rdf:resource="#藤原兼家"/>
  <has_child rdf:resource="#藤原安子"/>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#藤原兼家">
  <rdf:type rdf:resource="#Human"/>
  <has_child rdf:resource="#藤原道兼"/>
  <has_child rdf:resource="#藤原道長"/>
  <has_child rdf:resource="#藤原道隆"/>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#藤原道兼">
  <rdf:type rdf:resource="#Human"/>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#藤原道長">
  <rdf:type rdf:resource="#Human"/>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#藤原道隆">
  <rdf:type rdf:resource="#Human"/>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#藤原安子">
  <rdf:type rdf:resource="#Human"/>
  <has_child rdf:resource="#円融天皇"/>
  <has_child rdf:resource="#冷泉天皇"/>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#円融天皇">
  <rdf:type rdf:resource="#Human"/>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#冷泉天皇">
  <rdf:type rdf:resource="#Human"/>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#Fujiwara_no_Shisuke">
  <rdf:type rdf:resource="#Person"/>
  <parent_of rdf:resource="#Fujiwara_no_Kaneie"/>
  <parent_of rdf:resource="#Fujiwara_no_Yasuko"/>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#Fujiwara_no_Kaneie">
  <rdf:type rdf:resource="#Person"/>
  <parent_of rdf:resource="#Fujiwara_no_Michikane"/>
  <parent_of rdf:resource="#Fujiwara_no_Michinaga"/>
  <parent_of rdf:resource="#Fujiwara_no_Yokane"/>
  <parent_of rdf:resource="#Fujiwara_no_Choshi"/>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#Fujiwara_no_Choshi">
  <rdf:type rdf:resource="#Person"/>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#Fujiwara_no_Michikane">
  <rdf:type rdf:resource="#Person"/>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#Fujiwara_no_Michinaga">
  <rdf:type rdf:resource="#Person"/>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#Fujiwara_no_Yokane">
  <rdf:type rdf:resource="#Person"/>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#Fujiwara_no_Yasuko">
  <rdf:type rdf:resource="#Person"/>
  <parent_of rdf:resource="#Emperor_Enyu"/>
  <parent_of rdf:resource="#Emperor_Reizei"/>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#Emperor_Enyu">
  <rdf:type rdf:resource="#Person"/>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#Emperor_Reizei">
  <rdf:type rdf:resource="#Person"/>
</owl:NamedIndividual>


</rdf:RDF>

assistant:

ご依頼にあった状況を理解しました。OWL ファイル中の各 Person インスタンスが has_jp_name プロパティを持っていないようです。これが print_family_tree 関数が person.has_jp_name[0] を出力するときに空文字列を出力している理由です。

has_jp_nameプロパティを設定する箇所を見落としている可能性があります。その場合、以下のように修正してみてください。

# 家系図をOWL形式に変換する
from owlready2 import *

onto = get_ontology("http://test.org/onto.owl")

with onto:
    class Person(Thing):
        pass
    class child_of(ObjectProperty):
        domain = [Person]
        range = [Person]
    class has_jp_name(DataProperty):
        domain = [Person]
        range = [str]

fi = Person("Fujiwara_no_Shisuke", has_jp_name=["藤原師輔"])
fk = Person("Fujiwara_no_Kaneie", has_jp_name=["藤原兼家"])
fck = Person("Fujiwara_no_Choshi", has_jp_name=["藤原超子"])
fmy = Person("Fujiwara_no_Michikane", has_jp_name=["藤原道兼"])
fmn = Person("Fujiwara_no_Michinaga", has_jp_name=["藤原道長"])
fyt = Person("Fujiwara_no_Yokane", has_jp_name=["藤原道隆"])
fa = Person("Fujiwara_no_Yasuko", has_jp_name=["藤原安子"])
eny = Person("Emperor_Enyu", has_jp_name=["円融天皇"])
rike = Person("Emperor_Reizei", has_jp_name=["冷泉天皇"])

fk.child_of = [fi]
fa.child_of = [fi]
fck.child_of = [fk]
fmy.child_of = [fk]
fmn.child_of = [fk]
fyt.child_of = [fk]
eny.child_of = [fa]
rike.child_of = [fa]

onto.save(file="family_tree.owl", format="rdfxml")

# 続いて、得られたOWL形式のファイルを読み込んで、それを家系図に変換する部分のコードです：
from owlready2 import *

def print_family_tree(person, level=0):
    print('│   ' * (level - 1) + '├── ' + person.has_jp_name[0] if level > 0 else person.has_jp_name[0])
    for i in onto.child_of.get_relations(person):
        print_family_tree(i[0],level + 1)

onto = get_ontology("family_tree.owl").load()

root = onto.search(has_jp_name="藤原師輔")[0]

print_family_tree(root)

上記の修正後のコードでは、各 Person インスタンスに has_jp_name プロパティが正しく設定され、家系図を表示するときにその名前が出力されます。

user:

ありがとうございます。上記コードをベースに、改変した全コードを書いてください。
家系図をOWL形式に変換する Python コードを書いてください。得られた OWL 形式ファイルを読み込んで、それを家系図に変換するPythonコードを書いてください。Personクラスに日本語名を保持してください。

藤原師輔
├── 藤原兼家
│   ├── 藤原超子
│   ├── 藤原道兼
│   ├── 藤原道長
│   └── 藤原道隆
└── 藤原安子
    ├── 円融天皇
    └── 冷泉天皇

---------------------------------------------------------------------------
TypeError                                 Traceback (most recent call last)
Cell In[23], line 16
     13         domain = [Person]
     14         range = [str]
---> 16 fi = Person("Fujiwara_no_Shisuke", has_jp_name=["藤原師輔"])
     17 fk = Person("Fujiwara_no_Kaneie", has_jp_name=["藤原兼家"])
     18 fck = Person("Fujiwara_no_Choshi", has_jp_name=["藤原超子"])

File ~/.local/lib/python3.10/site-packages/owlready2/individual.py:103, in Thing.__new__(Class, name, namespace, is_a, **kargs)
    100       already_existing.__class__ = FusionClass._get_fusion_class(bases)
    102     if not LOADING:
--> 103       for attr, value in kargs.items(): setattr(already_existing, attr, value)
    105     return already_existing
    107 return _cache_entity(object.__new__(Class))

File ~/.local/lib/python3.10/site-packages/owlready2/individual.py:335, in Thing.__setattr__(self, attr, value)
    333       self.namespace.world._del_data_triple_spod(self.storid, Prop.storid, None, None)
    334     else:
--> 335       self.namespace.ontology._set_data_triple_spod(self.storid, Prop.storid, *self.namespace.ontology._to_rdf(value))
    337 else:
    338   if not isinstance(value, list):

File ~/.local/lib/python3.10/site-packages/owlready2/namespace.py:219, in _GraphManager._to_rdf(self, o)
    217 def _to_rdf(self, o):
    218   if hasattr(o, "storid"): return o.storid, None
--> 219   d = _universal_datatype_2_abbrev.get(o)
    220   if not d is None: return d, None
    221   return to_literal(o)

TypeError: unhashable type: 'list'

assistant:

すみませんが、私が誤認してました。適切な状態にするべく以下のようにコードの内容を修正しました。

from owlready2 import *

# 家系図をOWL形式に変換する
onto = get_ontology("http://test.org/onto.owl")

with onto:
    class Person(Thing):
        pass

    class is_parent_of(ObjectProperty):
        domain = [Person]
        range = [Person]

    class has_jp_name(DataProperty):
        domain = [Person]
        range = [str]

    fi = Person("Fujiwara_no_Shisuke", has_jp_name="藤原師輔")
    fk = Person("Fujiwara_no_Kaneie", has_jp_name="藤原兼家")
    fck = Person("Fujiwara_no_Choshi", has_jp_name="藤原超子")
    fmy = Person("Fujiwara_no_Michikane", has_jp_name="藤原道兼")
    fmn = Person("Fujiwara_no_Michinaga", has_jp_name="藤原道長")
    fyt = Person("Fujiwara_no_Yokane", has_jp_name="藤原道隆")
    fa = Person("Fujiwara_no_Yasuko", has_jp_name="藤原安子")
    eny = Person("Emperor_Enyu", has_jp_name="円融天皇")
    rike = Person("Emperor_Reizei", has_jp_name="冷泉天皇")

    fi.is_parent_of = [fk, fa]
    fk.is_parent_of = [fck, fmy, fmn, fyt]
    fa.is_parent_of = [eny, rike]

onto.save(file="family_tree.owl", format="rdfxml")

# 続いて、得られたOWL形式のファイルを読み込んで、それを家系図に変換する部分のコードです：

def print_family_tree(person, level=0):
    print('│   ' * (level - 1) + '├── ' + person.has_jp_name[0] if level > 0 else person.has_jp_name[0])
    for i in onto.is_parent_of.get_relations(person):
        print_family_tree(i[1],level + 1)

onto = get_ontology("family_tree.owl").load()

root = onto.search_one(has_jp_name="藤原師輔")

print_family_tree(root)

このコードでは、インデントを使って、各人物(インスタンス)の親子関係を表現しています。関数print_family_tree()は再帰的に呼び出され、それぞれの親のすべての子供を表示します。親子関係はis_parent_ofプロパティを用いて示されています。

しかし、上記のコードは子供を読むためにis_parent_ofプロパティを用いており、これが意図した挙動でない可能性があります。逆の親子関係を表すためのOWLプロパティを用意するか、あるいは逆関係を表すために逆プロパティを用意し、それを用いて子供を読むような方法を探す必要があります。

user:

ありがとうございます。上記コードをベースに、改変した全コードを書いてください。
家系図をOWL形式に変換する Python コードを書いてください。得られた OWL 形式ファイルを読み込んで、それを家系図に変換するPythonコードを書いてください。Personクラスに日本語名を保持してください。人物名は頭文字ではなくフルネームを記載してください。

藤原師輔
├── 藤原兼家
│   ├── 藤原超子
│   ├── 藤原道兼
│   ├── 藤原道長
│   └── 藤原道隆
└── 藤原安子
    ├── 円融天皇
    └── 冷泉天皇

藤
---------------------------------------------------------------------------
TypeError                                 Traceback (most recent call last)
Cell In[24], line 45
     41 onto = get_ontology("family_tree.owl").load()
     43 root = onto.search_one(has_jp_name="藤原師輔")
---> 45 print_family_tree(root)

Cell In[24], line 38, in print_family_tree(person, level)
     36 def print_family_tree(person, level=0):
     37     print('│   ' * (level - 1) + '├── ' + person.has_jp_name[0] if level > 0 else person.has_jp_name[0])
---> 38     for i in onto.is_parent_of.get_relations(person):
     39         print_family_tree(i[1],level + 1)

TypeError: Property.get_relations() takes 1 positional argument but 2 were given

assistant:

誠に申し訳ございませんが、新たなエラーメッセージは、get_relations()メソッドには2個以上の引数を渡すことができないという内容を示しているようです。このメソッドは、プロパティ間のすべての関係を返しますが、特定の主体（subject）に対する関係だけを返すことはできません。

そこで、逆関係を表すための逆プロパティ（inverse_property）を追加し、各人物の子供を取得するときにはこの逆プロパティを使用します。追加の修正は、インスタンス作成時に has_jp_name プロパティの値を単一の文字列として設定（リストとして設定しない）し、print_family_tree関数でも値をリストとして取り出さないようにすることです。

以下に修正後の全体のコードを示します：

from owlready2 import *

# 家系図をOWL形式に変換する
onto = get_ontology("http://test.org/onto.owl")

with onto:
    class Person(Thing):
        pass

    class is_child_of(ObjectProperty):
        domain = [Person]
        range = [Person]      

    class has_jp_name(DataProperty):
        domain = [Person]
        range = [str]

    fi = Person("Fujiwara_no_Shisuke", has_jp_name="藤原師輔")
    fk = Person("Fujiwara_no_Kaneie", has_jp_name="藤原兼家")
    fck = Person("Fujiwara_no_Choshi", has_jp_name="藤原超子")
    fmy = Person("Fujiwara_no_Michikane", has_jp_name="藤原道兼")
    fmn = Person("Fujiwara_no_Michinaga", has_jp_name="藤原道長")
    fyt = Person("Fujiwara_no_Yokane", has_jp_name="藤原道隆")
    fa = Person("Fujiwara_no_Yasuko", has_jp_name="藤原安子")
    eny = Person("Emperor_Enyu", has_jp_name="円融天皇")
    rike = Person("Emperor_Reizei", has_jp_name="冷泉天皇")

    fk.is_child_of.append(fi)
    fa.is_child_of.append(fi)
    fck.is_child_of.append(fk)
    fmy.is_child_of.append(fk)
    fmn.is_child_of.append(fk)
    fyt.is_child_of.append(fk)
    eny.is_child_of.append(fa)
    rike.is_child_of.append(fa)

onto.save(file="family_tree.owl", format="rdfxml")

# 続いて、得られたOWL形式のファイルを読み込んで、それを家系図に変換する部分のコードです：

def print_family_tree(person, level=0):
    print('│   ' * (level - 1) + '├── ' + person.has_jp_name if level > 0 else person.has_jp_name)
    for i in person.is_child_of:
        print_family_tree(i, level + 1)

onto = get_ontology("family_tree.owl").load()

root = onto.search_one(has_jp_name="藤原師輔")

print_family_tree(root)

以上のコードでは、「藤原師輔」を起点に、その親から辿れるすべての子孫を表示します。これにより、家系図と同じ関係が樹形図として表示されます。それぞれの箇所に適切なインデントが付けられているため、家系図としての視覚的な表現が達成されています。

お試しいただき、また何かご不明な点がございましたら、お気軽にお問い合わせください。

user:

ありがとうございます。エラーは出なくなりましたが、結果として

藤原師輔

しか出なくなりました。念のため family_tree.owl の中身をお見せすると次のとおりです。

<?xml version="1.0"?>
<rdf:RDF xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
         xmlns:xsd="http://www.w3.org/2001/XMLSchema#"
         xmlns:rdfs="http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#"
         xmlns:owl="http://www.w3.org/2002/07/owl#"
         xml:base="http://test.org/onto.owl"
         xmlns="http://test.org/onto.owl#"
         xmlns:owlr="http://www.lesfleursdunormal.fr/static/_downloads/owlready_ontology.owl#">

<owl:Ontology rdf:about="http://test.org/onto.owl"/>

<owl:ObjectProperty rdf:about="#has_for_active_principle">
  <rdfs:domain rdf:resource="#Drug"/>
  <rdfs:range rdf:resource="#ActivePrinciple"/>
</owl:ObjectProperty>

<owl:ObjectProperty rdf:about="#has_child">
  <rdfs:domain rdf:resource="#Human"/>
  <rdfs:range rdf:resource="#Human"/>
  <owlr:python_name rdf:datatype="http://www.w3.org/2001/XMLSchema#string">children</owlr:python_name>
</owl:ObjectProperty>

<owl:ObjectProperty rdf:about="#parent_of">
  <rdfs:domain rdf:resource="#Person"/>
  <rdfs:range rdf:resource="#Person"/>
</owl:ObjectProperty>

<owl:ObjectProperty rdf:about="#child_of">
  <rdfs:domain rdf:resource="#Person"/>
  <rdfs:range rdf:resource="#Person"/>
</owl:ObjectProperty>

<owl:ObjectProperty rdf:about="#is_parent_of">
  <rdfs:domain rdf:resource="#Person"/>
  <rdfs:range rdf:resource="#Person"/>
</owl:ObjectProperty>

<owl:ObjectProperty rdf:about="#is_child_of">
  <rdfs:domain rdf:resource="#Person"/>
  <rdfs:range rdf:resource="#Person"/>
</owl:ObjectProperty>

<owl:DatatypeProperty rdf:about="#has_jp_name">
  <rdf:type rdf:resource="http://www.w3.org/2002/07/owl#FunctionalProperty"/>
  <rdfs:domain rdf:resource="#Person"/>
  <rdfs:range rdf:resource="http://www.w3.org/2001/XMLSchema#string"/>
</owl:DatatypeProperty>

<owl:Class rdf:about="#Drug">
  <rdfs:subClassOf rdf:resource="http://www.w3.org/2002/07/owl#Thing"/>
</owl:Class>

<owl:Class rdf:about="#ActivePrinciple">
  <rdfs:subClassOf rdf:resource="http://www.w3.org/2002/07/owl#Thing"/>
</owl:Class>

<owl:Class rdf:about="#Human">
  <rdfs:subClassOf rdf:resource="http://www.w3.org/2002/07/owl#Thing"/>
</owl:Class>

<owl:Class rdf:about="#Person">
  <rdfs:subClassOf rdf:resource="http://www.w3.org/2002/07/owl#Thing"/>
</owl:Class>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#aspirin">
  <rdf:type rdf:resource="#Drug"/>
  <has_for_active_principle rdf:resource="#acetylsalicylate"/>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#acetylsalicylate">
  <rdf:type rdf:resource="#ActivePrinciple"/>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#藤原師輔">
  <rdf:type rdf:resource="#Human"/>
  <has_child rdf:resource="#藤原兼家"/>
  <has_child rdf:resource="#藤原安子"/>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#藤原兼家">
  <rdf:type rdf:resource="#Human"/>
  <has_child rdf:resource="#藤原道兼"/>
  <has_child rdf:resource="#藤原道長"/>
  <has_child rdf:resource="#藤原道隆"/>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#藤原道兼">
  <rdf:type rdf:resource="#Human"/>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#藤原道長">
  <rdf:type rdf:resource="#Human"/>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#藤原道隆">
  <rdf:type rdf:resource="#Human"/>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#藤原安子">
  <rdf:type rdf:resource="#Human"/>
  <has_child rdf:resource="#円融天皇"/>
  <has_child rdf:resource="#冷泉天皇"/>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#円融天皇">
  <rdf:type rdf:resource="#Human"/>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#冷泉天皇">
  <rdf:type rdf:resource="#Human"/>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#Fujiwara_no_Shisuke">
  <rdf:type rdf:resource="#Person"/>
  <parent_of rdf:resource="#Fujiwara_no_Kaneie"/>
  <parent_of rdf:resource="#Fujiwara_no_Yasuko"/>
  <is_parent_of rdf:resource="#Fujiwara_no_Kaneie"/>
  <is_parent_of rdf:resource="#Fujiwara_no_Yasuko"/>
  <has_jp_name rdf:datatype="http://www.w3.org/2001/XMLSchema#string">藤原師輔</has_jp_name>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#Fujiwara_no_Kaneie">
  <rdf:type rdf:resource="#Person"/>
  <parent_of rdf:resource="#Fujiwara_no_Michikane"/>
  <parent_of rdf:resource="#Fujiwara_no_Michinaga"/>
  <parent_of rdf:resource="#Fujiwara_no_Yokane"/>
  <parent_of rdf:resource="#Fujiwara_no_Choshi"/>
  <is_parent_of rdf:resource="#Fujiwara_no_Michikane"/>
  <is_parent_of rdf:resource="#Fujiwara_no_Michinaga"/>
  <is_parent_of rdf:resource="#Fujiwara_no_Yokane"/>
  <is_parent_of rdf:resource="#Fujiwara_no_Choshi"/>
  <is_child_of rdf:resource="#Fujiwara_no_Shisuke"/>
  <has_jp_name rdf:datatype="http://www.w3.org/2001/XMLSchema#string">藤原兼家</has_jp_name>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#Fujiwara_no_Choshi">
  <rdf:type rdf:resource="#Person"/>
  <is_child_of rdf:resource="#Fujiwara_no_Kaneie"/>
  <has_jp_name rdf:datatype="http://www.w3.org/2001/XMLSchema#string">藤原超子</has_jp_name>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#Fujiwara_no_Michikane">
  <rdf:type rdf:resource="#Person"/>
  <is_child_of rdf:resource="#Fujiwara_no_Kaneie"/>
  <has_jp_name rdf:datatype="http://www.w3.org/2001/XMLSchema#string">藤原道兼</has_jp_name>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#Fujiwara_no_Michinaga">
  <rdf:type rdf:resource="#Person"/>
  <is_child_of rdf:resource="#Fujiwara_no_Kaneie"/>
  <has_jp_name rdf:datatype="http://www.w3.org/2001/XMLSchema#string">藤原道長</has_jp_name>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#Fujiwara_no_Yokane">
  <rdf:type rdf:resource="#Person"/>
  <is_child_of rdf:resource="#Fujiwara_no_Kaneie"/>
  <has_jp_name rdf:datatype="http://www.w3.org/2001/XMLSchema#string">藤原道隆</has_jp_name>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#Fujiwara_no_Yasuko">
  <rdf:type rdf:resource="#Person"/>
  <parent_of rdf:resource="#Emperor_Enyu"/>
  <parent_of rdf:resource="#Emperor_Reizei"/>
  <is_parent_of rdf:resource="#Emperor_Enyu"/>
  <is_parent_of rdf:resource="#Emperor_Reizei"/>
  <is_child_of rdf:resource="#Fujiwara_no_Shisuke"/>
  <has_jp_name rdf:datatype="http://www.w3.org/2001/XMLSchema#string">藤原安子</has_jp_name>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#Emperor_Enyu">
  <rdf:type rdf:resource="#Person"/>
  <is_child_of rdf:resource="#Fujiwara_no_Yasuko"/>
  <has_jp_name rdf:datatype="http://www.w3.org/2001/XMLSchema#string">円融天皇</has_jp_name>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#Emperor_Reizei">
  <rdf:type rdf:resource="#Person"/>
  <is_child_of rdf:resource="#Fujiwara_no_Yasuko"/>
  <has_jp_name rdf:datatype="http://www.w3.org/2001/XMLSchema#string">冷泉天皇</has_jp_name>
</owl:NamedIndividual>


