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@maskot1977(Ikemen Mas Kot)

TypeError: int64 is not JSON serializable の原因と解決方法 (pyvis)

Posted at

user:

次のエラーの解決法を教えてください。

Traceback (most recent call last):
  File "/Users/ikemen/streamlit-app/venv/lib/python3.10/site-packages/streamlit/runtime/scriptrunner/exec_code.py", line 121, in exec_func_with_error_handling
    result = func()
  File "/Users/ikemen/streamlit-app/venv/lib/python3.10/site-packages/streamlit/runtime/scriptrunner/script_runner.py", line 639, in code_to_exec
    _mpa_v1(self._main_script_path)
  File "/Users/ikemen/streamlit-app/venv/lib/python3.10/site-packages/streamlit/runtime/scriptrunner/script_runner.py", line 159, in _mpa_v1
    page.run()
  File "/Users/ikemen/streamlit-app/venv/lib/python3.10/site-packages/streamlit/navigation/page.py", line 297, in run
    exec(code, module.__dict__)
  File "/Users/ikemen/streamlit-app/pages/test.py", line 658, in <module>
    generate_network(G, "lingam_network.html", edge_weight=True)
  File "/Users/ikemen/streamlit-app/pages/test.py", line 395, in generate_network
    net.save_graph(path)
  File "/Users/ikemen/streamlit-app/venv/lib/python3.10/site-packages/pyvis/network.py", line 438, in save_graph
    self.write_html(name)
  File "/Users/ikemen/streamlit-app/venv/lib/python3.10/site-packages/pyvis/network.py", line 515, in write_html
    self.html = self.generate_html(notebook=notebook)
  File "/Users/ikemen/streamlit-app/venv/lib/python3.10/site-packages/pyvis/network.py", line 479, in generate_html
    self.html = template.render(height=height,
  File "/Users/ikemen/streamlit-app/venv/lib/python3.10/site-packages/jinja2/environment.py", line 1295, in render
    self.environment.handle_exception()
  File "/Users/ikemen/streamlit-app/venv/lib/python3.10/site-packages/jinja2/environment.py", line 942, in handle_exception
    raise rewrite_traceback_stack(source=source)
  File "/Users/ikemen/streamlit-app/venv/lib/python3.10/site-packages/pyvis/templates/template.html", line 435, in top-level template code
    edges = new vis.DataSet({{edges|tojson}});
  File "/Users/ikemen/streamlit-app/venv/lib/python3.10/site-packages/jinja2/filters.py", line 1721, in do_tojson
    return htmlsafe_json_dumps(value, dumps=dumps, **kwargs)
  File "/Users/ikemen/streamlit-app/venv/lib/python3.10/site-packages/jinja2/utils.py", line 669, in htmlsafe_json_dumps
    dumps(obj, **kwargs)
  File "/Users/ikemen/.pyenv/versions/3.10.0/lib/python3.10/json/__init__.py", line 238, in dumps
    **kw).encode(obj)
  File "/Users/ikemen/.pyenv/versions/3.10.0/lib/python3.10/json/encoder.py", line 199, in encode
    chunks = self.iterencode(o, _one_shot=True)
  File "/Users/ikemen/.pyenv/versions/3.10.0/lib/python3.10/json/encoder.py", line 257, in iterencode
    return _iterencode(o, 0)
  File "/Users/ikemen/.pyenv/versions/3.10.0/lib/python3.10/json/encoder.py", line 179, in default
    raise TypeError(f'Object of type {o.__class__.__name__} '
TypeError: Object of type int64 is not JSON serializable

assistant:

このエラーの原因は、pyvis ライブラリが network.py 内で json.dumps() を通じてエッジやノード情報を HTML に変換しようとしているときに、int64 型のデータ（おそらく pandas や numpy 由来）をシリアライズできないことです。

int64 は numpy の型であり、Python の標準の json モジュールでは対応していません。

🔧 解決策

✅ 方法 1: int64 を標準の int に変換

あなたの generate_network(G, ...) 関数内、または G にノード・エッジ情報を渡す前に、int64 型をすべて Python の int に変換する必要があります。

例えば、G が networkx のグラフなら：

import numpy as np

for u, v, d in G.edges(data=True):
    for key in d:
        if isinstance(d[key], np.integer):
            d[key] = int(d[key])

ノード属性にも int64 があるなら：

for n, d in G.nodes(data=True):
    for key in d:
        if isinstance(d[key], np.integer):
            d[key] = int(d[key])

✅ 方法 2: generate_network 関数の中で変換

import numpy as np

def generate_network(G, path, edge_weight=True):
    from pyvis.network import Network
    net = Network(notebook=False)

    # ノードとエッジを追加する前に属性を修正
    for node, data in G.nodes(data=True):
        clean_data = {k: int(v) if isinstance(v, np.integer) else v for k, v in data.items()}
        net.add_node(node, **clean_data)

    for source, target, data in G.edges(data=True):
        clean_data = {k: int(v) if isinstance(v, np.integer) else v for k, v in data.items()}
        net.add_edge(source, target, **clean_data)

    net.save_graph(path)

