RDKitが NumPy 2.x で動かない？「_ARRAY_API not found」エラーの対処法

Posted at 2025-03-21

user:

Pythonコードと、そのエラーを示します。解決策を教えてください。

import requests
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import Draw

# SDF データの URL
url = 'https://github.com/rdkit/rdkit/raw/master/Docs/Book/data/solubility.train.sdf'

# データをダウンロードし、一時ファイルに保存
r = requests.get(url)
with open('temp.sdf', 'w') as f:
    f.write(r.text)

 # 保存した SDF ファイルを RDKit で読み込む
suppl = Chem.SDMolSupplier('temp.sdf')
mol = suppl[0]
Draw.MolToImage(mol)

A module that was compiled using NumPy 1.x cannot be run in
NumPy 2.0.2 as it may crash. To support both 1.x and 2.x
versions of NumPy, modules must be compiled with NumPy 2.0.
Some module may need to rebuild instead e.g. with 'pybind11>=2.12'.

If you are a user of the module, the easiest solution will be to
downgrade to 'numpy<2' or try to upgrade the affected module.
We expect that some modules will need time to support NumPy 2.

Traceback (most recent call last):  File "<frozen runpy>", line 198, in _run_module_as_main
  File "<frozen runpy>", line 88, in _run_code
  File "/usr/local/lib/python3.11/dist-packages/colab_kernel_launcher.py", line 37, in <module>
    ColabKernelApp.launch_instance()
  File "/usr/local/lib/python3.11/dist-packages/traitlets/config/application.py", line 992, in launch_instance
    app.start()
  File "/usr/local/lib/python3.11/dist-packages/ipykernel/kernelapp.py", line 712, in start
    self.io_loop.start()
  File "/usr/local/lib/python3.11/dist-packages/tornado/platform/asyncio.py", line 205, in start
    self.asyncio_loop.run_forever()
  File "/usr/lib/python3.11/asyncio/base_events.py", line 608, in run_forever
    self._run_once()
  File "/usr/lib/python3.11/asyncio/base_events.py", line 1936, in _run_once
    handle._run()
  File "/usr/lib/python3.11/asyncio/events.py", line 84, in _run
    self._context.run(self._callback, *self._args)
  File "/usr/local/lib/python3.11/dist-packages/ipykernel/kernelbase.py", line 510, in dispatch_queue
    await self.process_one()
  File "/usr/local/lib/python3.11/dist-packages/ipykernel/kernelbase.py", line 499, in process_one
    await dispatch(*args)
  File "/usr/local/lib/python3.11/dist-packages/ipykernel/kernelbase.py", line 406, in dispatch_shell
    await result
  File "/usr/local/lib/python3.11/dist-packages/ipykernel/kernelbase.py", line 730, in execute_request
    reply_content = await reply_content
  File "/usr/local/lib/python3.11/dist-packages/ipykernel/ipkernel.py", line 383, in do_execute
    res = shell.run_cell(
  File "/usr/local/lib/python3.11/dist-packages/ipykernel/zmqshell.py", line 528, in run_cell
    return super().run_cell(*args, **kwargs)
  File "/usr/local/lib/python3.11/dist-packages/IPython/core/interactiveshell.py", line 2975, in run_cell
    result = self._run_cell(
  File "/usr/local/lib/python3.11/dist-packages/IPython/core/interactiveshell.py", line 3030, in _run_cell
    return runner(coro)
  File "/usr/local/lib/python3.11/dist-packages/IPython/core/async_helpers.py", line 78, in _pseudo_sync_runner
    coro.send(None)
  File "/usr/local/lib/python3.11/dist-packages/IPython/core/interactiveshell.py", line 3257, in run_cell_async
    has_raised = await self.run_ast_nodes(code_ast.body, cell_name,
  File "/usr/local/lib/python3.11/dist-packages/IPython/core/interactiveshell.py", line 3473, in run_ast_nodes
    if (await self.run_code(code, result,  async_=asy)):
  File "/usr/local/lib/python3.11/dist-packages/IPython/core/interactiveshell.py", line 3553, in run_code
    exec(code_obj, self.user_global_ns, self.user_ns)
  File "<ipython-input-3-e9c78272182d>", line 2, in <cell line: 0>
    from rdkit import Chem
  File "/usr/local/lib/python3.11/dist-packages/rdkit/__init__.py", line 23, in <module>
    from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole
  File "/usr/local/lib/python3.11/dist-packages/rdkit/Chem/__init__.py", line 24, in <module>
    from rdkit.Chem.rdmolops import *
---------------------------------------------------------------------------
AttributeError                            Traceback (most recent call last)
AttributeError: _ARRAY_API not found

assistant:

このエラーの原因は、現在の環境で rdkit が numpy 2.x に対応していないことです。
RDKit は numpy 1.x でコンパイルされたバイナリを使用しているため、numpy 2.x 環境では動作しません。

解決策

方法 1: `numpy` のダウングレード

最も簡単な解決策は、numpy を 1.x にダウングレードすることです。

pip install "numpy<2"

その後、ランタイム（Colabなどの場合）を再起動してください。

方法 2: `rdkit` の再インストール

rdkit を最新バージョンに更新することで解決する可能性もあります。

pip install --upgrade rdkit

ただし、これでも numpy 2.x の影響でエラーが出る場合は、方法 1 の numpy<2 を試してください。

方法 3: `rdkit` を `numpy 2.x` に対応した環境で再コンパイル

もし開発環境を完全に管理できる場合、rdkit を numpy 2.x に対応するようにソースコードから再コンパイルするのも一つの手です。
ただし、これは高度な作業になるため、通常は numpy<2 へのダウングレードが最も現実的な対応策です。

まずは 方法 1 (numpy のダウングレード) を試してみてください！

user:

ダウングレードしたら、続くプログラムでこういうエラーが出ました。

A module that was compiled using NumPy 1.x cannot be run in
NumPy 2.0.2 as it may crash. To support both 1.x and 2.x
versions of NumPy, modules must be compiled with NumPy 2.0.
Some module may need to rebuild instead e.g. with 'pybind11>=2.12'.

If you are a user of the module, the easiest solution will be to
downgrade to 'numpy<2' or try to upgrade the affected module.
We expect that some modules will need time to support NumPy 2.