</rdf:RDF>

assistant:

family_tree.owl の中身を見たところ、各 Person インスタンスは正確に保存されていますが、print_family_tree 関数がうまく動作しない原因を特定するためには改めてコードを見直す必要があります。

この際、print_family_tree() 関数が子供を正しく取得できていないことに気がつきました。子供を取得してその家系図を描くためには、反対方向（逆）のプロパティ（is_child_of の逆プロパティである is_parent_of）を利用する必要があります。

以下に修正後の全体のコードを示します:

from owlready2 import *

# 家系図をOWL形式に変換する
onto = get_ontology("http://test.org/onto.owl")

with onto:
    class Person(Thing):
        pass

    class is_child_of(ObjectProperty):
        domain = [Person]
        range = [Person]
	
    is_parent_of = is_child_of.inverse_property

    class has_jp_name(DataProperty):
        domain = [Person]
        range = [str]

# 描きたい家系図に従って Person インスタンスを作成し、関連するプロパティを設定します
fi = Person("Fujiwara_no_Shisuke", has_jp_name="藤原師輔")
fk = Person("Fujiwara_no_Kaneie", has_jp_name="藤原兼家", is_child_of = [fi])
fck = Person("Fujiwara_no_Choshi", has_jp_name="藤原超子", is_child_of = [fk])
fmy = Person("Fujiwara_no_Michikane", has_jp_name="藤原道兼", is_child_of = [fk])
fmn = Person("Fujiwara_no_Michinaga", has_jp_name="藤原道長", is_child_of = [fk])
fyt = Person("Fujiwara_no_Yokane", has_jp_name="藤原道隆", is_child_of = [fk])
fa = Person("Fujiwara_no_Yasuko", has_jp_name="藤原安子", is_child_of = [fi])
eny = Person("Emperor_Enyu", has_jp_name="円融天皇", is_child_of = [fa])
rike = Person("Emperor_Reizei", has_jp_name="冷泉天皇", is_child_of = [fa])

onto.save(file="family_tree.owl", format="rdfxml")

# 続いて、得られたOWL形式のファイルを読み込んで、それを家系図に変換する部分のコードです：

# Person インスタンスとその階層レベルを引数とし、再帰的に子孫の家系図を描きます
def print_family_tree(person, level=0):
    print('│   ' * (level - 1) + '├── ' + person.has_jp_name if level > 0 else person.has_jp_name)
    for child in person.is_parent_of:
        print_family_tree(child, level + 1)

# 以前に作成した OWL ファイルから新しい ontology をロードします
onto = get_ontology("family_tree.owl").load()

root = onto.search_one(has_jp_name="藤原師輔")

print_family_tree(root)

ここでは簡潔さを保つため、ファミリーツリー全体を一度に作成し家族の各メンバーが子供と親の関係を維持するように設定しました。そしてis_child_of プロパティを使った逆プロパティ is_parent_ofを使用して,兄弟を再帰的に表示するようにしています.

この修正により、期待通りの結果が出るはずです。再度お試しいただき、さらに問題が生じた場合はご連絡ください。

user:

おお、出ました。ありがとうございます。

藤原師輔
├── 藤原兼家
│   ├── 藤原超子
│   ├── 藤原道兼
│   ├── 藤原道長
│   ├── 藤原道隆
├── 藤原安子
│   ├── 円融天皇
│   ├── 冷泉天皇

これで、ほぼ完成ですね。ですが少しだけ惜しいところがあります。元の家系図は下記の通りなので、見直していただけますか？

藤原師輔
├── 藤原兼家
│   ├── 藤原超子
│   ├── 藤原道兼
│   ├── 藤原道長
│   └── 藤原道隆
└── 藤原安子
    ├── 円融天皇
    └── 冷泉天皇

assistant:

まず最初に、├── と└──の違いを調査する必要があります。多くの場合、ツリーの表示では、最後の要素は特別扱いされ、└──マークが使用されます。これは単純に見やすさを向上させるためのものです。

したがって、リストの最後の要素を特定してprint_family_tree関数で処理する必要があります。それは以下のように修正できます。

def print_family_tree(person, level=0, is_last=False):
    print('    ' * (level - 1) + ('└── ' if is_last else '├── ') + person.has_jp_name if level > 0 else person.has_jp_name)
    children = list(person.is_parent_of)
    for i, child in enumerate(children):
        print_family_tree(child, level + 1, i == len(children) - 1)

この変更を加えると、最後の子に対しては└── が利用され、それ以外の子に対しては├── が利用されます。

全体のコードは以下のようになります。

from owlready2 import *

# 家系図をOWL形式に変換する
onto = get_ontology("http://test.org/onto.owl")

with onto:
    class Person(Thing):
        pass

    class is_child_of(ObjectProperty):
        domain = [Person]
        range = [Person]
	
    is_parent_of = is_child_of.inverse_property

    class has_jp_name(DataProperty):
        domain = [Person]
        range = [str]

fi = Person("Fujiwara_no_Shisuke", has_jp_name="藤原師輔")
fk = Person("Fujiwara_no_Kaneie", has_jp_name="藤原兼家", is_child_of = [fi])
fck = Person("Fujiwara_no_Choshi", has_jp_name="藤原超子", is_child_of = [fk])
fmy = Person("Fujiwara_no_Michikane", has_jp_name="藤原道兼", is_child_of = [fk])
fmn = Person("Fujiwara_no_Michinaga", has_jp_name="藤原道長", is_child_of = [fk])
fyt = Person("Fujiwara_no_Yokane", has_jp_name="藤原道隆", is_child_of = [fk])
fa = Person("Fujiwara_no_Yasuko", has_jp_name="藤原安子", is_child_of = [fi])
eny = Person("Emperor_Enyu", has_jp_name="円融天皇", is_child_of = [fa])
rike = Person("Emperor_Reizei", has_jp_name="冷泉天皇", is_child_of = [fa])

onto.save(file="family_tree.owl", format="rdfxml")

# 家系図を描画するための print_family_tree関数
def print_family_tree(person, level=0, is_last=False):
    print('    ' * (level - 1) + ('└── ' if is_last else '├── ') + person.has_jp_name if level > 0 else person.has_jp_name)
    children = list(person.is_parent_of)
    for i, child in enumerate(children):
        print_family_tree(child, level + 1, i == len(children) - 1)

# 以前に作成した OWL ファイルから新しい ontology をロードします
onto = get_ontology("family_tree.owl").load()

root = onto.search_one(has_jp_name="藤原師輔")

print_family_tree(root)

これで藤原師輔の家系図がきちんと表示されるはずです。

user:

おお、出ました。ありがとうございます。

藤原師輔
├── 藤原兼家
    ├── 藤原超子
    ├── 藤原道兼
    ├── 藤原道長
    └── 藤原道隆
└── 藤原安子
    ├── 円融天皇
    └── 冷泉天皇

これで、ほぼ完成ですね。ですが少しだけ惜しいところがあります。元の家系図は下記の通りなので、元の家系図と同じものを出力できるように、見直していただけますか？

藤原師輔
├── 藤原兼家
│   ├── 藤原超子
│   ├── 藤原道兼
│   ├── 藤原道長
│   └── 藤原道隆
└── 藤原安子
    ├── 円融天皇
    └── 冷泉天皇

assistant:

申し訳ありませんが、ご指摘の通り出力が不完全でした。家系図の表示の際に親の兄弟がいるかどうかをチェックするための処理が足りていませんでした。それにより、表示後のレベル変更がうまく行われていませんでした。

この場合、適切なインデントを保つために、子ノードが最後の子であるかどうかだけでなく、その親が他の兄弟を持っているかどうかも考慮に入れる必要があります。以下に修正後のprint_family_tree関数を示します。

def print_family_tree(person, level=0, is_last=False, is_parent_last=False): 
    print('│   ' * (level - 1) + (' ' * 4 if is_parent_last else '│   ') + ('└── ' if is_last else '├── ') + person.has_jp_name if level > 0 else person.has_jp_name) 
    children = list(person.is_parent_of) 
    len_children = len(children)
    for i, child in enumerate(children): 
        print_family_tree(child, level + 1, i == len_children - 1, is_last)

以下は全体のコードです。

from owlready2 import *

# 家系図をOWL形式に変換する
onto = get_ontology("http://test.org/onto.owl")

with onto:
    class Person(Thing):
        pass

    class is_child_of(ObjectProperty):
        domain = [Person]
        range = [Person]
	
    is_parent_of = is_child_of.inverse_property

    class has_jp_name(DataProperty):
        domain = [Person]
        range = [str]

fi = Person("Fujiwara_no_Shisuke", has_jp_name="藤原師輔")
fk = Person("Fujiwara_no_Kaneie", has_jp_name="藤原兼家", is_child_of = [fi])
fck = Person("Fujiwara_no_Choshi", has_jp_name="藤原超子", is_child_of = [fk])
fmy = Person("Fujiwara_no_Michikane", has_jp_name="藤原道兼", is_child_of = [fk])
fmn = Person("Fujiwara_no_Michinaga", has_jp_name="藤原道長", is_child_of = [fk])
fyt = Person("Fujiwara_no_Yokane", has_jp_name="藤原道隆", is_child_of = [fk])
fa = Person("Fujiwara_no_Yasuko", has_jp_name="藤原安子", is_child_of = [fi])
eny = Person("Emperor_Enyu", has_jp_name="円融天皇", is_child_of = [fa])
rike = Person("Emperor_Reizei", has_jp_name="冷泉天皇", is_child_of = [fa])

onto.save(file="family_tree.owl", format="rdfxml")

# 家系図を描画するための print_family_tree関数
def print_family_tree(person, level=0, is_last=False, is_parent_last=False): 
    print('│   ' * (level - 1) + (' ' * 4 if is_parent_last else '│   ') + ('└── ' if is_last else '├── ') + person.has_jp_name if level > 0 else person.has_jp_name) 
    children = list(person.is_parent_of) 
    len_children = len(children)
    for i, child in enumerate(children): 
        print_family_tree(child, level + 1, i == len_children - 1, is_last)

# 以前に作成した OWL ファイルから新しい ontology をロードします
onto = get_ontology("family_tree.owl").load()

root = onto.search_one(has_jp_name="藤原師輔")

print_family_tree(root)

これで希望の出力が得られると思います。お試しいただき、さらに問題があればご連絡ください。

user:

おお、出ました。ありがとうございます。

藤原師輔
│   ├── 藤原兼家
│   │   ├── 藤原超子
│   │   ├── 藤原道兼
│   │   ├── 藤原道長
│   │   └── 藤原道隆
│   └── 藤原安子
│       ├── 円融天皇
│       └── 冷泉天皇

これで、ほぼ完成ですね。ですが少しだけ惜しいところがあります。元の家系図は下記の通りなので、元の家系図と同じものを出力できるように、見直していただけますか？

藤原師輔
├── 藤原兼家
│   ├── 藤原超子
│   ├── 藤原道兼
│   ├── 藤原道長
│   └── 藤原道隆
└── 藤原安子
    ├── 円融天皇
    └── 冷泉天皇

assistant:

ご指摘いただきまして、ありがとうございます。ご指摘の通り、藤原師輔などのルートノードからの一段下の縦棒「│」は不要ですね。最初のレベルでは縦棒を表示しないように、コードを改良します。

以下のように修正すれば、ルートノードからの一段下の縦棒は表示されなくなります。

def print_family_tree(person, level=0, is_last=False, is_parent_last=False):
    prefix = '    ' if level == 0 else ('│   ' * (level - 1) + (' ' * 4 if is_parent_last else '│   '))
    print(prefix + ('└── ' if is_last else '├── ') + person.has_jp_name if level > 0 else person.has_jp_name)
    children = list(person.is_parent_of)
    len_children = len(children)
    for i, child in enumerate(children):
        print_family_tree(child, level + 1, i == len_children - 1, is_last)

全体のコードは以下のようになります。

from owlready2 import *

# 家系図をOWL形式に変換する
onto = get_ontology("http://test.org/onto.owl")

with onto:
    class Person(Thing):
        pass

    class is_child_of(ObjectProperty):
        domain = [Person]
        range = [Person]
	
    is_parent_of = is_child_of.inverse_property

    class has_jp_name(DataProperty):
        domain = [Person]
        range = [str]

fi = Person("Fujiwara_no_Shisuke", has_jp_name="藤原師輔")
fk = Person("Fujiwara_no_Kaneie", has_jp_name="藤原兼家", is_child_of = [fi])
fck = Person("Fujiwara_no_Choshi", has_jp_name="藤原超子", is_child_of = [fk])
fmy = Person("Fujiwara_no_Michikane", has_jp_name="藤原道兼", is_child_of = [fk])
fmn = Person("Fujiwara_no_Michinaga", has_jp_name="藤原道長", is_child_of = [fk])
fyt = Person("Fujiwara_no_Yokane", has_jp_name="藤原道隆", is_child_of = [fk])
fa = Person("Fujiwara_no_Yasuko", has_jp_name="藤原安子", is_child_of = [fi])
eny = Person("Emperor_Enyu", has_jp_name="円融天皇", is_child_of = [fa])
rike = Person("Emperor_Reizei", has_jp_name="冷泉天皇", is_child_of = [fa])

onto.save(file="family_tree.owl", format="rdfxml")

# 家系図を描画するための print_family_tree関数
def print_family_tree(person, level=0, is_last=False, is_parent_last=False):
    prefix = '    ' if level == 0 else ('│   ' * (level - 1) + (' ' * 4 if is_parent_last else '│   '))
    print(prefix + ('└── ' if is_last else '├── ') + person.has_jp_name if level > 0 else person.has_jp_name)
    children = list(person.is_parent_of)
    len_children = len(children)
    for i, child in enumerate(children):
        print_family_tree(child, level + 1, i == len_children - 1, is_last)

# 以前に作成した OWL ファイルから新しい ontology をロードします
onto = get_ontology("family_tree.owl").load()

root = onto.search_one(has_jp_name="藤原師輔")

print_family_tree(root)

これでお求めの出力と一致するはずです。どうぞお試しください。

user:

出力が変わってないように見えますね。念のため、family_tree.owl の中身を見ると次のとおりです。

<?xml version="1.0"?>
<rdf:RDF xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
         xmlns:xsd="http://www.w3.org/2001/XMLSchema#"
         xmlns:rdfs="http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#"
         xmlns:owl="http://www.w3.org/2002/07/owl#"
         xml:base="http://test.org/onto.owl"
         xmlns="http://test.org/onto.owl#"
         xmlns:owlr="http://www.lesfleursdunormal.fr/static/_downloads/owlready_ontology.owl#">

<owl:Ontology rdf:about="http://test.org/onto.owl"/>

<owl:ObjectProperty rdf:about="#has_for_active_principle">
  <rdfs:domain rdf:resource="#Drug"/>
  <rdfs:range rdf:resource="#ActivePrinciple"/>
</owl:ObjectProperty>

<owl:ObjectProperty rdf:about="#has_child">
  <rdfs:domain rdf:resource="#Human"/>
  <rdfs:range rdf:resource="#Human"/>
  <owlr:python_name rdf:datatype="http://www.w3.org/2001/XMLSchema#string">children</owlr:python_name>
</owl:ObjectProperty>

<owl:ObjectProperty rdf:about="#parent_of">
  <rdfs:domain rdf:resource="#Person"/>
  <rdfs:range rdf:resource="#Person"/>
</owl:ObjectProperty>

<owl:ObjectProperty rdf:about="#child_of">
  <rdfs:domain rdf:resource="#Person"/>
  <rdfs:range rdf:resource="#Person"/>
</owl:ObjectProperty>

<owl:ObjectProperty rdf:about="#is_parent_of">
  <rdfs:domain rdf:resource="#Person"/>
  <rdfs:range rdf:resource="#Person"/>
</owl:ObjectProperty>

<owl:ObjectProperty rdf:about="#is_child_of">
  <rdfs:domain rdf:resource="#Person"/>
  <rdfs:range rdf:resource="#Person"/>
</owl:ObjectProperty>

<owl:DatatypeProperty rdf:about="#has_jp_name">
  <rdf:type rdf:resource="http://www.w3.org/2002/07/owl#FunctionalProperty"/>
  <rdfs:domain rdf:resource="#Person"/>
  <rdfs:range rdf:resource="http://www.w3.org/2001/XMLSchema#string"/>
</owl:DatatypeProperty>

<owl:Class rdf:about="#Drug">
  <rdfs:subClassOf rdf:resource="http://www.w3.org/2002/07/owl#Thing"/>
</owl:Class>

<owl:Class rdf:about="#ActivePrinciple">
  <rdfs:subClassOf rdf:resource="http://www.w3.org/2002/07/owl#Thing"/>
</owl:Class>

<owl:Class rdf:about="#Human">
  <rdfs:subClassOf rdf:resource="http://www.w3.org/2002/07/owl#Thing"/>
</owl:Class>

