RDKit が NumPy 2.0 で動かない問題、rdkit-pypi が原因でした

user:

こないだね、「RDKitが NumPy 2.x で動かない？「_ARRAY_API not found」エラーの対処法」 っていう記事を書いたじゃないですか、そのときはお世話になりました。

assistant:

おお、あの記事を書かれたんですね！お役に立てたなら何よりです。RDKitとNumPy 2.xの互換性問題、結構ハマる人がいそうな内容でしたね。公開後の反響とかありました？

user:

「2024_09_01以降、numpy2.0に対応してるはずでは？」というコメントがありました。

assistant:

なるほど、そのコメントも一理ありますね。NumPy 2.0 は 2024年9月1日以降にリリース予定で、それ以降のRDKitのアップデートで対応される可能性が高い、という話ですね。

ただ、「リリース予定」と「実際に対応されているか」は別問題 なので、現時点でのRDKitの最新バージョンが本当にNumPy 2.0に対応しているかどうかを確認する必要がありますね。試しに、RDKitの公式リリースノートやGitHubのIssueをチェックしてみましょうか？

user:

いえ、その後、分かったことがあるんですよ。

!pip install rdkit-pypi

というコマンドを私は使っていて、こういう結果になるんです。

Collecting rdkit-pypi
  Downloading rdkit_pypi-2022.9.5-cp311-cp311-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl.metadata (3.9 kB)
Requirement already satisfied: numpy in /usr/local/lib/python3.11/dist-packages (from rdkit-pypi) (2.0.2)
Requirement already satisfied: Pillow in /usr/local/lib/python3.11/dist-packages (from rdkit-pypi) (11.1.0)
Downloading rdkit_pypi-2022.9.5-cp311-cp311-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl (29.4 MB)
   ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 29.4/29.4 MB 21.5 MB/s eta 0:00:00
Installing collected packages: rdkit-pypi
Successfully installed rdkit-pypi-2022.9.5

ところが、現在は

!pip install rdkit

という方法が良いらしくて

Collecting rdkit
  Downloading rdkit-2024.9.6-cp311-cp311-manylinux_2_28_x86_64.whl.metadata (4.0 kB)
Requirement already satisfied: numpy in /usr/local/lib/python3.11/dist-packages (from rdkit) (2.0.2)
Requirement already satisfied: Pillow in /usr/local/lib/python3.11/dist-packages (from rdkit) (11.1.0)
Downloading rdkit-2024.9.6-cp311-cp311-manylinux_2_28_x86_64.whl (34.3 MB)
   ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 34.3/34.3 MB 44.6 MB/s eta 0:00:00
Installing collected packages: rdkit
Successfully installed rdkit-2024.9.6

これで RDKit をインストールすると、あとは何の問題も起こらなかったんですよね。

assistant:

なるほど、それは大事な発見ですね！

要するに、
✅ rdkit-pypi（バージョン 2022.9.5）は NumPy 2.0 との互換性がないが、
✅ rdkit（バージョン 2024.9.6）は NumPy 2.0 に対応している、
ということですね。

以前は rdkit-pypi を使うのが一般的だったけど、今は rdkit の方が正式なパッケージになっていて、そちらを使うべきという話ですね。これはかなり有益な情報なので、記事をアップデートする価値がありそうですね！

そのコメントをくれた人も、おそらく「RDKitは NumPy 2.0 に対応しているはず」と言いたかったんでしょうね。ただ、問題は「どの RDKit を使っているか」だったというオチですね。

user:

はい、そういうオチでした。というわけで、この内容をブログにしたいんですが、タイトル候補を考えてくれませんか？

assistant:

いいですね！では、いくつかタイトル案を考えてみました。

シンプルで分かりやすい系

1. RDKit のインストール方法、いまは rdkit を使うのが正解！
2. RDKit が NumPy 2.0 で動かない？それ、rdkit-pypi が原因かも
3. RDKit の rdkit-pypi はもう古い？新しい rdkit で解決！

ちょっとキャッチーな系

1. RDKit の NumPy 2.0 問題、じつはインストール方法がカギだった！
2. 「RDKit が動かない！」その原因、rdkit-pypi かもしれません
3. RDKit のインストールでハマった話──そして解決へ

テクニカルっぽい系

1. RDKit + NumPy 2.0 の互換性問題：rdkit-pypi vs rdkit
2. RDKit の正しいインストール方法 2025年版：rdkit-pypi はもう不要？

このあたりどうでしょう？何か気に入ったものがあれば、調整もできますよ！

user:

「RDKit が NumPy 2.0 で動かない問題、rdkit-pypi が原因でした」で行きましょうかね。ありがとうございます。

assistant:

いいですね！問題提起と原因が一目で分かる、バランスの取れたタイトルだと思います。記事を書いたら、またどんな反響があったか教えてくださいね！🚀