✅ 根本的なポイント

  • Python の json.dumps() は numpy.int64 などを扱えない
  • pyvis は内部的に json.dumps() を用いて HTML を生成している
  • networkx + pandas や numpy を併用していると int64 が入り込みやすい

🔁 補足：再発防止

将来的にデータを扱う際、以下のようにあらかじめ astype(int) で明示的に型変換しておくと安全です：

df["weight"] = df["weight"].astype(int)

ご希望があれば、あなたの現在の generate_network 関数のコードを貼っていただければ、それをベースに修正提案も可能です。

user:

解決しました。ありがとうございます！今回の会話をブログに書き残したいので、タイトル案をいくつか考えてください。

assistant:

解決おめでとうございます！ブログに書き残すのはとても良いアイデアですね。以下に、今回の内容に適したタイトル案をいくつかご提案します。

🔧 技術的な問題解決を前面に出したタイトル

  1. 「TypeError: int64 is not JSON serializable」の原因と解決方法（pyvis × Streamlit）
  2. Pyvisで「int64はシリアライズできません」エラーが出たときの対処法
  3. Streamlit + pyvisで遭遇したint64エラーを徹底解説
  4. 【初心者向け】pyvisで発生するint64のJSONシリアライズ問題を解決するには？
  5. Jinja2とpyvisで発生した「TypeError: int64」エラーの原因と対処法

📘 読み物として親しみやすいタイトル

  1. pyvisでネットワーク可視化してたらエラー発生！int64問題との格闘記録
  2. Streamlitで可視化中に出た謎のエラー、「int64」が犯人だった件
  3. ネットワーク可視化中に沼った「int64はJSONにできない」問題の解決メモ
  4. 可視化ツールpyvisでTypeError！原因はnumpy.int64だった
  5. データ型の罠？pyvis × Jinja2 × JSONの落とし穴とその回避法

使いたいトーン（カジュアル／技術書風など）や対象読者に合わせて選んでいただければと思います。もし記事の導入文も必要でしたら、あわせてお手伝いします！

user:

「TypeError: int64 is not JSON serializable の原因と解決方法 (pyvis)」にしようと思います。最後に、今回のまとめを詳しく書いてください。

assistant:

了解しました！以下に「TypeError: int64 is not JSON serializable の原因と解決方法 (pyvis)」というタイトルに合った詳しいまとめをご用意しました。ブログ記事の締めや、「まとめ」セクションとしてそのまま使える構成になっています。

📝 まとめ：「TypeError: int64 is not JSON serializable の原因と解決方法 (pyvis)」

今回遭遇したエラー：

TypeError: Object of type int64 is not JSON serializable

は、Python の json モジュールが numpy.int64 型のデータをそのままでは処理できないことに起因するものでした。特に、pyvis ライブラリが内部で Jinja2 を用いて HTML を生成する際に、ノードやエッジの属性に int64 型が含まれていると、json.dumps() によって変換できずにこのエラーが発生します。

🔍 エラーの発生ポイント（概要）

  • pyvis.Network.save_graph() → write_html() → generate_html() → template.render(...)
  • template.html 内で edges = new vis.DataSet({{edges|tojson}}); を生成する過程で失敗
  • 原因：ネットワークデータの属性に numpy.int64 型が含まれていた

✅ 解決策

1. 属性値の型変換：numpy.int64 → Python標準の int

ネットワークのノードやエッジの属性に numpy の整数（int64など）が使われている場合、それを明示的に int() に変換する必要があります。

import numpy as np

for u, v, d in G.edges(data=True):
    for key in d:
        if isinstance(d[key], np.integer):
            d[key] = int(d[key])

for n, d in G.nodes(data=True):
    for key in d:
        if isinstance(d[key], np.integer):
            d[key] = int(d[key])

2. generate_network 関数内で属性の前処理を行う

属性を追加する際に、辞書の中身を都度チェックして int() で包むようにしておけば、再利用性も高くなります。

💡 再発防止のポイント

  • データフレームや NumPy を経由した数値データは、明示的に int に変換する癖をつける
  • astype(int) や int(x) を適宜使う
  • JSON を介して HTML や外部サービスにデータを渡す際は、型の確認が重要

📌 教訓

Pythonでは見た目が「整数」でも、内部的に numpy.int64 などが使われていることがあります。特に可視化系ライブラリ（pyvis, plotly, bokehなど）では、出力を HTML や JSON に変換するため、型の互換性が重要になります。
「TypeError: int64 is not JSON serializable」 はその典型的な落とし穴でした。

このまとめが、同じエラーで困っている人の助けになれば幸いです！

必要であれば、この記事に合う導入文やコード全体のサンプルもご提供できますので、お気軽にどうぞ。

user:

ありがとうございます。これで大丈夫です。今後もよろしくお願いします！

assistant:

どういたしまして！無事に解決できて、そして記事にもまとめられるとのことで本当によかったです。今後も技術的な疑問やブログ執筆のサポートなど、何でもお手伝いしますので、いつでもお気軽にご相談ください。

こちらこそ、引き続きよろしくお願いいたします！💻📘✨

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