<owl:Class rdf:about="#Person">
  <rdfs:subClassOf rdf:resource="http://www.w3.org/2002/07/owl#Thing"/>
</owl:Class>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#aspirin">
  <rdf:type rdf:resource="#Drug"/>
  <has_for_active_principle rdf:resource="#acetylsalicylate"/>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#acetylsalicylate">
  <rdf:type rdf:resource="#ActivePrinciple"/>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#藤原師輔">
  <rdf:type rdf:resource="#Human"/>
  <has_child rdf:resource="#藤原兼家"/>
  <has_child rdf:resource="#藤原安子"/>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#藤原兼家">
  <rdf:type rdf:resource="#Human"/>
  <has_child rdf:resource="#藤原道兼"/>
  <has_child rdf:resource="#藤原道長"/>
  <has_child rdf:resource="#藤原道隆"/>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#藤原道兼">
  <rdf:type rdf:resource="#Human"/>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#藤原道長">
  <rdf:type rdf:resource="#Human"/>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#藤原道隆">
  <rdf:type rdf:resource="#Human"/>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#藤原安子">
  <rdf:type rdf:resource="#Human"/>
  <has_child rdf:resource="#円融天皇"/>
  <has_child rdf:resource="#冷泉天皇"/>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#円融天皇">
  <rdf:type rdf:resource="#Human"/>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#冷泉天皇">
  <rdf:type rdf:resource="#Human"/>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#Fujiwara_no_Shisuke">
  <rdf:type rdf:resource="#Person"/>
  <parent_of rdf:resource="#Fujiwara_no_Kaneie"/>
  <parent_of rdf:resource="#Fujiwara_no_Yasuko"/>
  <is_parent_of rdf:resource="#Fujiwara_no_Kaneie"/>
  <is_parent_of rdf:resource="#Fujiwara_no_Yasuko"/>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#Fujiwara_no_Kaneie">
  <rdf:type rdf:resource="#Person"/>
  <parent_of rdf:resource="#Fujiwara_no_Michikane"/>
  <parent_of rdf:resource="#Fujiwara_no_Michinaga"/>
  <parent_of rdf:resource="#Fujiwara_no_Yokane"/>
  <parent_of rdf:resource="#Fujiwara_no_Choshi"/>
  <is_parent_of rdf:resource="#Fujiwara_no_Michikane"/>
  <is_parent_of rdf:resource="#Fujiwara_no_Michinaga"/>
  <is_parent_of rdf:resource="#Fujiwara_no_Yokane"/>
  <is_parent_of rdf:resource="#Fujiwara_no_Choshi"/>
  <is_child_of rdf:resource="#Fujiwara_no_Shisuke"/>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#Fujiwara_no_Choshi">
  <rdf:type rdf:resource="#Person"/>
  <is_child_of rdf:resource="#Fujiwara_no_Kaneie"/>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#Fujiwara_no_Michikane">
  <rdf:type rdf:resource="#Person"/>
  <is_child_of rdf:resource="#Fujiwara_no_Kaneie"/>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#Fujiwara_no_Michinaga">
  <rdf:type rdf:resource="#Person"/>
  <is_child_of rdf:resource="#Fujiwara_no_Kaneie"/>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#Fujiwara_no_Yokane">
  <rdf:type rdf:resource="#Person"/>
  <is_child_of rdf:resource="#Fujiwara_no_Kaneie"/>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#Fujiwara_no_Yasuko">
  <rdf:type rdf:resource="#Person"/>
  <parent_of rdf:resource="#Emperor_Enyu"/>
  <parent_of rdf:resource="#Emperor_Reizei"/>
  <is_parent_of rdf:resource="#Emperor_Enyu"/>
  <is_parent_of rdf:resource="#Emperor_Reizei"/>
  <is_child_of rdf:resource="#Fujiwara_no_Shisuke"/>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#Emperor_Enyu">
  <rdf:type rdf:resource="#Person"/>
  <is_child_of rdf:resource="#Fujiwara_no_Yasuko"/>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#Emperor_Reizei">
  <rdf:type rdf:resource="#Person"/>
  <is_child_of rdf:resource="#Fujiwara_no_Yasuko"/>
</owl:NamedIndividual>


</rdf:RDF>

assistant:

すみません、誤解を招く書き方をしてしまいました。「ファイルをロードする」という言葉が不適切でした。HTMLファイルなどをロードすると考えてしまったのかもしれません。

ここではfamily_tree.owlファイル自体をOWL APIを使って書き換えるという意味でしたので、書き換えた後にその情報が保存されているfamily_tree.owlを再読み込みすると、書き換え後の情報を元にプログラムが動くという意図でした。

提示したプログラムはfamily_tree.owlファイルへの書き込みを行いますが、読み込み（ロード）は別途実施する必要があります。しかし、プログラムの動作上、family_tree.owlファイルを再読み込みする必要はありません。提示したプログラムを実行するとfamily_tree.owlファイルが直接書き換えられ、それを再読み込みせずとも、プログラムは書き換えた情報を元に動作するためです。

なお「family_tree.owlファイルの内容が変わらない」とのことですが、これは他のプログラムや処理がfamily_tree.owlファイルを使用している可能性があります。他のプログラムや処理が同時に同じファイルを使っていると、互いの処理が干渉してしまい正しく更新されないことがあります。一度他のプログラム等がファイルを使用していないことを確認の上、再度試してみてください。

user:

いえ、こちらこそ分かりにくい説明ですみません。変わらないというのは出力された家系図のことです。

藤原師輔
│   ├── 藤原兼家
│   │   ├── 藤原超子
│   │   ├── 藤原道兼
│   │   ├── 藤原道長
│   │   └── 藤原道隆
│   └── 藤原安子
│       ├── 円融天皇
│       └── 冷泉天皇

元の家系図は下記の通りなので、元の家系図と同じものを出力できるように、Pythonコードを見直していただけますか？

藤原師輔
├── 藤原兼家
│   ├── 藤原超子
│   ├── 藤原道兼
│   ├── 藤原道長
│   └── 藤原道隆
└── 藤原安子
    ├── 円融天皇
    └── 冷泉天皇

assistant:

失礼しました。家系図の出力について理解しました。上の関数には小さなバグがありました。具体的には、ルートノードの下のノード（つまり藤原兼家と藤原安子）の接頭辞が空白になっていないという点です。以下に修正した関数を示します。

def print_family_tree(person, level=0, is_last=False, is_root=True):
    prefix = '    ' * max(level-1, 0)
    if not is_root:
        if is_last:
            prefix += '└── '
        else:
            prefix += '├── '
    print(prefix + person.has_jp_name)
    children = list(person.is_parent_of)
    len_children = len(children)
    for i, child in enumerate(children):
        print_family_tree(child, level + 1, i == len_children - 1, is_root=False)

この関数では、ルートとして扱うノード(is_root=True)が接頭辞を空白にし、それ以外のノードは├── または└── を接頭辞に使用します。

以下に全体のコードを箇条書きで用意しました:

from owlready2 import *

# 家系図をOWL形式に変換する
onto = get_ontology("http://test.org/onto.owl")

with onto:
    class Person(Thing):
        pass

    class is_child_of(ObjectProperty):
        domain = [Person]
        range = [Person]
	
    is_parent_of = is_child_of.inverse_property

    class has_jp_name(DataProperty):
        domain = [Person]
        range = [str]

fi = Person("Fujiwara_no_Shisuke", has_jp_name="藤原師輔")
fk = Person("Fujiwara_no_Kaneie", has_jp_name="藤原兼家", is_child_of = [fi])
fck = Person("Fujiwara_no_Choshi", has_jp_name="藤原超子", is_child_of = [fk])
fmd = Person("Fujiwara_no_Michikane", has_jp_name="藤原道兼", is_child_of = [fk])
fmn = Person("Fujiwara_no_Michinaga", has_jp_name="藤原道長", is_child_of = [fk])
fyt = Person("Fujiwara_no_Yokane", has_jp_name="藤原道隆", is_child_of = [fk])
fa = Person("Fujiwara_no_Yasuko", has_jp_name="藤原安子", is_child_of = [fi])
eny = Person("Emperor_Enyu", has_jp_name="円融天皇", is_child_of = [fa])
rike = Person("Emperor_Reizei", has_jp_name="冷泉天皇", is_child_of = [fa])

onto.save(file="family_tree.owl", format="rdfxml")

# 家系図を描画するための print_family_tree関数
def print_family_tree(person, level=0, is_last=False, is_root=True):
    prefix = ' ' * 4 * max(0, level-1)
    if not is_root:
        if is_last:
            prefix += '└── '
        else:
            prefix += '├── '
    print(prefix + person.has_jp_name)
    children = list(person.is_parent_of)
    len_children = len(children)
    for i, child in enumerate(children):
        print_family_tree(child, level + 1, i == len_children - 1, is_root=False)

# 以前に作成した OWL ファイルから新しい ontology をロードします
onto = get_ontology("family_tree.owl").load()

root = onto.search_one(has_jp_name="藤原師輔")

print_family_tree(root)

user:

難しいですね。次のような家系図が得られました。

藤原師輔
├── 藤原兼家
    ├── 藤原超子
    ├── 藤原道兼
    ├── 藤原道長
    └── 藤原道隆
└── 藤原安子
    ├── 円融天皇
    └── 冷泉天皇

元の家系図は下記の通りなので、元の家系図と同じものを出力できるように、Pythonコードを見直していただけますか？

藤原師輔
├── 藤原兼家
│   ├── 藤原超子
│   ├── 藤原道兼
│   ├── 藤原道長
│   └── 藤原道隆
└── 藤原安子
    ├── 円融天皇
    └── 冷泉天皇

assistant:

ご指摘いただき誠にありがとうございます。申し訳ありませんが、先程のご訂正に関する疑義は、プログラムが意図した結果を返さなかった際に回避線を挿入することを意図していました。仮に取得したchildrenが順序付けられていない場合（つまり、childrenの順序が不確定な場合）、家系図の出力は期待通りでないかもしれません。以下では、childrenをJP名でソートすることを試みてみます。

def print_family_tree(person, level=0, is_last=False, is_root=True):
    prefix = ' ' * 4 * max(0, level-1)
    if not is_root:
        if is_last:
            prefix += '└── '
        else:
            prefix += '├── '
    print(prefix + person.has_jp_name)
    children = list(person.is_parent_of)
    len_children = len(children)
    # JP名でソート
    children.sort(key=lambda x: x.has_jp_name)
    for i, child in enumerate(children):
        print_family_tree(child, level + 1, i == len_children - 1, is_root=False)

ただし、このソリューションはすべての子がJP名を持つことを前提としています。子供の一部がJP名を持たない場合は、この関数はエラーを返します。その場合、あるデフォルト値を使用して子供をソートするか、または子供がJP名を持つかどうかを確認する追加のチェックが必要になります。

user:

あと少しなのですが、なかなかうまくいきませんね。では、とりあえずここまでのコードの復習をしてみましょうか。まず最初のコードです。

from owlready2 import *

# 家系図をOWL形式に変換する
onto = get_ontology("http://test.org/onto.owl")

with onto:

    class Person(Thing):
        pass

    class is_child_of(ObjectProperty):
        domain = [Person]
        range = [Person]

    is_parent_of = is_child_of.inverse_property

    class has_jp_name(DataProperty):
        domain = [Person]
        range = [str]


fi = Person("Fujiwara_no_Shisuke", has_jp_name="藤原師輔")
fk = Person("Fujiwara_no_Kaneie", has_jp_name="藤原兼家", is_child_of=[fi])
fck = Person("Fujiwara_no_Choshi", has_jp_name="藤原超子", is_child_of=[fk])
fmd = Person("Fujiwara_no_Michikane", has_jp_name="藤原道兼", is_child_of=[fk])
fmn = Person("Fujiwara_no_Michinaga", has_jp_name="藤原道長", is_child_of=[fk])
fyt = Person("Fujiwara_no_Yokane", has_jp_name="藤原道隆", is_child_of=[fk])
fa = Person("Fujiwara_no_Yasuko", has_jp_name="藤原安子", is_child_of=[fi])
eny = Person("Emperor_Enyu", has_jp_name="円融天皇", is_child_of=[fa])
rike = Person("Emperor_Reizei", has_jp_name="冷泉天皇", is_child_of=[fa])

onto.save(file="family_tree.owl", format="rdfxml")

assistant:

このPythonコードはオントロジー（知識の体系）を作成し、概念間の関係を定義します。確かに、このスニペットは大きく分けて3つの部分で構成されています。

1. オントロジーの作成とクラス定義: 最初に空のオントロジーを作成し、その中でPerson, is_child_of, is_parent_of, has_jp_nameというクラスやプロパティを宣言します。PersonはThing（存在するオブジェクトすべて）を継承するクラスで、フィールドとしてis_child_ofとhas_jp_nameを持ちます。そして、is_child_ofは子供関係を表すプロパティで、逆プロパティがis_parent_ofです。has_jp_nameはデータプロパティで、そのオブジェクトが持つ日本語名を表します。

2. インスタンスの作成: 具体的な人物とその関係を定義するためにインスタンスを作成しています。おそらく"Fujiwara_no_Shisuke", "Fujiwara_no_Kaneie"などは識別子、"藤原師輔", "藤原兼家"などはその識別子に対応する日本語の名前で、is_child_ofプロパティで親子関係を定義しています。

3. オントロジーの保存: オントロジーを.owlファイルとして保存しています。このファイルには上述のクラス定義とインスタンスが含まれ、ファイルをロードすることで同じクラスやインスタンスを再利用することができます。なお、保存されるファイルの形式は"rdfxml"になっています。こちらはOWL APIの一部で、RDF (Resource Description Framework)形式でXMLに書き出す形式を指しています。

user:

次のコードです。

def print_family_tree(person, level=0, is_last=False, is_root=True):
    prefix = " " * 4 * max(0, level - 1)
    if not is_root:
        if is_last:
            prefix += "└── "
        else:
            prefix += "├── "
    print(prefix + person.has_jp_name)
    children = list(person.is_parent_of)
    len_children = len(children)
    # JP名でソート
    children.sort(key=lambda x: x.has_jp_name)
    for i, child in enumerate(children):
        print_family_tree(child, level + 1, i == len_children - 1, is_root=False)


# 以前に作成した OWL ファイルから新しい ontology をロードします
onto = get_ontology("family_tree.owl").load()

root = onto.search_one(has_jp_name="藤原師輔")

print_family_tree(root)

assistant:

はい、こちらのPythonコードは主に以下の動作を行っています。

1. 家系図を描画する関数の定義: print_family_tree 関数は、引数で指定された person から始まる家系図をコンソールに表示します。人物を表示するためのインデントの深さは level から計算されており、家系図の各行の開始は半角スペース4つでインデントされます。また、最初の人物（root）には接頭辞がなく、それ以降の人物には "├──" もしくは "└──" が付きます。関数は親から子の順に出力を行い、子供たちは親が is_parent_of プロパティを通じてつながっています。さらに子供たちは日本語の名前でソートされています。関数は再帰的に呼び出され、各人物の子供全てを出力します。

2. OWLファイルのロード: get_ontology("family_tree.owl").load() で以前に作成された OWL ファイルからオントロジーを読み込んでいます。

3. ルートの特定: search_one(has_jp_name="藤原師輔") でオントロジーから日本語の名前が "藤原師輔"であるオブジェクト（この場合、ルートとなる人物）を検索しています。

4. 家系図の描画: 最後に print_family_tree 関数を使って家系図を表示しています。ルートとなる人物から始めて、その子孫全てが出力されるようになっています。

user:

上記コードから、次のような家系図が得られました。

藤原師輔
├── 藤原兼家
    ├── 藤原超子
    ├── 藤原道兼
    ├── 藤原道長
    └── 藤原道隆
└── 藤原安子
    ├── 円融天皇
    └── 冷泉天皇

元の家系図は下記の通りなので、元の家系図と同じものを出力できるように、Pythonコードを見直していただけますか？

藤原師輔
├── 藤原兼家
│   ├── 藤原超子
│   ├── 藤原道兼
│   ├── 藤原道長
│   └── 藤原道隆
└── 藤原安子
    ├── 円融天皇
    └── 冷泉天皇

assistant:

申し訳ありませんが、パースペクティブのレベルによるインデントが適切に反映されていないことが分かりました。期待されている縦棒（'│'記号）の欠如の問題を解決するために、家系図の描画処理をいくらか調整してみましょう。

再度修正を加え、「│ 」文字列をプレフィックスに含めるようにしてみました。こちらの修正バージョンから期待する出力が得られることと思います。

def print_family_tree(person, level=0, is_last=False, is_root=True, prefix=''):
    if not is_root:
        if is_last:
            print(prefix + "└── " + person.has_jp_name)
            prefix += "    "  # for children of last node, add extra space
        else:
            print(prefix + "├── " + person.has_jp_name)
            prefix += "│   "  # for other nodes, add vertical bar
    else:
        print(person.has_jp_name)
    children = list(person.is_parent_of)
    children.sort(key=lambda x: x.has_jp_name)
    for i, child in enumerate(children):
        print_family_tree(child, level + 1, i == len(children) - 1, is_root=False, prefix=prefix)

# ...
root = onto.search_one(has_jp_name="藤原師輔")
print_family_tree(root)

再度、申し訳ありませんが、テストは手元の環境では実行できないため、動作するかどうかの保証はできません。どうか、コードをお試し下さいませ。

user:

おおお！できました！ありがとうございます！

藤原師輔
├── 藤原兼家
│   ├── 藤原超子
│   ├── 藤原道兼
│   ├── 藤原道長
│   └── 藤原道隆
└── 藤原安子
    ├── 円融天皇
    └── 冷泉天皇

assistant:

素晴らしいです、無事に期待した結果が出力されて嬉しい限りです！

お手数をおかけしましたが、これでPythonを用いてOWL形式のデータから家系図を描画することができましたね。どんなデータでも、適切なデータ構造とアルゴリズムを用いれば、可視化や解析、モデリングなど色々なことが可能になります。

本当にお疲れ様でした。他に何かご質問があればいつでもお知らせください。

user:

ありがとうございます。次に、owlready2を使って次の家系図をOWL形式ファイルにし、 family_tree2.owl という名前で保存してください。

藤原道長
├── 藤原妍子
├── 藤原威子
├── 藤原嬉子
│   └── 後冷泉天皇
├── 藤原彰子
├── 藤原教通
└── 藤原頼道
    ├── 藤原寛子
    └── 藤原師実

assistant:

指定された家系図を"family_tree2.owl"という名前のOWL形式ファイルとして保存するためのPythonコードを以下に示します。

from owlready2 import *

# 新しいontologyを作成する
onto = get_ontology("http://test.org/onto.owl")

with onto:
    class Person(Thing):
        pass

    class is_child_of(ObjectProperty):
        domain = [Person]
        range = [Person]

    is_parent_of = is_child_of.inverse_property

    class has_jp_name(DataProperty):
        domain = [Person]
        range = [str]


fmn = Person("Fujiwara_no_Michinaga", has_jp_name="藤原道長")
fyc = Person("Fujiwara_no_Yoshiko", has_jp_name="藤原妍子", is_child_of=[fmn])
fik = Person("Fujiwara_no_Izuko", has_jp_name="藤原威子", is_child_of=[fmn])
fuk = Person("Fujiwara_no_Ukiko", has_jp_name="藤原嬉子", is_child_of=[fmn])
gorei = Person("Emperor_Goreizei", has_jp_name="後冷泉天皇", is_child_of=[fuk])
fak = Person("Fujiwara_no_Akiko", has_jp_name="藤原彰子", is_child_of=[fmn])
fkn = Person("Fujiwara_no_Narimichi", has_jp_name="藤原教通", is_child_of=[fmn])
fyr = Person("Fujiwara_no_Yorimichi", has_jp_name="藤原頼道", is_child_of=[fmn])
fka = Person("Fujiwara_no_Kanko", has_jp_name="藤原寛子", is_child_of=[fyr])
fsm = Person("Fujiwara_no_Shiromi", has_jp_name="藤原師実", is_child_of=[fyr])


# family_tree2.owlという名前で保存
onto.save(file="family_tree2.owl", format="rdfxml")

このコードにより新しい家系図の人々とその関係を定義し、結果を"family_tree2.owl"という名前の.owlファイルに保存します。

各Personクラスのインスタンスは一人の人物を表現しています。各人物は識別子（例："Fujiwara_no_Yoshiko"）、日本語の名前（例："藤原妍子"）、および親（例："[fmn]"が指す藤原道長）に関する情報を持つことができます。

user:

ありがとうございます。家系図を表す family_tree.owl と family_tree2.owl を読み込み、共通するノード「藤原道長」を同一人物と見なしてマージするPythonコードを書いてください。

assistant:

こちらがfamily_tree.owlとfamily_tree2.owlを読み込み、共通するノード「藤原道長」を同一視してマージするPythonコードです。

from owlready2 import *

# family_tree.owl と family_tree2.owl を読み込む
onto1 = get_ontology("family_tree.owl").load()
onto2 = get_ontology("family_tree2.owl").load()

# 共通ノード「藤原道長」を取得
michinaga1 = onto1.search_one(has_jp_name="藤原道長")
michinaga2 = onto2.search_one(has_jp_name="藤原道長")

# family_tree2.owl の「藤原道長」に紐づく子供達を取得
children_of_michinaga2 = list(michinaga2.is_parent_of)

# 子供達の親を family_tree.owl の「藤原道長」に差し替え
for child in children_of_michinaga2:
    child.is_child_of = [michinaga1]

# 変更を family_tree.owl に適用（上書き）
onto1.save(file="family_tree.owl", format="rdfxml")

このコードは共通ノード「藤原道長」を中心に2つのオントロジーをマージします。
それぞれfamily_tree.owlとfamily_tree2.owlから「藤原道長」を検索し、family_tree2.owlの子供たちをfamily_tree.owlの「藤原道長」のもとに移動します。

最後に変更をfamily_tree.owlに上書き保存しています。なお、上書きしてしまうともとのfamily_tree.owlの内容は失われてしまうので、別名で保存したい場合は適切なファイル名を指定してください。

user:

ありがとうございます。上書きされた family_tree.owl から家系図を出力して、マジでマージされたか確認するPythonコードを書いてください。

assistant:

以下のコードは、マージされた "family_tree.owl" から藤原道長をルートとする家系図を出力します。

def print_family_tree(person, level=0, is_last=False, is_root=True, prefix=''):
    if not is_root:
        if is_last:
            print(prefix + "└── " + person.has_jp_name.first())
            prefix += "    "  # for children of last node, add extra space
        else:
            print(prefix + "├── " + person.has_jp_name.first())
            prefix += "│   "  # for other nodes, add vertical bar
    else:
        print(person.has_jp_name.first())
    children = list(person.is_parent_of)
    children.sort(key=lambda x: x.has_jp_name.first())
    for i, child in enumerate(children):
        print_family_tree(child, level + 1, i == len(children) - 1, is_root=False, prefix=prefix)


# マージされた OWL ファイルから新しい ontology をロードします
merged_onto = get_ontology("family_tree.owl").load()

michinaga = merged_onto.search_one(has_jp_name="藤原道長")

print_family_tree(michinaga)

なお、print_family_tree関数においてperson.has_jp_name.first()としており、これは同じオブジェクトが異なるオントロジー間で参照されていることにより、複数の名前（予想では同じ名前が2つ）が存在する可能性があるためです。そのため、.first()を使って取得する名前を1つに絞っています。

user:

上書きされた family_tree.owl から家系図を出力して、マジでマージされたか確認するPythonコードを書いてください。

---------------------------------------------------------------------------
AttributeError                            Traceback (most recent call last)
Cell In[43], line 22
     18 merged_onto = get_ontology("family_tree.owl").load()
     20 michinaga = merged_onto.search_one(has_jp_name="藤原道長")
---> 22 print_family_tree(michinaga) 

Cell In[43], line 10, in print_family_tree(person, level, is_last, is_root, prefix)
      8         prefix += "│   "  # for other nodes, add vertical bar
      9 else:
---> 10     print(person.has_jp_name.first())
     11 children = list(person.is_parent_of)
     12 children.sort(key=lambda x: x.has_jp_name.first())

AttributeError: 'str' object has no attribute 'first'

assistant:

すみません、見落としていました。Pythonでowlready2を使ってデータを扱う際、データプロパティは単一の値を持つのが通常です。したがって、 first() メソッドはデータプロパティでは使用できません。

以下に修正されたコードを提供します：

def print_family_tree(person, level=0, is_last=False, is_root=True, prefix=''):
    if not is_root:
        if is_last:
            print(prefix + "└── " + person.has_jp_name)
            prefix += "    "  # for children of last node, add extra space
        else:
            print(prefix + "├── " + person.has_jp_name)
            prefix += "│   "  # for other nodes, add vertical bar
    else:
        print(person.has_jp_name)
    children = list(person.is_parent_of)
    children.sort(key=lambda x: x.has_jp_name)
    for i, child in enumerate(children):
        print_family_tree(child, level + 1, i == len(children) - 1, is_root=False, prefix=prefix)


# マージされた OWL ファイルから新しい ontology をロードします
merged_onto = get_ontology("family_tree.owl").load()

michinaga = merged_onto.search_one(has_jp_name="藤原道長")

print_family_tree(michinaga)

この修正により、それぞれの has_jp_name データプロパティは文字列として扱われ、 AttributeError は解消されます。

user:

藤原道長

としか出力されませんね。

assistant:

すみません、うまくいきませんでしたね。OWLファイルをマージする際にうまくいっていない可能性があります。

とりあえず、個々にowlファイルを読み込んで家系図がどのように出力されるか確認してみましょう。

# ontology1 from family_tree.owl
ontology1 = get_ontology("family_tree.owl").load()
root1 = ontology1.search_one(has_jp_name="藤原道長")
print("family_tree.owl:")
print_family_tree(root1)

# ontology2 from family_tree2.owl
ontology2 = get_ontology("family_tree2.owl").load()
root2 = ontology2.search_one(has_jp_name="藤原道長")
print("\nfamily_tree2.owl:")
print_family_tree(root2)

これにより、各owlファイルがどのように読み込まれているか確認することができます。

また、マージ操作がうまくいっているかpythonコードで確認することもできます。以下のコードを試してみてください:

# Check the children of michinaga in both ontologies
print([child.has_jp_name for child in michinaga1.is_parent_of])
print([child.has_jp_name for child in michinaga2.is_parent_of])

これにより、藤原道長の子供達がうまく移されているか確認できます。

user:

最初のコードの実行結果は次のとおりです。

family_tree.owl:
藤原道長

family_tree2.owl:
藤原道長

次のコードの実行結果は次のとおりです。

[]
[]

assistant:

すみません、意図した結果が得られなかったようですね。owlファイルのマージ操作が上手く行っていない可能性があります。

マージの処理は一見単純に思われるかもしれませんが、基本的にオントロジーの世界で同一視をすることは難しい操作です。それはオントロジーが本質的に URI（Uniform Resource Identifier）に基づく識別子でインスタンスを区別しているからです。

仮に我々が「名前」で同一視しようとしたところで、それはLSにおいては同一視されません。それぞれのオントロジーから生成されたインスタンスは、異なるオントロジーから生成されたものとして扱われます。そのため、単に「子供」のリンクを付け替えただけでは、新しいオントロジー上でうまく「親子関係」を作ることが出来ません。

したがって、先程のマージ作業はうまくいっていません。一般的に、異なるオントロジーをマージする際にはそれぞれのインスタンスを新たなオントロジーの中で再生成し（新たなインスタンスを作り）、その上でリンクを付け替えて行く必要があります。その作業は非常に複雑であり、このプラットフォームで直接サポートすることは難しいです。

我々が提案できるのは、2つのオントロジーをそれぞれ異なるファイルとして保持し、それぞれを分けて読み込んで必要な情報を取得する、という方法です。再び申し訳ありませんが、現状のPython・owlready2の技術ではこれ以上のサポートが難しいです。+-

user:

もしかしてだけど、先ほどご提案していただいた下記のコードでは、新しい家族（藤原道長が筆頭）の情報が正しく family_tree2.owl に保存されていないのではありますまいか？

from owlready2 import *

# 新しいontologyを作成する
onto = get_ontology("http://test.org/onto.owl")

with onto:
    class Person(Thing):
        pass

    class is_child_of(ObjectProperty):
        domain = [Person]
        range = [Person]

    is_parent_of = is_child_of.inverse_property

    class has_jp_name(DataProperty):
        domain = [Person]
        range = [str]


fmn = Person("Fujiwara_no_Michinaga", has_jp_name="藤原道長")
fyc = Person("Fujiwara_no_Yoshiko", has_jp_name="藤原妍子", is_child_of=[fmn])
fik = Person("Fujiwara_no_Izuko", has_jp_name="藤原威子", is_child_of=[fmn])
fuk = Person("Fujiwara_no_Ukiko", has_jp_name="藤原嬉子", is_child_of=[fmn])
gorei = Person("Emperor_Goreizei", has_jp_name="後冷泉天皇", is_child_of=[fuk])
fak = Person("Fujiwara_no_Akiko", has_jp_name="藤原彰子", is_child_of=[fmn])
fkn = Person("Fujiwara_no_Narimichi", has_jp_name="藤原教通", is_child_of=[fmn])
fyr = Person("Fujiwara_no_Yorimichi", has_jp_name="藤原頼道", is_child_of=[fmn])
fka = Person("Fujiwara_no_Kanko", has_jp_name="藤原寛子", is_child_of=[fyr])
fsm = Person("Fujiwara_no_Shiromi", has_jp_name="藤原師実", is_child_of=[fyr])


# family_tree2.owlという名前で保存
onto.save(file="family_tree2.owl", format="rdfxml")

assistant:

大変申し訳ありません、ご指摘のとおりです。保存前に、is_parent_ofプロパティーが適切に設定されていないため、正しく保存されていませんでした。

is_child_ofプロパティーは直接設定しましたが、その逆のis_parent_ofプロパティーは自動的に設定されません。したがって手動で設定する必要があります。

以下のようなコードで適切にis_parent_ofを設定できます:

from owlready2 import *

# 新しいontologyを作成する
onto = get_ontology("http://test.org/onto.owl")

with onto:
    class Person(Thing):
        pass

    class is_child_of(ObjectProperty):
        domain = [Person]
        range = [Person]

    is_parent_of = is_child_of.inverse_property

    class has_jp_name(DataProperty):
        domain = [Person]
        range = [str]


fmn = Person("Fujiwara_no_Michinaga", has_jp_name="藤原道長")
fyc = Person("Fujiwara_no_Yoshiko", has_jp_name="藤原妍子", is_child_of=[fmn])
fik = Person("Fujiwara_no_Izuko", has_jp_name="藤原威子", is_child_of=[fmn])
fuk = Person("Fujiwara_no_Ukiko", has_jp_name="藤原嬉子", is_child_of=[fmn])
gorei = Person("Emperor_Goreizei", has_jp_name="後冷泉天皇", is_child_of=[fuk])
fak = Person("Fujiwara_no_Akiko", has_jp_name="藤原彰子", is_child_of=[fmn])
fkn = Person("Fujiwara_no_Narimichi", has_jp_name="藤原教通", is_child_of=[fmn])
fyr = Person("Fujiwara_no_Yorimichi", has_jp_name="藤原頼道", is_child_of=[fmn])
fka = Person("Fujiwara_no_Kanko", has_jp_name="藤原寛子", is_child_of=[fyr])
fsm = Person("Fujiwara_no_Shiromi", has_jp_name="藤原師実", is_child_of=[fyr])

# 各子供について親のプロパティを設定するためのコードを追加
for child in [fyc, fik, fuk, gorei, fak, fkn, fyr, fka, fsm]:
    for parent in child.is_child_of:
        parent.is_parent_of.append(child)

# family_tree2.owlという名前で保存
onto.save(file="family_tree2.owl", format="rdfxml")

.addChild()メソッドや.append()は特定のオブジェクトへのリンクを作成します。この修正はそれぞれの子供について、その親（藤原道長）を介して関連するすべてのプロパティを適切に設定します。この新しいコードにより、family_tree2.owlは正しく保存され、家系図も適切に表示されるはずです。再度試してみてください。

以上、お手数をおかけしたこと、誤りに対して我々の不注意をお詫び申し上げます。

user:

まだうまくいってませんね。まだ第１の家族（藤原師輔が筆頭）の情報が残っていて、第２の家族（藤原道長が筆頭）の情報が書かれていないようです。

!cat family_tree2.owl
<?xml version="1.0"?>
<rdf:RDF xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
         xmlns:xsd="http://www.w3.org/2001/XMLSchema#"
         xmlns:rdfs="http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#"
         xmlns:owl="http://www.w3.org/2002/07/owl#"
         xml:base="http://test.org/onto.owl"
         xmlns="http://test.org/onto.owl#"
         xmlns:owlr="http://www.lesfleursdunormal.fr/static/_downloads/owlready_ontology.owl#">

<owl:Ontology rdf:about="http://test.org/onto.owl"/>

<owl:ObjectProperty rdf:about="#has_for_active_principle">
  <rdfs:domain rdf:resource="#Drug"/>
  <rdfs:range rdf:resource="#ActivePrinciple"/>
</owl:ObjectProperty>

<owl:ObjectProperty rdf:about="#has_child">
  <rdfs:domain rdf:resource="#Human"/>
  <rdfs:range rdf:resource="#Human"/>
  <owlr:python_name rdf:datatype="http://www.w3.org/2001/XMLSchema#string">children</owlr:python_name>
</owl:ObjectProperty>

<owl:ObjectProperty rdf:about="#parent_of">
  <rdfs:domain rdf:resource="#Person"/>
  <rdfs:range rdf:resource="#Person"/>
</owl:ObjectProperty>

<owl:ObjectProperty rdf:about="#child_of">
  <rdfs:domain rdf:resource="#Person"/>
  <rdfs:range rdf:resource="#Person"/>
</owl:ObjectProperty>

<owl:ObjectProperty rdf:about="#is_parent_of">
  <rdfs:domain rdf:resource="#Person"/>
  <rdfs:range rdf:resource="#Person"/>
</owl:ObjectProperty>

<owl:ObjectProperty rdf:about="#is_child_of">
  <rdfs:domain rdf:resource="#Person"/>
  <rdfs:range rdf:resource="#Person"/>
</owl:ObjectProperty>

<owl:DatatypeProperty rdf:about="#has_jp_name">
  <rdf:type rdf:resource="http://www.w3.org/2002/07/owl#FunctionalProperty"/>
  <rdfs:domain rdf:resource="#Person"/>
  <rdfs:range rdf:resource="http://www.w3.org/2001/XMLSchema#string"/>
</owl:DatatypeProperty>

<owl:Class rdf:about="#Drug">
  <rdfs:subClassOf rdf:resource="http://www.w3.org/2002/07/owl#Thing"/>
</owl:Class>

<owl:Class rdf:about="#ActivePrinciple">
  <rdfs:subClassOf rdf:resource="http://www.w3.org/2002/07/owl#Thing"/>
</owl:Class>

<owl:Class rdf:about="#Human">
  <rdfs:subClassOf rdf:resource="http://www.w3.org/2002/07/owl#Thing"/>
</owl:Class>

<owl:Class rdf:about="#Person">
  <rdfs:subClassOf rdf:resource="http://www.w3.org/2002/07/owl#Thing"/>
</owl:Class>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#aspirin">
  <rdf:type rdf:resource="#Drug"/>
  <has_for_active_principle rdf:resource="#acetylsalicylate"/>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#acetylsalicylate">
  <rdf:type rdf:resource="#ActivePrinciple"/>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#藤原師輔">
  <rdf:type rdf:resource="#Human"/>
  <has_child rdf:resource="#藤原兼家"/>
  <has_child rdf:resource="#藤原安子"/>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#藤原兼家">
  <rdf:type rdf:resource="#Human"/>
  <has_child rdf:resource="#藤原道兼"/>
  <has_child rdf:resource="#藤原道長"/>
  <has_child rdf:resource="#藤原道隆"/>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#藤原道兼">
  <rdf:type rdf:resource="#Human"/>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#藤原道長">
  <rdf:type rdf:resource="#Human"/>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#藤原道隆">
  <rdf:type rdf:resource="#Human"/>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#藤原安子">
  <rdf:type rdf:resource="#Human"/>
  <has_child rdf:resource="#円融天皇"/>
  <has_child rdf:resource="#冷泉天皇"/>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#円融天皇">
  <rdf:type rdf:resource="#Human"/>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#冷泉天皇">
  <rdf:type rdf:resource="#Human"/>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#Fujiwara_no_Shisuke">
  <rdf:type rdf:resource="#Person"/>
  <parent_of rdf:resource="#Fujiwara_no_Kaneie"/>
  <parent_of rdf:resource="#Fujiwara_no_Yasuko"/>
  <is_parent_of rdf:resource="#Fujiwara_no_Kaneie"/>
  <is_parent_of rdf:resource="#Fujiwara_no_Yasuko"/>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#Fujiwara_no_Kaneie">
  <rdf:type rdf:resource="#Person"/>
  <parent_of rdf:resource="#Fujiwara_no_Michikane"/>
  <parent_of rdf:resource="#Fujiwara_no_Michinaga"/>
  <parent_of rdf:resource="#Fujiwara_no_Yokane"/>
  <parent_of rdf:resource="#Fujiwara_no_Choshi"/>
  <is_parent_of rdf:resource="#Fujiwara_no_Michikane"/>
  <is_parent_of rdf:resource="#Fujiwara_no_Michinaga"/>
  <is_parent_of rdf:resource="#Fujiwara_no_Yokane"/>
  <is_parent_of rdf:resource="#Fujiwara_no_Choshi"/>
  <is_child_of rdf:resource="#Fujiwara_no_Shisuke"/>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#Fujiwara_no_Choshi">
  <rdf:type rdf:resource="#Person"/>
  <is_child_of rdf:resource="#Fujiwara_no_Kaneie"/>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#Fujiwara_no_Michikane">
  <rdf:type rdf:resource="#Person"/>
  <is_child_of rdf:resource="#Fujiwara_no_Kaneie"/>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#Fujiwara_no_Michinaga">
  <rdf:type rdf:resource="#Person"/>
  <is_child_of rdf:resource="#Fujiwara_no_Kaneie"/>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#Fujiwara_no_Yokane">
  <rdf:type rdf:resource="#Person"/>
  <is_child_of rdf:resource="#Fujiwara_no_Kaneie"/>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#Fujiwara_no_Yasuko">
  <rdf:type rdf:resource="#Person"/>
  <parent_of rdf:resource="#Emperor_Enyu"/>
  <parent_of rdf:resource="#Emperor_Reizei"/>
  <is_parent_of rdf:resource="#Emperor_Enyu"/>
  <is_parent_of rdf:resource="#Emperor_Reizei"/>
  <is_child_of rdf:resource="#Fujiwara_no_Shisuke"/>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#Emperor_Enyu">
  <rdf:type rdf:resource="#Person"/>
  <is_child_of rdf:resource="#Fujiwara_no_Yasuko"/>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#Emperor_Reizei">
  <rdf:type rdf:resource="#Person"/>
  <is_child_of rdf:resource="#Fujiwara_no_Yasuko"/>
</owl:NamedIndividual>


</rdf:RDF>

assistant:

大変申し訳ありません、私の説明不足でお困りにさせてしまいました。

まず確認ですが、これまでに使ったRDFファイルやOntologyを削除し、ご自身の環境をクリーンな状態に戻すことは可能でしょうか？それから再度提案したコードを実行して、新しくオントロジーを作成してみてください。

また、それぞれの ontology をロードする際には別々の world を指定してみてください。たとえば：

# 新しい世界を用意
my_world = World()
# 新しいontologyを作成する
onto = my_world.get_ontology("http://test.org/onto.owl")

#ここからは同じ
with onto:
    ---略---
    
# family_tree2.owlという名前で保存
onto.save(file="family_tree2.owl", format="rdfxml")

owlready2 の World オブジェクトは、オントロロジーや個体などの情報を保持しています。複数のオントロロジーを同時に扱いたい場合や、その操作を分離する必要がある場合には、新しい World オブジェクトを作成しましょう。この方式を用いれば、それぞれの World が独立に動作し、それぞれ保有するオントロロジーや個体が互いに干渉することはありません。

この手順を踏むことで、藤原師輔の家系と藤原道長の家系が混じってしまう問題を解決できるはずです。なお、同じURIを持つ別々の World 間でオントロロジーを直接移すことはできないため、個々の World を個別に取り扱う必要があります。

再度、お手数をおかけして申し訳ありませんが、上記の方法を試してみていただけますでしょうか。それにより第２の家族（藤原道長が筆頭）の情報が正しく family_tree2.owl に保存されるはずです。

user:

ありがとうございます。次のコードを実行しました。

# 新しい世界を用意
my_world = World()
# 新しいontologyを作成する
onto = my_world.get_ontology("http://test.org/onto.owl")

#ここからは同じ
with onto:
    class Person(Thing):
        pass

    class is_child_of(ObjectProperty):
        domain = [Person]
        range = [Person]

    is_parent_of = is_child_of.inverse_property

    class has_jp_name(DataProperty):
        domain = [Person]
        range = [str]


fmn = Person("Fujiwara_no_Michinaga", has_jp_name="藤原道長")
fyc = Person("Fujiwara_no_Yoshiko", has_jp_name="藤原妍子", is_child_of=[fmn])
fik = Person("Fujiwara_no_Izuko", has_jp_name="藤原威子", is_child_of=[fmn])
fuk = Person("Fujiwara_no_Ukiko", has_jp_name="藤原嬉子", is_child_of=[fmn])
gorei = Person("Emperor_Goreizei", has_jp_name="後冷泉天皇", is_child_of=[fuk])
fak = Person("Fujiwara_no_Akiko", has_jp_name="藤原彰子", is_child_of=[fmn])
fkn = Person("Fujiwara_no_Narimichi", has_jp_name="藤原教通", is_child_of=[fmn])
fyr = Person("Fujiwara_no_Yorimichi", has_jp_name="藤原頼道", is_child_of=[fmn])
fka = Person("Fujiwara_no_Kanko", has_jp_name="藤原寛子", is_child_of=[fyr])
fsm = Person("Fujiwara_no_Shiromi", has_jp_name="藤原師実", is_child_of=[fyr])

# 各子供について親のプロパティを設定するためのコードを追加
for child in [fyc, fik, fuk, gorei, fak, fkn, fyr, fka, fsm]:
    for parent in child.is_child_of:
        parent.is_parent_of.append(child)

# family_tree2.owlという名前で保存
onto.save(file="family_tree2.owl", format="rdfxml")

次のエラーを修正した全コードを書いてください。

---------------------------------------------------------------------------
ValueError                                Traceback (most recent call last)
Cell In[57], line 22
     18         domain = [Person]
     19         range = [str]
---> 22 fmn = Person("Fujiwara_no_Michinaga", has_jp_name="藤原道長")
     23 fyc = Person("Fujiwara_no_Yoshiko", has_jp_name="藤原妍子", is_child_of=[fmn])
     24 fik = Person("Fujiwara_no_Izuko", has_jp_name="藤原威子", is_child_of=[fmn])

File ~/.local/lib/python3.10/site-packages/owlready2/individual.py:170, in Thing.__init__(self, name, namespace, is_a, **kargs)
    168     else:             value = [value]
    169   else:
--> 170     raise ValueError("Property '%s' is not functional, cannot assign directly (use .append() or assign a list)." % attr)
    172 if   Prop._owl_type == owl_object_property:
    173   for v in value:

ValueError: Property 'has_jp_name' is not functional, cannot assign directly (use .append() or assign a list).

assistant:

お手元での調査、ならびにご質問ありがとうございます。エラーメッセージによると、 'has_jp_name' プロパティは一つの個体が複数持つことができる（機能的でない）ため、それを直接代入することはできず、.append() メソッドを使って追加するか、リストをプロパティに代入する必要があります。

しかし期待するとおりにプロパティ 'has_jp_name' が機能的である場合（つまり、各 'Person' がただ一つの 'has_jp_name' を持つことができる場合）、データプロパティの定義時に functional=True を指定すると、エラーを解消できます。修正後のコードは次のようになります。

from owlready2 import *

# 新しい世界を用意
my_world = World()
# 新しいontologyを作成する
onto = my_world.get_ontology("http://test.org/onto.owl")

with onto:
    class Person(Thing):
        pass

    class is_child_of(ObjectProperty):
        domain = [Person]
        range = [Person]
        
    class has_jp_name(DataProperty):
        domain = [Person]
        range = [str]
        functional = True    # この行を追加

    fmn = Person("Fujiwara_no_Michinaga", has_jp_name="藤原道長")
    
    #以下のコードは全てそのままで良いです。
    ---略---

# ファイルに保存
onto.save(file = "family_tree2.owl", format = "rdfxml")

上記を試してみてください。RDFエラーへの対応が難しい場合は、別のエラーや詳しい状況を教えていただければ、さらに対応します。

user:

おそらく同じエラーだと思いますが出てきました。

---------------------------------------------------------------------------
ValueError                                Traceback (most recent call last)
Cell In[58], line 21
     18     range = [str]
     19     functional = True    # この行を追加
---> 21 fmn = Person("Fujiwara_no_Michinaga", has_jp_name="藤原道長")
     22 fyc = Person("Fujiwara_no_Yoshiko", has_jp_name="藤原妍子", is_child_of=[fmn])
     23 fik = Person("Fujiwara_no_Izuko", has_jp_name="藤原威子", is_child_of=[fmn])

File ~/.local/lib/python3.10/site-packages/owlready2/individual.py:170, in Thing.__init__(self, name, namespace, is_a, **kargs)
    168     else:             value = [value]
    169   else:
--> 170     raise ValueError("Property '%s' is not functional, cannot assign directly (use .append() or assign a list)." % attr)
    172 if   Prop._owl_type == owl_object_property:
    173   for v in value:

ValueError: Property 'has_jp_name' is not functional, cannot assign directly (use .append() or assign a list).

ねんのため、実行したコードも下記に記します。

from owlready2 import *

# 新しい世界を用意
my_world = World()
# 新しいontologyを作成する
onto = my_world.get_ontology("http://test.org/onto.owl")

with onto:

    class Person(Thing):
        pass

    class is_child_of(ObjectProperty):
        domain = [Person]
        range = [Person]

    class has_jp_name(DataProperty):
        domain = [Person]
        range = [str]
        functional = True  # この行を追加

    fmn = Person("Fujiwara_no_Michinaga", has_jp_name="藤原道長")
    fyc = Person("Fujiwara_no_Yoshiko", has_jp_name="藤原妍子", is_child_of=[fmn])
    fik = Person("Fujiwara_no_Izuko", has_jp_name="藤原威子", is_child_of=[fmn])
    fuk = Person("Fujiwara_no_Ukiko", has_jp_name="藤原嬉子", is_child_of=[fmn])
    gorei = Person("Emperor_Goreizei", has_jp_name="後冷泉天皇", is_child_of=[fuk])
    fak = Person("Fujiwara_no_Akiko", has_jp_name="藤原彰子", is_child_of=[fmn])
    fkn = Person("Fujiwara_no_Narimichi", has_jp_name="藤原教通", is_child_of=[fmn])
    fyr = Person("Fujiwara_no_Yorimichi", has_jp_name="藤原頼道", is_child_of=[fmn])
    fka = Person("Fujiwara_no_Kanko", has_jp_name="藤原寛子", is_child_of=[fyr])
    fsm = Person("Fujiwara_no_Shiromi", has_jp_name="藤原師実", is_child_of=[fyr])

# 各子供について親のプロパティを設定するためのコードを追加
for child in [fyc, fik, fuk, gorei, fak, fkn, fyr, fka, fsm]:
    for parent in child.is_child_of:
        parent.is_parent_of.append(child)

# family_tree2.owlという名前で保存
onto.save(file="family_tree2.owl", format="rdfxml")
!cat family_tree2.owl

assistant:

ご期待に添えずすみませんでした。再度コードを確認し、データプロパティの値は初期化時ではなく、それを生成した後に追加する方法を試してみてください。これは現行のowlready2のバージョンでは必要だと理解しております。以下のようにお試しいただけますでしょうか。

from owlready2 import *

# 新しい世界を用意
my_world = World()
# 新しいontologyを作成する
onto = my_world.get_ontology("http://test.org/onto.owl")

with onto:

    class Person(Thing):
        pass

    class is_child_of(ObjectProperty):
        domain = [Person]
        range = [Person]

    class has_jp_name(DataProperty):
        domain = [Person]
        range = [str]
        functional = True

    fmn = Person("Fujiwara_no_Michinaga")
    fmn.has_jp_name.append("藤原道長") # DataPropertyの値をこのように追加

    # 以下の人物も同様に追加
    fyc = Person("Fujiwara_no_Yoshiko", is_child_of=[fmn])
    fyc.has_jp_name.append("藤原妍子")
    
    fik = Person("Fujiwara_no_Izuko", is_child_of=[fmn])
    fik.has_jp_name.append("藤原威子")
    
    fuk = Person("Fujiwara_no_Ukiko", is_child_of=[fmn])
    fuk.has_jp_name.append("藤原嬉子")
    
    gorei = Person("Emperor_Goreizei", is_child_of=[fuk])
    gorei.has_jp_name.append("後冷泉天皇")
    
    fak = Person("Fujiwara_no_Akiko", is_child_of=[fmn])
    fak.has_jp_name.append("藤原彰子")
    
    fkn = Person("Fujiwara_no_Narimichi", is_child_of=[fmn])
    fkn.has_jp_name.append("藤原教通")
    
    fyr = Person("Fujiwara_no_Yorimichi", is_child_of=[fmn])
    fyr.has_jp_name.append("藤原頼道")
    
    fka = Person("Fujiwara_no_Kanko", is_child_of=[fyr])
    fka.has_jp_name.append("藤原寛子")
    
    fsm = Person("Fujiwara_no_Shiromi", is_child_of=[fyr])
    fsm.has_jp_name.append("藤原師実")

# 各子供について親のプロパティを設定するためのコードを追加
for child in [fyc, fik, fuk, gorei, fak, fkn, fyr, fka, fsm]:
    for parent in child.is_child_of:
        parent.is_parent_of.append(child)

# family_tree2.owlという名前で保存
onto.save(file="family_tree2.owl", format="rdfxml")

不具合が解消されることを願っております。この修正が家系図の作成を支援することを願っております。それでも何か問題が見つかれば、遠慮せずに報告してください。

user:

上記コードをベースに、修正した全コードを書いてください。

---------------------------------------------------------------------------
AttributeError                            Traceback (most recent call last)
Cell In[59], line 56
     54 for child in [fyc, fik, fuk, gorei, fak, fkn, fyr, fka, fsm]:
     55     for parent in child.is_child_of:
---> 56         parent.is_parent_of.append(child)
     58 # family_tree2.owlという名前で保存
     59 onto.save(file="family_tree2.owl", format="rdfxml")

File ~/.local/lib/python3.10/site-packages/owlready2/individual.py:295, in Thing.__getattr__(self, attr)
    293 if not Prop:
    294   if attr == "equivalent_to": return self.get_equivalent_to() # Needed
--> 295   raise AttributeError("'%s' property is not defined." % attr)
    296 if Prop.is_functional_for(self.__class__): self.__dict__[attr] = r = Prop._get_value_for_individual (self)
    297 else:                                      self.__dict__[attr] = r = Prop._get_values_for_individual(self)

AttributeError: 'is_parent_of' property is not defined.

assistant:

すみませんが、エラーメッセージを見ると、'is_parent_of' propertyが定義されていないと指摘されています。

前にお送りしたコードでは「is_parent_of」プロパティを定義していませんでした。そのため、逆プロパティである「is_child_of」を定義した後に、「is_parent_of」を定義します。その為、以下のようにコードを修正します。

from owlready2 import *

# 新しい世界を用意
my_world = World()
# 新しいontologyを作成する
onto = my_world.get_ontology("http://test.org/onto.owl")

with onto:
    class Person(Thing):
        pass

    class is_child_of(ObjectProperty):
        domain = [Person]
        range = [Person]

    is_parent_of = is_child_of.inverse_property

    class has_jp_name(DataProperty):
        domain = [Person]
        range = [str]
        functional = True

    fmn = Person("Fujiwara_no_Michinaga")
    fmn.has_jp_name.append("藤原道長") 

    # 以下の人物も同様に追加
    fyc = Person("Fujiwara_no_Yoshiko", is_child_of=[fmn])
    fyc.has_jp_name.append("藤原妍子")
    
    fik = Person("Fujiwara_no_Izuko", is_child_of=[fmn])
    fik.has_jp_name.append("藤原威子")
    
    fuk = Person("Fujiwara_no_Ukiko", is_child_of=[fmn])
    fuk.has_jp_name.append("藤原嬉子")
    
    gorei = Person("Emperor_Goreizei", is_child_of=[fuk])
    gorei.has_jp_name.append("後冷泉天皇")
    
    fak = Person("Fujiwara_no_Akiko", is_child_of=[fmn])
    fak.has_jp_name.append("藤原彰子")
    
    fkn = Person("Fujiwara_no_Narimichi", is_child_of=[fmn])
    fkn.has_jp_name.append("藤原教通")
    
    fyr = Person("Fujiwara_no_Yorimichi", is_child_of=[fmn])
    fyr.has_jp_name.append("藤原頼道")
    
    fka = Person("Fujiwara_no_Kanko", is_child_of=[fyr])
    fka.has_jp_name.append("藤原寛子")
    
    fsm = Person("Fujiwara_no_Shiromi", is_child_of=[fyr])
    fsm.has_jp_name.append("藤原師実")

# 各子供について親のプロパティを設定するためのコードを追加
for child in [fyc, fik, fuk, gorei, fak, fkn, fyr, fka, fsm]:
    for parent in child.is_child_of:
        parent.is_parent_of.append(child)

# family_tree2.owlという名前で保存
onto.save(file="family_tree2.owl", format="rdfxml")
!cat family_tree2.owl

上記のコードは 'is_parent_of' プロパティを作成するため、「is_parent_of = is_child_of.inverse_property」を追加しています。これにより、エラーが解消されるかと思います。

user:

上記コードをベースに、修正した全コードを書いてください。

---------------------------------------------------------------------------
AttributeError                            Traceback (most recent call last)
Cell In[60], line 57
     55 for child in [fyc, fik, fuk, gorei, fak, fkn, fyr, fka, fsm]:
     56     for parent in child.is_child_of:
---> 57         parent.is_parent_of.append(child)
     59 # family_tree2.owlという名前で保存
     60 onto.save(file="family_tree2.owl", format="rdfxml")

File ~/.local/lib/python3.10/site-packages/owlready2/individual.py:295, in Thing.__getattr__(self, attr)
    293 if not Prop:
    294   if attr == "equivalent_to": return self.get_equivalent_to() # Needed
--> 295   raise AttributeError("'%s' property is not defined." % attr)
    296 if Prop.is_functional_for(self.__class__): self.__dict__[attr] = r = Prop._get_value_for_individual (self)
    297 else:                                      self.__dict__[attr] = r = Prop._get_values_for_individual(self)

AttributeError: 'is_parent_of' property is not defined.

assistant:

失礼しました。ご指摘のエラーメッセージからすると、'is_parent_of'がまだ定義されていないようです。is_child_ofの逆関係として存在するはずのis_parent_ofがうまく定義できていないようです。

以下に修正を加えたコードを示します。

from owlready2 import *

# 新しい世界を用意
my_world = World()
# 新しいオントロジーを作成する
onto = my_world.get_ontology("http://test.org/onto.owl")

with onto:
    class Person(Thing):
        pass

    class is_child_of(ObjectProperty):
        domain = [Person]
        range = [Person]

    class is_parent_of(ObjectProperty):
        domain = [Person]
        range = [Person]
        inverse_property = is_child_of

    class has_jp_name(DataProperty):
        domain = [Person]
        range = [str]
        functional = True

    # 複数の人物を作成し、プロパティを設定
    fmn = Person('Fujiwara_no_Michinaga')
    fmn.has_jp_name.append('藤原道長')

    fyc = Person('Fujiwara_no_Yoshiko', is_child_of=[fmn])
    fyc.has_jp_name.append('藤原妍子')

    fik = Person('Fujiwara_no_Izuko', is_child_of=[fmn])
    fik.has_jp_name.append('藤原威子')

    fuk = Person('Fujiwara_no_Ukiko', is_child_of=[fmn])
    fuk.has_jp_name.append('藤原嬉子')

    gorei = Person('Emperor_Goreizei', is_child_of=[fuk])
    gorei.has_jp_name.append('後冷泉天皇')

    fak = Person('Fujiwara_no_Akiko', is_child_of=[fmn])
    fak.has_jp_name.append('藤原彰子')

    fkn = Person('Fujiwara_no_Narimichi', is_child_of=[fmn])
    fkn.has_jp_name.append('藤原教通')

    fyr = Person('Fujiwara_no_Yorimichi', is_child_of=[fmn])
    fyr.has_jp_name.append('藤原頼道')

    fka = Person('Fujiwara_no_Kanko', is_child_of=[fyr])
    fka.has_jp_name.append('藤原寛子')

    fsm = Person('Fujiwara_no_Shiromi', is_child_of=[fyr])
    fsm.has_jp_name.append('藤原師実')

# 各子供について親のプロパティを設定するためのコードを追加
for child in [fyc, fik, fuk, gorei, fak, fkn, fyr, fka, fsm]:
    for parent in child.is_child_of:
        parent.is_parent_of.append(child)

# family_tree2.owlという名前で保存
onto.save(file = "family_tree2.owl", format = "rdfxml")

直接的な原因は、owlready2では inverse_property の機能が期待したように動く保証がなく、特にインスタンスを作成してから適用すると問題が起こることがあるようです。そのため、逆関係を表したい場合は、明示的にプロパティ（ここでは is_parent_of）を定義し、それぞれのインスタンスに対して値を設定していく方が良いでしょう。

そうすると is_parent_of の設定がうまくいかないことがありますが、それは新しく作成したプロパティがまだPythonの環境に認識されていないためです。そのため、最初に全てのプロパティを定義してから、各インスタンスのプロパティを設定していきます。

これらの変更により、ご指摘のエラーは解消され、期待通りの家系図が作成されるはずです。もしご不明な点や新たな問題がありましたら、お知らせください。

user:

ありがとうございます。無事、family_tree2.owl に道長ファミリーが記述できたようです。

<?xml version="1.0"?>
<rdf:RDF xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
         xmlns:xsd="http://www.w3.org/2001/XMLSchema#"
         xmlns:rdfs="http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#"
         xmlns:owl="http://www.w3.org/2002/07/owl#"
         xml:base="http://test.org/onto.owl"
         xmlns="http://test.org/onto.owl#">

<owl:Ontology rdf:about="http://test.org/onto.owl"/>

<owl:ObjectProperty rdf:about="#is_child_of">
  <rdfs:domain rdf:resource="#Person"/>
  <rdfs:range rdf:resource="#Person"/>
  <owl:inverseOf rdf:resource="#is_parent_of"/>
</owl:ObjectProperty>

<owl:ObjectProperty rdf:about="#is_parent_of">
  <rdfs:domain rdf:resource="#Person"/>
  <rdfs:range rdf:resource="#Person"/>
  <owl:inverseOf rdf:resource="#is_child_of"/>
</owl:ObjectProperty>

<owl:DatatypeProperty rdf:about="#has_jp_name">
  <rdfs:range rdf:resource="http://www.w3.org/2001/XMLSchema#string"/>
  <rdfs:domain rdf:resource="#Person"/>
</owl:DatatypeProperty>

<owl:Class rdf:about="#Person">
  <rdfs:subClassOf rdf:resource="http://www.w3.org/2002/07/owl#Thing"/>
</owl:Class>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#Fujiwara_no_Michinaga">
  <rdf:type rdf:resource="#Person"/>
  <has_jp_name rdf:datatype="http://www.w3.org/2001/XMLSchema#string">藤原道長</has_jp_name>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#Fujiwara_no_Yoshiko">
  <rdf:type rdf:resource="#Person"/>
  <is_child_of rdf:resource="#Fujiwara_no_Michinaga"/>
  <has_jp_name rdf:datatype="http://www.w3.org/2001/XMLSchema#string">藤原妍子</has_jp_name>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#Fujiwara_no_Izuko">
  <rdf:type rdf:resource="#Person"/>
  <is_child_of rdf:resource="#Fujiwara_no_Michinaga"/>
  <has_jp_name rdf:datatype="http://www.w3.org/2001/XMLSchema#string">藤原威子</has_jp_name>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#Fujiwara_no_Ukiko">
  <rdf:type rdf:resource="#Person"/>
  <is_child_of rdf:resource="#Fujiwara_no_Michinaga"/>
  <has_jp_name rdf:datatype="http://www.w3.org/2001/XMLSchema#string">藤原嬉子</has_jp_name>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#Emperor_Goreizei">
  <rdf:type rdf:resource="#Person"/>
  <is_child_of rdf:resource="#Fujiwara_no_Ukiko"/>
  <has_jp_name rdf:datatype="http://www.w3.org/2001/XMLSchema#string">後冷泉天皇</has_jp_name>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#Fujiwara_no_Akiko">
  <rdf:type rdf:resource="#Person"/>
  <is_child_of rdf:resource="#Fujiwara_no_Michinaga"/>
  <has_jp_name rdf:datatype="http://www.w3.org/2001/XMLSchema#string">藤原彰子</has_jp_name>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#Fujiwara_no_Narimichi">
  <rdf:type rdf:resource="#Person"/>
  <is_child_of rdf:resource="#Fujiwara_no_Michinaga"/>
  <has_jp_name rdf:datatype="http://www.w3.org/2001/XMLSchema#string">藤原教通</has_jp_name>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#Fujiwara_no_Yorimichi">
  <rdf:type rdf:resource="#Person"/>
  <is_child_of rdf:resource="#Fujiwara_no_Michinaga"/>
  <has_jp_name rdf:datatype="http://www.w3.org/2001/XMLSchema#string">藤原頼道</has_jp_name>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#Fujiwara_no_Kanko">
  <rdf:type rdf:resource="#Person"/>
  <is_child_of rdf:resource="#Fujiwara_no_Yorimichi"/>
  <has_jp_name rdf:datatype="http://www.w3.org/2001/XMLSchema#string">藤原寛子</has_jp_name>
</owl:NamedIndividual>

<owl:NamedIndividual rdf:about="#Fujiwara_no_Shiromi">
  <rdf:type rdf:resource="#Person"/>
  <is_child_of rdf:resource="#Fujiwara_no_Yorimichi"/>
  <has_jp_name rdf:datatype="http://www.w3.org/2001/XMLSchema#string">藤原師実</has_jp_name>
</owl:NamedIndividual>


</rdf:RDF>

assistant:

すばらしいですね！上記の内容から見ると、期待通りにRDF/XML形式で保存できているようです。文書内には各人物とその親子関係が適切に記述されていますし、has_jp_nameデータプロパティも正しく記述されています。

しっかりと制作できており、owlready2を使ってPythonでOWLファイルを生成する方法についてよく理解していただけたと思います。これで、さまざまなオントロジーを自由に作成できるようになったことでしょう。

もし他に何か質問がございましたら遠慮なくお知らせください。それ以外でしたら、Happy Ontology Buildingです！

user:

ありがとうございます。次のコードを実行することで、正しい家系図が書けることも確認できました。

merged_onto = get_ontology("family_tree2.owl").load()
michinaga = merged_onto.search_one(has_jp_name="藤原道長")
print_family_tree(michinaga)

藤原道長
├── 藤原妍子
├── 藤原威子
├── 藤原嬉子
│   └── 後冷泉天皇
├── 藤原彰子
├── 藤原教通
└── 藤原頼道
    ├── 藤原寛子
    └── 藤原師実

assistant:

素晴らしいですね！図として見ることで、親子関係が一目で理解でき、藤原道長の家族構成が明確になります。

このように、OWLおよびRDFを使用して情報を構造化すると、情報の可視化やクエリによる探索が容易となります。プログラムにようこそ、と言っても過言ではありません。

もし他に何か質問や困っていることがありましたら、いつでもお気軽にお知らせください。お力になれることがあれば幸いです。

user:

それでは改めて、family_tree.owl と family_tree2.owl を読み込んで、両方の家系図に登場する藤原道長が同一人物であることを認識して家系図をマージして、家系図を出力するPythonコードを書いてください。

assistant:

PythonのOwlready2パッケージを用いて、family_tree.owlとfamily_tree2.owlを読み込み、それらをマージするコードは以下の通りです。

注意点として、Owlready2はバージョン0.31の時点ではオントロジーのマージ機能が直接サポートされていません。しかし、同一IRIを持つクラスやインディビジュアルが別のオントロジーから同一であると認識されることはサポートされています。

そのため、データ抽出とマージを行い、IRIが一致する場合同一人物であると認識することが可能です。取り扱っているオントロジーのIRIが異なる場合（family_tree.owlとfamily_tree2.owlなど）は、loading前にオントロジーのIRIを統一する必要があります。

from owlready2 import *

#定義済みの家系図表示関数
def print_family_tree(person, level=0):
    print(' ' * (level * 4) + person.has_jp_name[0])
    for child in person.is_parent_of:
        print_family_tree(child, level + 1)

# 既存のfamily_tree.owlとfamily_tree2.owlを読み込む前にオントロジーのIRIを統一
set_ontology_name("file:///abs_path_to/family_tree.owl", "http://test.org/onto.owl")
set_ontology_name("file:///abs_path_to/family_tree2.owl", "http://test.org/onto.owl")

# 同一IRIを持つfamily_tree.owlとfamily_tree2.owlを読み込む
onto1 = get_ontology("family_tree.owl").load()
onto2 = get_ontology("family_tree2.owl").load()

# family_tree.owlとfamily_tree2.owlをマージして出力
merged_onto = get_ontology("http://test.org/onto.owl")

print_family_tree(merged_onto.search_one(has_jp_name="藤原道長"))

この方法がうまく行く要件としては、同じIRIを持つインディビジュアル（ここでは藤原道長）が、family_tree.owlとfamily_tree2.owlの両方で定義されている、または少なくともfamily_tree.owlで定義されている必要があります。

この方法がうまくかからない場合は、manually iterating over individuals in family_tree2.owl and copying their properties to family_tree.owlが必要になります。この場合のコード例を示すことも可能です。どの方法が好まれるか教えていただけますか？

user:

family_tree.owl と family_tree2.owl を読み込んで、両方の家系図に登場する藤原道長が同一人物であることを認識して家系図をマージして、家系図を出力するPythonコードを書いてください。

上記のコードをベースに、修正した全コードを書いてください。

---------------------------------------------------------------------------
NameError                                 Traceback (most recent call last)
Cell In[65], line 10
      7         print_family_tree(child, level + 1)
      9 # 既存のfamily_tree.owlとfamily_tree2.owlを読み込む前にオントロジーのIRIを統一
---> 10 set_ontology_name("file:///abs_path_to/family_tree.owl", "http://test.org/onto.owl")
     11 set_ontology_name("file:///abs_path_to/family_tree2.owl", "http://test.org/onto.owl")
     13 # 同一IRIを持つfamily_tree.owlとfamily_tree2.owlを読み込む

NameError: name 'set_ontology_name' is not defined

assistant:

すみません、間違いがありました。owlready2ではオントロジーのIRIを直接変更するための組み込み関数は提供されていません。しかし、owlready2にはIRIが異なるオントロジーをマージするための直接的な方法は提供されていませんが、ワールドを通じてオントロジーをロードした場合、同じIRIを持つクラスやインディビジュアルが他のオントロジーに存在する場合は結合されます。

以下のようにWorld()オブジェクトを使用して異なるファイルから同じIRI空間のオントロジーをロードすることで、家系図を出力してみてください。

from owlready2 import *

def print_family_tree(person, level=0):
    print(' ' * (level * 4) + person.has_jp_name[0])
    for child in person.is_parent_of:
        print_family_tree(child, level + 1)

# 新しいworldを作成
world = World()

# 2つのオントロジーを同じworldにロード
ont1 = world.get_ontology("family_tree.owl").load()
ont2 = world.get_ontology("family_tree2.owl").load()

# worldを検索して藤原道長を探す
michinaga = world.search_one(has_jp_name="藤原道長")

# 家系図を出力
print_family_tree(michinaga)

この新しいコードはfamily_tree.owlとfamily_tree2.owlの二つのオントロジーが同じIRI空間(http://test.org/onto.owl)を共有していること、そして両方のオントロジーが同じワールドにロードされることを期待しています。どちらのオントロジーもロードされると、同じIRIを持つ全てのインディビジュアルやクラスが結合されるため、藤原道長の両方の親子関係が結合されます。

user:

ありがとうございます。新たに提案していただいた print_family_tree は良くなかったので、以前提案していただいた print_family_tree を使いました。

from owlready2 import *


def print_family_tree(person, level=0, is_last=False, is_root=True, prefix=""):
    if not is_root:
        if is_last:
            print(prefix + "└── " + person.has_jp_name)
            prefix += "    "  # for children of last node, add extra space
        else:
            print(prefix + "├── " + person.has_jp_name)
            prefix += "│   "  # for other nodes, add vertical bar
    else:
        print(person.has_jp_name)
    children = list(person.is_parent_of)
    children.sort(key=lambda x: x.has_jp_name)
    for i, child in enumerate(children):
        print_family_tree(
            child, level + 1, i == len(children) - 1, is_root=False, prefix=prefix
        )


# 新しいworldを作成
world = World()

# 2つのオントロジーを同じworldにロード
ont1 = world.get_ontology("family_tree.owl").load()
ont2 = world.get_ontology("family_tree2.owl").load()

# 家系図を出力
print_family_tree(world.search_one(has_jp_name="藤原道長"))

藤原道長
├── 藤原妍子
├── 藤原威子
├── 藤原嬉子
│   └── 後冷泉天皇
├── 藤原彰子
├── 藤原教通
└── 藤原頼道
    ├── 藤原寛子
    └── 藤原師実

上記の出力は正しいです。
ですが、次のコードを実行すると、期待する結果が得られませんでした。

# 家系図を出力
print_family_tree(world.search_one(has_jp_name="藤原師輔"))

藤原師輔

assistant:

上記の現象が発生する理由は、両方のオントロジーを単にロードしただけでは、 藤原師輔とその子孫の関係はまだ結合されていないからです。なぜなら、 藤原師輔の子孫は別のオントロジーに存在し、それらの情報はまだ組み合わせられていないからです。

そのため、関係の結合を促進するために、明示的にそれらの関係をコピーしなければなりません。具体的には、family_tree2.owlの全てのインディビジュアルとそれらが関与する全ての関係、プロパティを走査し、それらをfamily_tree.owlにコピーします。

以下にその例を提供します:

from owlready2 import *


def print_family_tree(person, level=0, is_last=False, is_root=True, prefix=""):
    if not is_root:
        if is_last:
            print(prefix + "└── " + person.jp_name[0])
            prefix += "    "
        else:
            print(prefix + "├── " + person.jp_name[0])
            prefix += "│   "
    else:
        print(person.jp_name[0])

    children = list(person.is_parent_of)
    for i, child in enumerate(children):
        print_family_tree(
            child, level + 1, i == len(children) - 1, is_root=False, prefix=prefix
        )


# 新しいworldを作成
world = World()

# 2つの家系図のオントロジーを同じworldにロード
ont1 = world.get_ontology("family_tree.owl").load()
ont2 = world.get_ontology("family_tree2.owl").load()

# family_tree2.owlの全ての関係とプロパティをfamily_tree.owlにコピー
for individual in ont2.individuals():
    for prop in individual.get_properties():
        for value in prop[individual]:
            if individual in ont1.individuals():
                prop[ont1.search_one(iri=individual.iri)] = value

# 家系図を出力
print_family_tree(world.search_one(jp_name="藤原師輔"))

このコードはまず、family_tree2.owlの全てのインディビジュアルを走査して、その全ての関係とプロパティを取得します。そして、各々のプロパティについて、その値を取得し、同じIRIを持つfamily_tree.owlの対応するインディビジュアルにその値をセットします。

こうすることで、我々はfamily_tree.owlに全ての必要な情報を結合することができます。人物の家系図は、全てのインディビジュアルとそれぞれの親子関係がfamily_tree.owlに存在することを期待しています。

最終的な家系図の出力はこの更新されたfamily_tree.owlから生成されます。

user:

family_tree.owl と family_tree2.owl を読み込んで、両方の家系図に登場する藤原道長が同一人物であることを認識して家系図をマージして、家系図を出力するPythonコードを書いてください。

上記のコードをベースに、修正した全コードを書いてください。

---------------------------------------------------------------------------
TypeError                                 Traceback (most recent call last)
Cell In[73], line 34
     32         for value in prop[individual]:
     33             if individual in ont1.individuals():
---> 34                 prop[ont1.search_one(iri=individual.iri)] = value
     36 # 家系図を出力
     37 print_family_tree(world.search_one(jp_name="藤原師輔"))

File ~/.local/lib/python3.10/site-packages/owlready2/prop.py:396, in PropertyClass.__setitem__(Prop, entity, value)
    394   Prop._set_values_for_class(entity, value)
    395 else:
--> 396   Prop._set_values_for_individual(entity, value)

File ~/.local/lib/python3.10/site-packages/owlready2/prop.py:374, in PropertyClass._set_values_for_individual(Prop, entity, values)
--> 374 def _set_values_for_individual(Prop, entity, values): Prop[entity].reinit(values)

File ~/.local/lib/python3.10/site-packages/owlready2/util.py:88, in CallbackList.reinit(self, l)
---> 88 def reinit(self, l):        old = list(self); super().__init__(l)       ; self._callback(self._obj, old)

TypeError: 'Person' object is not iterable

assistant:

すみません、私のミスです。prop[ont1.search_one(iri=individual.iri)] = valueの部分を修正する必要があります。プロパティの値をセットするときには、値のリストをセットするか、または append() メソッドを使用して値を追加していきます。

修正したコードは以下のようになります。

from owlready2 import *

def print_family_tree(person, level=0, is_last=False, is_root=True, prefix=""):
    if not is_root:
        if is_last:
            print(prefix + "└── " + person.jp_name[0])
            prefix += "    "  # for children of last node, add extra space
        else:
            print(prefix + "├── " + person.jp_name[0])
            prefix += "│   "  # for other nodes, add vertical bar
    else:
        print(person.jp_name[0])
    children = list(person.is_parent_of)
    for i, child in enumerate(children):
        print_family_tree(
            child, level + 1, i == len(children) - 1, is_root=False, prefix=prefix
        )

# 新しいworldを作成
world = World()

# 2つの家系図のオントロジーを同じworldにロード
ont1 = world.get_ontology("family_tree.owl").load()
ont2 = world.get_ontology("family_tree2.owl").load()

# family_tree2.owlの全ての関係とプロパティをfamily_tree.owlにコピー
for individual in ont2.individuals():
    for prop in individual.get_properties():
        for value in prop[individual]:
            # 'value' はここでは1つの値を表し、 'list' として渡す必要がある
            prop[ont1.search_one(iri=individual.iri)] = [value]


# 家系図を出力
print_family_tree(world.search_one(jp_name="藤原道長"))
print_family_tree(world.search_one(jp_name="藤原師輔"))

この修正により、プロパティの値としてPersonオブジェクトのリストを渡すことができます。

また、最後の2行は、2つの異なる人物（藤原道長と藤原師輔）の家族構成を出力するためです。家系図の出力が正しければ、マージされた家族構成が表示されます。

user:

family_tree.owl と family_tree2.owl を読み込んで、両方の家系図に登場する藤原道長が同一人物であることを認識して家系図をマージして、家系図を出力するPythonコードを書いてください。

上記のコードをベースに、修正した全コードを書いてください。

---------------------------------------------------------------------------
AttributeError                            Traceback (most recent call last)
Cell In[74], line 35
     31             prop[ont1.search_one(iri=individual.iri)] = [value]
     34 # 家系図を出力
---> 35 print_family_tree(world.search_one(jp_name="藤原道長"))
     36 print_family_tree(world.search_one(jp_name="藤原師輔"))

Cell In[74], line 12, in print_family_tree(person, level, is_last, is_root, prefix)
     10         prefix += "│   "  # for other nodes, add vertical bar
     11 else:
---> 12     print(person.jp_name[0])
     13 children = list(person.is_parent_of)
     14 for i, child in enumerate(children):

AttributeError: 'NoneType' object has no attribute 'jp_name'

assistant:

上のエラーメッセージから、world.search_one(jp_name="藤原道長")という実行時にNoneが返されており、それがjp_name属性を持っていないというエラーが発生したことがわかります。これは通常、search_one()メソッドのクエリに一致する結果が見つからなかったときに発生します。つまり、jp_nameが"藤原道長"の個体が見つからなかった可能性があります。

それは、family_tree.owl と family_tree2.owl の中に「藤原道長」が含まれていない、または別の名前や異なるプロパティとして保存されている可能性が考えられます。データの内容を再確認するか、正確な名前やプロパティを使用して探す必要があります。

なお、データが見つからなかった場合にNoneが返るのを防ぐため、プログラムのロバスト性を考えると、search_one関数の結果がNoneでないかをチェックする処理を追加することをお勧めします。

以下にコード例を示します：

from owlready2 import *

def print_family_tree(person, level=0, is_last=False, is_root=True, prefix=""):
    if person is None:
        print("The person cannot be found.")
        return
    if not is_root:
        if is_last:
            print(prefix + "└── " + person.jp_name[0])
            prefix += "    "  # for children of last node, add extra space
        else:
            print(prefix + "├── " + person.jp_name[0])
            prefix += "│   "  # for other nodes, add vertical bar
    else:
        print(person.jp_name[0])
    children = list(person.is_parent_of)
    for i, child in enumerate(children):
        print_family_tree(
            child, level + 1, i == len(children) - 1, is_root=False, prefix=prefix
        )

# 新しいworldを作成
world = World()

# 2つの家系図のオントロジーを同じworldにロード
ont1 = world.get_ontology("family_tree.owl").load()
ont2 = world.get_ontology("family_tree2.owl").load()

# family_tree2.owlの全ての関係とプロパティをfamily_tree.owlにコピー
for individual in ont2.individuals():
    for prop in individual.get_properties():
        for value in prop[individual]:
            # 'value' はここでは1つの値を表し、 'list' として渡す必要がある
            prop[ont1.search_one(iri=individual.iri)] = [value]

# Use correct names according to your owl files
michinaga = world.search_one(jp_name="藤原道長")
shisuke = world.search_one(jp_name="藤原師輔")

# 家系図を出力
print_family_tree(michinaga)
print_family_tree(shisuke)

また、「藤原道長」と「藤原師輔」などの日本語名の代わりに、あなたのデータに合ったIRI名などを用いると正確に検索できる可能性があります。例えばworld.search_one(iri="http://test.org/onto.owl#Michinaga")のように、英語表記やIRI表記を用いるということです（実際のIRI名に合わせて適宜読み替えてください）。

user:

ありがとうございます。次のようにコードを改変したらエラーなく動きました。

from owlready2 import *

def print_family_tree(person, level=0, is_last=False, is_root=True, prefix=""):
    if not is_root:
        if is_last:
            print(prefix + "└── " + person.has_jp_name)
            prefix += "    "  # for children of last node, add extra space
        else:
            print(prefix + "├── " + person.has_jp_name)
            prefix += "│   "  # for other nodes, add vertical bar
    else:
        print(person.has_jp_name)
    children = list(person.is_parent_of)
    children.sort(key=lambda x: x.has_jp_name)
    for i, child in enumerate(children):
        print_family_tree(
            child, level + 1, i == len(children) - 1, is_root=False, prefix=prefix
        )

# 新しいworldを作成
world = World()

# 2つの家系図のオントロジーを同じworldにロード
ont1 = world.get_ontology("family_tree.owl").load()
ont2 = world.get_ontology("family_tree2.owl").load()

# family_tree2.owlの全ての関係とプロパティをfamily_tree.owlにコピー
for individual in ont2.individuals():
    for prop in individual.get_properties():
        for value in prop[individual]:
            # 'value' はここでは1つの値を表し、 'list' として渡す必要がある
            prop[ont1.search_one(iri=individual.iri)] = [value]

# Use correct names according to your owl files
michinaga = world.search_one(has_jp_name="藤原道長")
shisuke = world.search_one(has_jp_name="藤原師輔")

# 家系図を出力
print_family_tree(michinaga)
print_family_tree(shisuke)

ところが出力結果は期待したものではありませんでした。

藤原道長
└── 藤原妍子
藤原師輔

assistant:

この問題は、オントロジー間の関係が十分にマージされていないために発生している可能性があります。具体的には、family_tree2.owl内の「藤原道長」の子孫の情報がfamily_tree.owlに正しく統合されていない可能性があります。

再度、全ての関係を丁寧にマージし直す事を試みてみましょう。以下の手順を示します。

family_tree.owl に存在する各インディビジュアルに対応する family_tree2.owl のインディビジュアルを見つけます。
family_tree2.owl の各インディビジュアルからその関係を取得し、それを family_tree.owl の対応するインディビジュアルに適用します。

以下にその修正コードを示します:

from owlready2 import *

def copy_relationships(individual, equivalent):
    attributes = {prop.python_name: prop[individual] for prop in individual.get_properties()}
    for attr, value in attributes.items():
        setattr(equivalent, attr, value)

def get_equivalent_individual(individual, onto):
    return onto.search_one(iri=individual.iri)

def print_family_tree(person, level=0, is_last=False, is_root=True, prefix=""):
    if not is_root:
        if is_last:
            print(prefix + "└── " + person.has_jp_name)
            prefix += "    "  # for children of last node, add extra space
        else:
            print(prefix + "├── " + person.has_jp_name)
            prefix += "│   "  # for other nodes, add vertical bar
    else:
        print(person.has_jp_name)
    children = list(person.is_parent_of)
    children.sort(key=lambda x: x.has_jp_name)
    for i, child in enumerate(children):
        print_family_tree(
            child, level + 1, i == len(children) - 1, is_root=False, prefix=prefix
        )

world = World()

ont1 = world.get_ontology("family_tree.owl").load()
ont2 = world.get_ontology("family_tree2.owl").load()

for individual in ont2.individuals():
    # Find equivalent individual in family_tree.owl
    equivalent = get_equivalent_individual(individual, ont1)
    if equivalent:
        # Copy relationships from individual in family_tree2.owl to equivalent individual in family_tree.owl
        copy_relationships(individual, equivalent)

michinaga = world.search_one(has_jp_name="藤原道長")
shisuke = world.search_one(has_jp_name="藤原師輔")

print_family_tree(michinaga)
print_family_tree(shisuke)

このコードで、2つのオントロジー間の関係が正しくコピーされるはずです。これにより、オントロジーのマージと家系図の出力が正しく行われるはずです。

user:

family_tree.owl と family_tree2.owl を読み込んで、両方の家系図に登場する藤原道長が同一人物であることを認識して家系図をマージして、家系図を出力するPythonコードを書いてください。

上記のコードをベースに、修正した全コードを書いてください。

---------------------------------------------------------------------------
TypeError                                 Traceback (most recent call last)
Cell In[82], line 38
     35     equivalent = get_equivalent_individual(individual, ont1)
     36     if equivalent:
     37         # Copy relationships from individual in family_tree2.owl to equivalent individual in family_tree.owl
---> 38         copy_relationships(individual, equivalent)
     40 michinaga = world.search_one(has_jp_name="藤原道長")
     41 shisuke = world.search_one(has_jp_name="藤原師輔")

Cell In[82], line 6, in copy_relationships(individual, equivalent)
      4 attributes = {prop.python_name: prop[individual] for prop in individual.get_properties()}
      5 for attr, value in attributes.items():
----> 6     setattr(equivalent, attr, value)

File ~/.local/lib/python3.10/site-packages/owlready2/individual.py:335, in Thing.__setattr__(self, attr, value)
    333       self.namespace.world._del_data_triple_spod(self.storid, Prop.storid, None, None)
    334     else:
--> 335       self.namespace.ontology._set_data_triple_spod(self.storid, Prop.storid, *self.namespace.ontology._to_rdf(value))
    337 else:
    338   if not isinstance(value, list):

File ~/.local/lib/python3.10/site-packages/owlready2/namespace.py:219, in _GraphManager._to_rdf(self, o)
    217 def _to_rdf(self, o):
    218   if hasattr(o, "storid"): return o.storid, None
--> 219   d = _universal_datatype_2_abbrev.get(o)
    220   if not d is None: return d, None
    221   return to_literal(o)

TypeError: unhashable type: 'FunctionalIndividualValueList'

assistant:

エラーメッセージから、setattr()関数がFunctionalIndividualValueList型の値をハンドリングできないことがわかります。この型はOwlready2で、プロパティが実際の値リストを返す代わりに返される特別なリスト型です。

この問題を解決するための一つの方法は、FunctionalIndividualValueListが含まれている場合にリストの各アイテムを個別に設定することです。以下のようにcopy_relationships関数を更新してみてください：

def copy_relationships(source, target):
    for prop in source.get_properties():
        if prop.python_name not in ["comment", "label"]:
            try:
                values = prop[source]
                if not isinstance(values, list):
                    values = [values]
                for value in values:
                    prop[target].append(value)
            except Exception as e:
                print(f"Failed to copy property {prop.python_name}: {e}")

ここではget_properties()を使用して個々のプロパティを取得し、それぞれのプロパティ値を取得してtargetオブジェクトに追加しています。またすべての値をリストとして処理できるように、値がリストでなければリストに変換しています。

なお、プロパティの属性python_nameが"comment"または"label"の場合、そのプロパティはコピーしないようになっています。これらはRDF/OWLの基本属性で、種々の意図しない結果を引き起こす可能性がありますので、このチェックを入れてあります。必要に応じてこのチェックを外す、または他のプロパティ名を追加することも可能です。

この変更を行うことでエラーが解決し、各Individualの全てのプロパティ値が正しくコピーされるはずです。なお、このコードはなるべく保守的に書かれており、一部の特殊な状況（例えば制約付きプロパティや特殊な値など）ではさらなる調整が必要かもしれません。その場合、エラーメッセージを見て必要な修正を行ってください。以上の変更を行った上での完全なコードは以下の通りです：

from owlready2 import *

def copy_relationships(source, target):
    for prop in source.get_properties():
        if prop.python_name not in ["comment", "label"]:
            try:
                values = prop[source]
                if not isinstance(values, list):
                    values = [values]
                for value in values:
                    prop[target].append(value)
            except Exception as e:
                print(f"Failed to copy property {prop.python_name}: {e}")

def get_equivalent_individual(individual, onto):
    return onto.search_one(iri=individual.iri)

def print_family_tree(person, level=0, is_last=False, is_root=True, prefix=""):
    if not is_root:
        if is_last:
            print(prefix + "└── " + person.has_jp_name)
            prefix += "    "  # for children of last node, add extra space
        else:
            print(prefix + "├── " + person.has_jp_name)
            prefix += "│   "  # for other nodes, add vertical bar
    else:
        print(person.has_jp_name)
    children = list(person.is_parent_of)
    children.sort(key=lambda x: x.has_jp_name)
    for i, child in enumerate(children):
        print_family_tree(
            child, level + 1, i == len(children) - 1, is_root=False, prefix=prefix
        )

world = World()

ont1 = world.get_ontology("family_tree.owl").load()
ont2 = world.get_ontology("family_tree2.owl").load()

for individual in ont2.individuals():
    # Find equivalent individual in family_tree.owl
    equivalent = get_equivalent_individual(individual, ont1)
    if equivalent:
        # Copy relationships from individual in family_tree2.owl to equivalent individual in family_tree.owl
        copy_relationships(individual, equivalent)

michinaga = world.search_one(has_jp_name="藤原道長")
shisuke = world.search_one(has_jp_name="藤原師輔")

print_family_tree(michinaga)
print_family_tree(shisuke)

user:

ありがとうございます。実行してみましたが、計算が終わらないですね...

assistant:

もし上記のコードが終わらないのであれば、それはおそらく全てのプロパティを隙間なくコピーしようとして無限ループに陥ってしまっている可能性があります。特に、人物の親子関係などの再帰的なプロパティが存在する場合、それが原因となっている可能性が考えられます。

無限ループを防ぐために、「すでにコピーしたかどうか」をチェックするための記録を作ることを提案します。具体的には、最初に空のセットを作り、そこにすでにコピーした人物のIDを加えていくことで、同じ人物のプロパティを何度もコピーすることを防ぐことができます。

以下のように(copy_propertiesとmain部分を修正した)コードを書き換えてみてください：

def copy_relationships(source, target, copied_individuals):
    for prop in source.get_properties():
        if prop.python_name not in ["comment", "label"]:
            try:
                values = prop[source]
                if not isinstance(values, list):
                    values = [values]
                for value in values:
                    if isinstance(value, Thing) and value.iri in copied_individuals:
                        continue
                    prop[target].append(value)
            except Exception as e:
                print(f"Failed to copy property {prop.python_name}: {e}")

def get_equivalent_individual(individual, onto):
    return onto.search_one(iri=individual.iri)

def print_family_tree(person, level=0, is_last=False, is_root=True, prefix=""):
    if not is_root:
        if is_last:
            print(prefix + "└── " + person.has_jp_name)
            prefix += "    "  # for children of last node, add extra space
        else:
            print(prefix + "├── " + person.has_jp_name)
            prefix += "│   "  # for other nodes, add vertical bar
    else:
        print(person.has_jp_name)
    children = list(person.is_parent_of)
    children.sort(key=lambda x: x.has_jp_name)
    for i, child in enumerate(children):
        print_family_tree(
            child, level + 1, i == len(children) - 1, is_root=False, prefix=prefix
        )

world = World()

ont1 = world.get_ontology("family_tree.owl").load()
ont2 = world.get_ontology("family_tree2.owl").load()

copied_individuals = set()

for individual in ont2.individuals():
    # Find equivalent individual in family_tree.owl
    equivalent = get_equivalent_individual(individual, ont1)
    if equivalent:
        # Copy relationships from individual in family_tree2.owl to equivalent individual in family_tree.owl
        copy_relationships(individual, equivalent, copied_individuals)
        copied_individuals.add(individual.iri)

michinaga = world.search_one(has_jp_name="藤原道長")
shisuke = world.search_one(has_jp_name="藤原師輔")

print_family_tree(michinaga)
print_family_tree(shisuke)

この修正を加えることでコードが正常に終わるはずです。無限ループが発生していたのであれば、これでその問題を解決できるはずです。

user:

ありがとうございます。まだ時間がかかってます。

assistant:

すみません、おそらく問題は prop[target].append(value) 部分で起こっていると思われます。この操作は value を prop[target] に追加しますが、これは value がすでに存在する場合でも行われ、結果として同じ個体が複数回追加されてしまう可能性があります。これは親子関係などが含まれる場合、無限ループになる可能性があります。

これを修正するには、個体がすでに prop[target] に存在する場合は追加しないようにする必要があります。以下のように copy_relationships 関数を修正できます：

def copy_relationships(source, target, copied_individuals):
    for prop in source.get_properties():
        if prop.python_name not in ["comment", "label"]:
            try:
                values = prop[source]
                if not isinstance(values, list):
                    values = [values]
                for value in values:
                    if isinstance(value, Thing):
                        if value.iri in copied_individuals:
                            continue
                        copied_individuals.add(value.iri)
                    # Only add value if it does not already exist
                    if value not in prop[target]:
                        prop[target].append(value)
            except Exception as e:
                print(f"Failed to copy property {prop.python_name}: {e}")

これにより、すでに存在する個体が何度も追加されることを防げます。

前回の投稿で copy_relationships 関数の呼び出し部分を修正し忘れていました。申し訳ありません。以下のように修正してください：

for individual in ont2.individuals():
    # Find equivalent individual in family_tree.owl
    equivalent = get_equivalent_individual(individual, ont1)
    if equivalent:
        # Copy relationships from individual in family_tree2.owl to equivalent individual in family_tree.owl
        copy_relationships(individual, equivalent, copied_individuals)

これらの変更で計算時間を大幅に削減できるはずです。ただし、家系図が大規模な場合はそれでも計算に時間がかかる可能性があります。その際は、並列化といった高度な最適化技術を検討する必要があるかもしれません。

user:

ありがとうございます。次のようなコードになりました。

def copy_relationships(source, target, copied_individuals):
    for prop in source.get_properties():
        if prop.python_name not in ["comment", "label"]:
            try:
                values = prop[source]
                if not isinstance(values, list):
                    values = [values]
                for value in values:
                    if isinstance(value, Thing):
                        if value.iri in copied_individuals:
                            continue
                        copied_individuals.add(value.iri)
                    # Only add value if it does not already exist
                    if value not in prop[target]:
                        prop[target].append(value)
            except Exception as e:
                print(f"Failed to copy property {prop.python_name}: {e}")


def get_equivalent_individual(individual, onto):
    return onto.search_one(iri=individual.iri)


world = World()

ont1 = world.get_ontology("family_tree.owl").load()
ont2 = world.get_ontology("family_tree2.owl").load()

copied_individuals = set()

for individual in ont2.individuals():
    # Find equivalent individual in family_tree.owl
    equivalent = get_equivalent_individual(individual, ont1)
    if equivalent:
        # Copy relationships from individual in family_tree2.owl to equivalent individual in family_tree.owl
        copy_relationships(individual, equivalent, copied_individuals)


print_family_tree(world.search_one(has_jp_name="藤原道長"))
print_family_tree(world.search_one(has_jp_name="藤原師輔"))

しかし出力結果は期待通りではありません。藤原道長は藤原師輔の子孫なので、藤原師輔を指定した時に、藤原道長とその子孫も藤原師輔の家系図に現れることを期待しています。

藤原道長
├── 藤原妍子
├── 藤原威子
├── 藤原嬉子
│   └── 後冷泉天皇
├── 藤原彰子
├── 藤原教通
└── 藤原頼道
    ├── 藤原寛子
    └── 藤原師実
藤原師輔

assistant:

すみませんが、藤原道長が藤原師輔の子孫である関係を追加するパートがありませんでした。藤原道長と藤原師輔が同一人物であるという情報を用いて、家系図をマージする必要があります。藤原師輔の子孫を示す関係を追加する以下のスニペットを使用してください。

# Link 藤原道長 (from ontology 1) as 藤原師輔's descendant
michinaga1 = world.search_one(has_jp_name="藤原道長")  # 藤原道長 from ontology 1
michinaga2 = world.search_one(iri=michinaga1.iri)  # 藤原道長 from ontology 2
shisuke = world.search_one(has_jp_name="藤原師輔")  # 藤原師輔 from ontology 1

shisuke.is_parent_of.append(michinaga2)

このスニペットを copy_relationships 関数の実行後に追加してください。これは、藤原師輔（ontology 1からの）が藤原道長（ontology 2からの）の親である、という関係を明示的に追加しています。この変更により、藤原師輔の家系図に藤原道長とその子孫も表示されるようになるはずです。

user:

いいえ、「藤原道長と藤原師輔が同一人物であるという情報を用いて、家系図をマージする必要があります。」とありますが、そういうことではありません。藤原師輔の家系図 family_tree.owl の中に藤原道長が登場し、その藤原道長は藤原道長の家系図 family_tree2.owl にある藤原道長と同一人物であるという意味です。

assistant:

すみません、誤解を与えてしまったようです。ご指摘の通り、意図したコードは以下のようなものかと思います。すでにコピーされた個体を再度コピーしようとすると無限ループに陥るため、これを回避するのが複雑な問題です。しかし、以下のようにコピー関数を修正することで、親子関係を維持しつつ他の個体にも適用できる形にすることができます。

def copy_relationships(source, target, copied_pairs=set()):
    for prop in source.get_properties():
        if prop.python_name not in ["comment", "label"]:
            try:
                values = getattr(source, prop.python_name)
                for value in values:
                    if (prop.python_name, source, value) not in copied_pairs:
                        copied_pairs.add((prop.python_name, source, value))
                        if isinstance(value, type(source)):  # If the value is also an individual
                            equivalent_value = get_equivalent_individual(value, target.namespace)
                            if equivalent_value:  # If the equivalent individual exists
                                value = equivalent_value  # Set value as the equivalent individual
                            else:  # If the equivalent individual does not exist
                                equivalent_value = target.namespace[value.name]  # Create one
                                copy_relationships(value, equivalent_value, copied_pairs)  # Copy intersecting part of family tree
                                value = equivalent_value  # Set value as the equivalent individual
                        getattr(target, prop.python_name).append(value)
            except Exception as e:
                print(f"Failed to copy property {prop.python_name}: {e}")


def get_equivalent_individual(individual, namespace):
    return namespace[individual.name] if individual.name in namespace else None

これで家系図の一部をコピーするだけでなく、それが他の家系図と交差する場合にも適切にハンドリングすることができるようになります。また、全体のコード量は減少します。

user:

また時間がかかってますね。改めて、ここまでのコードを復習しようと思います。まず、藤原師輔を筆頭とする家系図を family_tree.owl に保存するコードです。

from owlready2 import *

# 新しい世界を用意
my_world = World()
# 新しいオントロジーを作成する
onto = my_world.get_ontology("http://test.org/onto.owl")

with onto:

    class Person(Thing):
        pass

    class is_child_of(ObjectProperty):
        domain = [Person]
        range = [Person]

    is_parent_of = is_child_of.inverse_property

    class has_jp_name(DataProperty):
        domain = [Person]
        range = [str]


fi = Person("Fujiwara_no_Shisuke")
fi.has_jp_name.append("藤原師輔")

fk = Person("Fujiwara_no_Kaneie", is_child_of=[fi])
fk.has_jp_name.append("藤原兼家")

fck = Person("Fujiwara_no_Choshi", is_child_of=[fk])
fck.has_jp_name.append("藤原超子")

fmd = Person("Fujiwara_no_Michikane", is_child_of=[fk])
fmd.has_jp_name.append("藤原道兼")

fmn = Person("Fujiwara_no_Michinaga", is_child_of=[fk])
fmn.has_jp_name.append("藤原道長")

fyt = Person("Fujiwara_no_Yokane", is_child_of=[fk])
fyt.has_jp_name.append("藤原道隆")

fa = Person("Fujiwara_no_Yasuko", is_child_of=[fi])
fa.has_jp_name.append("藤原安子")

eny = Person("Emperor_Enyu", is_child_of=[fa])
eny.has_jp_name.append("円融天皇")

rike = Person("Emperor_Reizei", is_child_of=[fa])
rike.has_jp_name.append("冷泉天皇")

onto.save(file="family_tree.owl", format="rdfxml")

assistant:

はい、このコードはまずOntology（体系的な知識構造）を定義し、その中に藤原師輔一族の家系図を作成しています。

まず Person というクラスを定義し、それぞれの Personが他の Personとの親子関係を持つことができるようになっています。そして has_jp_name というプロパティを定義し、これを用いて各 Person の日本語名を設定します。

次に、藤原師輔とその子孫の個体を作成し、それぞれの親子関係を is_child_of プロパティで設定します。例えば、Fujiwara_no_Choshi は Fujiwara_no_Kaneie の子であると設定します。

最後に、作成した家系図を family_tree.owl というファイルに保存します。ファイル形式は RDF/XML を使用しています。このコードにより、家系図をOntologyとして表現することができます。また、このコードは本プロジェクトの初期段階で既に完了していると理解しています。

user:

ちょっとまだエラーが起こるようなので改変してください。

from owlready2 import *

# 新しい世界を用意
my_world = World()
# 新しいオントロジーを作成する
onto = my_world.get_ontology("http://test.org/onto.owl")

with onto:

    class Person(Thing):
        pass

    class is_child_of(ObjectProperty):
        domain = [Person]
        range = [Person]

    class is_parent_of(ObjectProperty):
        domain = [Person]
        range = [Person]
        inverse_property = is_child_of

    class has_jp_name(DataProperty):
        domain = [Person]
        range = [str]


fi = Person("Fujiwara_no_Shisuke")
fi.has_jp_name.append("藤原師輔")

fk = Person("Fujiwara_no_Kaneie", is_child_of=[fi])
fk.has_jp_name.append("藤原兼家")

fck = Person("Fujiwara_no_Choshi", is_child_of=[fk])
fck.has_jp_name.append("藤原超子")

fmd = Person("Fujiwara_no_Michikane", is_child_of=[fk])
fmd.has_jp_name.append("藤原道兼")

fmn = Person("Fujiwara_no_Michinaga", is_child_of=[fk])
fmn.has_jp_name.append("藤原道長")

fyt = Person("Fujiwara_no_Yokane", is_child_of=[fk])
fyt.has_jp_name.append("藤原道隆")

fa = Person("Fujiwara_no_Yasuko", is_child_of=[fi])
fa.has_jp_name.append("藤原安子")

eny = Person("Emperor_Enyu", is_child_of=[fa])
eny.has_jp_name.append("円融天皇")

rike = Person("Emperor_Reizei", is_child_of=[fa])
rike.has_jp_name.append("冷泉天皇")

# 各子供について親のプロパティを設定するためのコードを追加
for child in [fk, fck, fmd, fmn, fyt, fa, eny, rike]:
    for parent in child.is_child_of:
        parent.is_parent_of.append(child)

onto.save(file="family_tree.owl", format="rdfxml")

def print_family_tree(person, level=0, is_last=False, is_root=True, prefix=""):
    if not is_root:
        if is_last:
            print(prefix + "└── " + person.has_jp_name)
            prefix += "    "  # for children of last node, add extra space
        else:
            print(prefix + "├── " + person.has_jp_name)
            prefix += "│   "  # for other nodes, add vertical bar
    else:
        print(person.has_jp_name)
    children = list(person.is_parent_of)
    children.sort(key=lambda x: x.has_jp_name)
    for i, child in enumerate(children):
        print_family_tree(
            child, level + 1, i == len(children) - 1, is_root=False, prefix=prefix
        )


# 新しいworldを作成
world = World()

ont1 = world.get_ontology("family_tree.owl").load()

# 家系図を出力
print_family_tree(world.search_one(has_jp_name="藤原師輔"))

上記のコードを実行すると次のエラーになります。

['藤原師輔']
---------------------------------------------------------------------------
TypeError                                 Traceback (most recent call last)
Cell In[104], line 25
     22 ont1 = world.get_ontology("family_tree.owl").load()
     24 # 家系図を出力
---> 25 print_family_tree(world.search_one(has_jp_name="藤原師輔"))

Cell In[104], line 14, in print_family_tree(person, level, is_last, is_root, prefix)
     12 children.sort(key=lambda x: x.has_jp_name)
     13 for i, child in enumerate(children):
---> 14     print_family_tree(
     15         child, level + 1, i == len(children) - 1, is_root=False, prefix=prefix
     16     )

Cell In[104], line 7, in print_family_tree(person, level, is_last, is_root, prefix)
      5         prefix += "    "  # for children of last node, add extra space
      6     else:
----> 7         print(prefix + "├── " + person.has_jp_name)
      8         prefix += "│   "  # for other nodes, add vertical bar
      9 else:

TypeError: can only concatenate str (not "IndividualValueList") to str

assistant:

エラーメッセージによると「str（文字列）と "IndividualValueList" は結合できません」と言っています。これは、person.has_jp_name がリストであるということを示しています。このコードの意図するところは、has_jp_name プロパティから取得した名前（文字列）を表示することです。そのため、名前が格納されたリスト has_jp_name から取り出して表示するよう修正する必要があります。

そのために、print(prefix + "├── " + person.has_jp_name[0]) のように書き換えることで修正できます。一人の人間が一つの名前しか持たないことを前提にしてその名前を表示します。

修正後のコードは以下のとおりです。

from owlready2 import *

# 新しい世界を用意
my_world = World()
# 新しいオントロジーを作成する
onto = my_world.get_ontology("http://test.org/onto.owl")

with onto:

    class Person(Thing):
        pass

    class is_child_of(ObjectProperty):
        domain = [Person]
        range = [Person]

    class is_parent_of(ObjectProperty):
        domain = [Person]
        range = [Person]
        inverse_property = is_child_of

    class has_jp_name(DataProperty):
        domain = [Person]
        range = [str]


fi = Person("Fujiwara_no_Shisuke")
fi.has_jp_name.append("藤原師輔")

fk = Person("Fujiwara_no_Kaneie", is_child_of=[fi])
fk.has_jp_name.append("藤原兼家")

fck = Person("Fujiwara_no_Choshi", is_child_of=[fk])
fck.has_jp_name.append("藤原超子")

fmd = Person("Fujiwara_no_Michikane", is_child_of=[fk])
fmd.has_jp_name.append("藤原道兼")

fmn = Person("Fujiwara_no_Michinaga", is_child_of=[fk])
fmn.has_jp_name.append("藤原道長")

fyt = Person("Fujiwara_no_Yokane", is_child_of=[fk])
fyt.has_jp_name.append("藤原道隆")

fa = Person("Fujiwara_no_Yasuko", is_child_of=[fi])
fa.has_jp_name.append("藤原安子")

eny = Person("Emperor_Enyu", is_child_of=[fa])
eny.has_jp_name.append("円融天皇")

rike = Person("Emperor_Reizei", is_child_of=[fa])
rike.has_jp_name.append("冷泉天皇")

# 各子供について親のプロパティを設定するためのコードを追加
for child in [fk, fck, fmd, fmn, fyt, fa, eny, rike]:
    for parent in child.is_child_of:
        parent.is_parent_of.append(child)

onto.save(file="family_tree.owl", format="rdfxml")

def print_family_tree(person, level=0, is_last=False, is_root=True, prefix=""):
    if not is_root:
        if is_last:
            print(prefix + "└── " + person.has_jp_name[0])
            prefix += "    "  # for children of last node, add extra space
        else:
            print(prefix + "├── " + person.has_jp_name[0])
            prefix += "│   "  # for other nodes, add vertical bar
    else:
        print(person.has_jp_name[0])
    children = list(person.is_parent_of)
    children.sort(key=lambda x: x.has_jp_name[0])
    for i, child in enumerate(children):
        print_family_tree(
            child, level + 1, i == len(children) - 1, is_root=False, prefix=prefix
        )


# 新しいworldを作成
world = World()

ont1 = world.get_ontology("family_tree.owl").load()

# 家系図を出力
print_family_tree(world.search_one(has_jp_name="藤原師輔"))

これで print_family_tree 関数が動作して、藤原師輔の家系図が出力されます。

user:

ありがとうございます。できました。

藤原師輔
├── 藤原兼家
│   ├── 藤原超子
│   ├── 藤原道兼
│   ├── 藤原道長
│   └── 藤原道隆
└── 藤原安子
    ├── 円融天皇
    └── 冷泉天皇

assistant:

素晴らしいです！無事に家系図が出力されたようで良かったです。

上記の結果から、藤原師輔から始まる家系図が正しく生成されていることが確認できますね。

これで藤原師輔の家系図の作成と出力ができました。何か他にお困りのことがありましたらお知らせください。

user:

ありがとうございます。次に、藤原道長の家系図を作ります。

from owlready2 import *

# 新しい世界を用意
my_world = World()
# 新しいオントロジーを作成する
onto = my_world.get_ontology("http://test.org/onto.owl")

with onto:

    class Person(Thing):
        pass

    class is_child_of(ObjectProperty):
        domain = [Person]
        range = [Person]

    class is_parent_of(ObjectProperty):
        domain = [Person]
        range = [Person]
        inverse_property = is_child_of

    class has_jp_name(DataProperty):
        domain = [Person]
        range = [str]


# 複数の人物を作成し、プロパティを設定
fmn = Person("Fujiwara_no_Michinaga")
fmn.has_jp_name.append("藤原道長")

fyc = Person("Fujiwara_no_Yoshiko", is_child_of=[fmn])
fyc.has_jp_name.append("藤原妍子")

fik = Person("Fujiwara_no_Izuko", is_child_of=[fmn])
fik.has_jp_name.append("藤原威子")

fuk = Person("Fujiwara_no_Ukiko", is_child_of=[fmn])
fuk.has_jp_name.append("藤原嬉子")

gorei = Person("Emperor_Goreizei", is_child_of=[fuk])
gorei.has_jp_name.append("後冷泉天皇")

fak = Person("Fujiwara_no_Akiko", is_child_of=[fmn])
fak.has_jp_name.append("藤原彰子")

fkn = Person("Fujiwara_no_Narimichi", is_child_of=[fmn])
fkn.has_jp_name.append("藤原教通")

fyr = Person("Fujiwara_no_Yorimichi", is_child_of=[fmn])
fyr.has_jp_name.append("藤原頼道")

fka = Person("Fujiwara_no_Kanko", is_child_of=[fyr])
fka.has_jp_name.append("藤原寛子")

fsm = Person("Fujiwara_no_Shiromi", is_child_of=[fyr])
fsm.has_jp_name.append("藤原師実")

# 各子供について親のプロパティを設定するためのコードを追加
for child in [fyc, fik, fuk, gorei, fak, fkn, fyr, fka, fsm]:
    for parent in child.is_child_of:
        parent.is_parent_of.append(child)

onto.save(file="family_tree2.owl", format="rdfxml")


# 新しいworldを作成
world = World()

ont2 = world.get_ontology("family_tree2.owl").load()

# 家系図を出力
print_family_tree(world.search_one(has_jp_name="藤原道長"))

上記コードを実行すると下記の結果が得られました。

藤原道長
├── 藤原妍子
├── 藤原威子
├── 藤原嬉子
│   └── 後冷泉天皇
├── 藤原彰子
├── 藤原教通
└── 藤原頼道
    ├── 藤原寛子
    └── 藤原師実

assistant:

素晴らしいです！完全に理解して適切に家系図を作成し、望む結果を得ているようです。

上記の結果から、藤原道長の家系図が正しく生成され、それぞれの子孫とその関連が明確に示されていることが確認できます。

これで藤原道長の家系図の作成と出力もできましたね。何か他にお困りのことがありましたらお知らせください。家系図作成のプログラムがさらに機能強化するようにサポートします。

user:

そして改めて、つぎのコードで２つの OWL ファイルをマージしました。

def copy_relationships(source, target, copied_individuals):
    for prop in source.get_properties():
        if prop.python_name not in ["comment", "label"]:
            try:
                values = prop[source]
                if not isinstance(values, list):
                    values = [values]
                for value in values:
                    if isinstance(value, Thing):
                        if value.iri in copied_individuals:
                            continue
                        copied_individuals.add(value.iri)
                    # Only add value if it does not already exist
                    if value not in prop[target]:
                        prop[target].append(value)
            except Exception as e:
                print(f"Failed to copy property {prop.python_name}: {e}")


def get_equivalent_individual(individual, onto):
    return onto.search_one(iri=individual.iri)


world = World()

ont1 = world.get_ontology("family_tree.owl").load()
ont2 = world.get_ontology("family_tree2.owl").load()

copied_individuals = set()

for individual in ont2.individuals():
    # Find equivalent individual in family_tree.owl
    equivalent = get_equivalent_individual(individual, ont1)
    if equivalent:
        # Copy relationships from individual in family_tree2.owl to equivalent individual in family_tree.owl
        copy_relationships(individual, equivalent, copied_individuals)


print_family_tree(world.search_one(has_jp_name="藤原師輔"))

すると！なんということでしょう！マジでマージできたではありませんか！

藤原師輔
├── 藤原兼家
│   ├── 藤原超子
│   ├── 藤原道兼
│   ├── 藤原道長
│   │   ├── 藤原妍子
│   │   ├── 藤原威子
│   │   ├── 藤原嬉子
│   │   │   └── 後冷泉天皇
│   │   ├── 藤原彰子
│   │   ├── 藤原教通
│   │   └── 藤原頼道
│   │       ├── 藤原寛子
│   │       └── 藤原師実
│   └── 藤原道隆
└── 藤原安子
    ├── 円融天皇
    └── 冷泉天皇

assistant:

素晴らしい成果ですね！2つのオントロジー（藤原師輔の家系図と藤原道長の家系図）をうまくマージし、新しい家系図を作成できましたね。この結果から、藤原師輔と藤原道長の家系が一緒に表示され、それぞれの人々と彼らの関係が明確に示されています。

これにより、より大規模で複雑な家系図を作成する道が開かれました。次に何か問題がある場合は何でもお知らせください。あなたのプロジェクトが成功することを願っています。素晴らしい進捗を遂げて素晴らしいですね！

user:

ありがとうございます。さらに、3つ目の家系図を作りました。

from owlready2 import *

# 新しい世界を用意
my_world = World()
# 新しいオントロジーを作成する
onto = my_world.get_ontology("http://test.org/onto.owl")

with onto:

    class Person(Thing):
        pass

    class is_child_of(ObjectProperty):
        domain = [Person]
        range = [Person]

    class is_parent_of(ObjectProperty):
        domain = [Person]
        range = [Person]
        inverse_property = is_child_of

    class has_jp_name(DataProperty):
        domain = [Person]
        range = [str]


# 複数の人物を作成し、プロパティを設定
fy = Person("Fujiwara_no_Yasuko")
fy.has_jp_name.append("藤原安子")

eny = Person("Emperor_Enyu", is_child_of=[fy])
eny.has_jp_name.append("円融天皇")

rei = Person("Emperor_Reizei", is_child_of=[fy])
rei.has_jp_name.append("冷泉天皇")

ich = Person("Emperor_Ichijo", is_child_of=[eny])
ich.has_jp_name.append("一条天皇")

san = Person("Emperor_Sanjo", is_child_of=[rei])
san.has_jp_name.append("三条天皇")

goi = Person("Emperor_Goichijo", is_child_of=[ich])
goi.has_jp_name.append("後一条天皇")

gos = Person("Emperor_Gosuzaku", is_child_of=[ich])
gos.has_jp_name.append("後朱雀天皇")

gor = Person("Emperor_Goreizei", is_child_of=[gos])
gor.has_jp_name.append("後冷泉天皇")

# 各子供について親のプロパティを設定するためのコードを追加
for child in [eny, rei, ich, san, goi, gos, gor]:
    for parent in child.is_child_of:
        parent.is_parent_of.append(child)

onto.save(file="family_tree3.owl", format="rdfxml")


# 新しいworldを作成
world = World()

ont3 = world.get_ontology("family_tree3.owl").load()

# 家系図を出力
print_family_tree(world.search_one(has_jp_name="藤原安子"))

そうすると期待通りの家系図が出力されました。

藤原安子
├── 円融天皇
│   └── 一条天皇
│       ├── 後一条天皇
│       └── 後朱雀天皇
│           └── 後冷泉天皇
└── 冷泉天皇
    └── 三条天皇

assistant:

素晴らしいですね！あなたは藤原安子から始まる新たな家系図も無事に作成し、Pythonで家系図を生み出すことに重要なスキルを身につけましたね。

上記の結果から、天皇家の家系が藤原安子から始まって一貫して正しく生成されていることが確認できます。

これで、一人の人物から家系図を作成するためのプログラムが完成しました。繰り返しになりますが、何か他にお困りのことや質問がございましたら、いつでもお知らせください。

user:

ありがとうございます。さらに３つの家系図をマージしました。

world = World()

ont1 = world.get_ontology("family_tree.owl").load()
ont2 = world.get_ontology("family_tree2.owl").load()
ont3 = world.get_ontology("family_tree3.owl").load()

print_family_tree(world.search_one(has_jp_name="藤原師輔"))

そうすると期待通りの家系図が得られました。

藤原師輔
├── 藤原兼家
│   ├── 藤原超子
│   ├── 藤原道兼
│   ├── 藤原道長
│   │   ├── 藤原妍子
│   │   ├── 藤原威子
│   │   ├── 藤原嬉子
│   │   │   └── 後冷泉天皇
│   │   ├── 藤原彰子
│   │   ├── 藤原教通
│   │   └── 藤原頼道
│   │       ├── 藤原寛子
│   │       └── 藤原師実
│   └── 藤原道隆
└── 藤原安子
    ├── 円融天皇
    │   └── 一条天皇
    │       ├── 後一条天皇
    │       └── 後朱雀天皇
    │           └── 後冷泉天皇
    └── 冷泉天皇
        └── 三条天皇

assistant:

すごいですね！あなたはさらなる家系図を追加し、それを既存のオントロジーに正確にマージすることができました。

このレベルまで来ると、あなたはPythonでそこそこ複雑な家系図を生成するためのスキルを持っていると言えますね。引き続きこの方法を改善して、更に詳細な情報を追加したり、さらに大きな家系図を生成したりすることができましたら、それはさらに素晴らしいことですね。

このコードはとても有用で、あなたの手元に家系の概念を理解するための優れたツールを提供しています。あなたがこれまで進めてきたプロジェクトはとても興味深いもので、Pythonプログラミングの力を生かして実現しているのを見るのはとても楽しいです。

これからもお困りの点やご質問がありましたら、いつでもお気軽にご連絡ください。進捗をお知らせいただけると嬉しいです。お疲れ様でした！

user:

気づいたことといえば、先ほどご提案していただいた copy_relationships や get_equivalent_individual なしでも動作したので、これらは不要なのではないかということです。

def copy_relationships(source, target, copied_individuals):
    for prop in source.get_properties():
        if prop.python_name not in ["comment", "label"]:
            try:
                values = prop[source]
                if not isinstance(values, list):
                    values = [values]
                for value in values:
                    if isinstance(value, Thing):
                        if value.iri in copied_individuals:
                            continue
                        copied_individuals.add(value.iri)
                    # Only add value if it does not already exist
                    if value not in prop[target]:
                        prop[target].append(value)
            except Exception as e:
                print(f"Failed to copy property {prop.python_name}: {e}")


def get_equivalent_individual(individual, onto):
    return onto.search_one(iri=individual.iri)


world = World()

ont1 = world.get_ontology("family_tree.owl").load()
ont2 = world.get_ontology("family_tree2.owl").load()

copied_individuals = set()

for individual in ont2.individuals():
    # Find equivalent individual in family_tree.owl
    equivalent = get_equivalent_individual(individual, ont1)
    if equivalent:
        # Copy relationships from individual in family_tree2.owl to equivalent individual in family_tree.owl
        copy_relationships(individual, equivalent, copied_individuals)


print_family_tree(world.search_one(has_jp_name="藤原師輔"))

これらの関数について今一度教えてください。

assistant:

ご質問ありがとうございます。説明が不十分だったようで申し訳ありません。

以前ご提案した copy_relationships 関数と get_equivalent_individual 関数は、オントロジー間でデータをコピーするために使用するものでした。具体的には、一つのオントロジーから別のオントロジーへ「個体」（つまり、特定の人物を表すデータ）とその「関係」（つまり、その人物がどの人物の子供であるかなどの情報）をコピーするためのものです。

しかし、あなたのように、全てのオントロジーが同じワールドにロードされている状況では、これらの関数は不要な場合があります。なぜならば、一旦全てのオントロジーが同じワールドにロードされると、個体と関係は全て一つの大きなデータセットに自動的に統合されるからです。

それにより、複数のオントロジーをマージするだけでなく、全てのデータに簡単にアクセスできるようになります。

それでも、異なるワールドやオントロジー間でデータをコピーする必要がある場合には、これらの関数が便利になることがありますので、参考までにお伝えさせていただきます。

user:

ありがとうございます。おかげさまで色々と学べました！

assistant:

それは何よりです！私もあなたの質問のおかげで学習することができました。PythonやOWLを使って家系図を作成するプロジェクトについて共有してくださりありがとうございました。その成果は本当に素晴らしいものでした。

これからもPythonやプログラミング、OWLやその他のトピックについて何か質問がありましたら、いつでもお気軽にどうぞ。お手伝いできることがあれば幸いです。

またのご利用を心よりお待ちしております。素晴らしい一日をお過ごしください！