Traceback (most recent call last):  File "<frozen runpy>", line 198, in _run_module_as_main
  File "<frozen runpy>", line 88, in _run_code
  File "/usr/local/lib/python3.11/dist-packages/colab_kernel_launcher.py", line 37, in <module>
    ColabKernelApp.launch_instance()
  File "/usr/local/lib/python3.11/dist-packages/traitlets/config/application.py", line 992, in launch_instance
    app.start()
  File "/usr/local/lib/python3.11/dist-packages/ipykernel/kernelapp.py", line 712, in start
    self.io_loop.start()
  File "/usr/local/lib/python3.11/dist-packages/tornado/platform/asyncio.py", line 205, in start
    self.asyncio_loop.run_forever()
  File "/usr/lib/python3.11/asyncio/base_events.py", line 608, in run_forever
    self._run_once()
  File "/usr/lib/python3.11/asyncio/base_events.py", line 1936, in _run_once
    handle._run()
  File "/usr/lib/python3.11/asyncio/events.py", line 84, in _run
    self._context.run(self._callback, *self._args)
  File "/usr/local/lib/python3.11/dist-packages/ipykernel/kernelbase.py", line 510, in dispatch_queue
    await self.process_one()
  File "/usr/local/lib/python3.11/dist-packages/ipykernel/kernelbase.py", line 499, in process_one
    await dispatch(*args)
  File "/usr/local/lib/python3.11/dist-packages/ipykernel/kernelbase.py", line 406, in dispatch_shell
    await result
  File "/usr/local/lib/python3.11/dist-packages/ipykernel/kernelbase.py", line 730, in execute_request
    reply_content = await reply_content
  File "/usr/local/lib/python3.11/dist-packages/ipykernel/ipkernel.py", line 383, in do_execute
    res = shell.run_cell(
  File "/usr/local/lib/python3.11/dist-packages/ipykernel/zmqshell.py", line 528, in run_cell
    return super().run_cell(*args, **kwargs)
  File "/usr/local/lib/python3.11/dist-packages/IPython/core/interactiveshell.py", line 2975, in run_cell
    result = self._run_cell(
  File "/usr/local/lib/python3.11/dist-packages/IPython/core/interactiveshell.py", line 3030, in _run_cell
    return runner(coro)
  File "/usr/local/lib/python3.11/dist-packages/IPython/core/async_helpers.py", line 78, in _pseudo_sync_runner
    coro.send(None)
  File "/usr/local/lib/python3.11/dist-packages/IPython/core/interactiveshell.py", line 3257, in run_cell_async
    has_raised = await self.run_ast_nodes(code_ast.body, cell_name,
  File "/usr/local/lib/python3.11/dist-packages/IPython/core/interactiveshell.py", line 3473, in run_ast_nodes
    if (await self.run_code(code, result,  async_=asy)):
  File "/usr/local/lib/python3.11/dist-packages/IPython/core/interactiveshell.py", line 3553, in run_code
    exec(code_obj, self.user_global_ns, self.user_ns)
  File "<ipython-input-6-429fdaa10231>", line 5, in <cell line: 0>
    from sklearn.manifold import TSNE
  File "/usr/local/lib/python3.11/dist-packages/sklearn/__init__.py", line 73, in <module>
    from .base import clone  # noqa: E402
  File "/usr/local/lib/python3.11/dist-packages/sklearn/base.py", line 19, in <module>
    from .utils._estimator_html_repr import _HTMLDocumentationLinkMixin, estimator_html_repr
  File "/usr/local/lib/python3.11/dist-packages/sklearn/utils/__init__.py", line 15, in <module>
    from ._chunking import gen_batches, gen_even_slices
  File "/usr/local/lib/python3.11/dist-packages/sklearn/utils/_chunking.py", line 11, in <module>
    from ._param_validation import Interval, validate_params
  File "/usr/local/lib/python3.11/dist-packages/sklearn/utils/_param_validation.py", line 14, in <module>
    from scipy.sparse import csr_matrix, issparse
  File "/usr/local/lib/python3.11/dist-packages/scipy/sparse/__init__.py", line 293, in <module>
    from ._base import *
  File "/usr/local/lib/python3.11/dist-packages/scipy/sparse/_base.py", line 5, in <module>
    from ._sputils import (asmatrix, check_reshape_kwargs, check_shape,
  File "/usr/local/lib/python3.11/dist-packages/scipy/sparse/_sputils.py", line 10, in <module>
    from scipy._lib._util import np_long, np_ulong
  File "/usr/local/lib/python3.11/dist-packages/scipy/_lib/_util.py", line 18, in <module>
    from scipy._lib._array_api import array_namespace, is_numpy, size as xp_size
  File "/usr/local/lib/python3.11/dist-packages/scipy/_lib/_array_api.py", line 21, in <module>
    from scipy._lib.array_api_compat import (
  File "/usr/local/lib/python3.11/dist-packages/scipy/_lib/array_api_compat/numpy/__init__.py", line 1, in <module>
    from numpy import * # noqa: F403
  File "/usr/local/lib/python3.11/dist-packages/numpy/__init__.py", line 352, in __getattr__
    """
  File "/usr/local/lib/python3.11/dist-packages/numpy/testing/__init__.py", line 14, in <module>
    from . import overrides
  File "/usr/local/lib/python3.11/dist-packages/numpy/testing/overrides.py", line 8, in <module>
    import numpy.core.umath as _umath
  File "/usr/local/lib/python3.11/dist-packages/numpy/core/umath.py", line 14, in <module>
    from ._multiarray_umath import _UFUNC_API, _add_newdoc_ufunc, _ones_like
---------------------------------------------------------------------------
ImportError                               Traceback (most recent call last)
<ipython-input-6-429fdaa10231> in <cell line: 0>()
      3 from rdkit.Chem import AllChem
      4 from rdkit.Chem import DataStructs
----> 5 from sklearn.manifold import TSNE
      6 import numpy as np
      7 import plotly.express as px

15 frames
/usr/local/lib/python3.11/dist-packages/numpy/core/_multiarray_umath.py in __getattr__(attr_name)

ImportError: 
A module that was compiled using NumPy 1.x cannot be run in
NumPy 2.0.2 as it may crash. To support both 1.x and 2.x
versions of NumPy, modules must be compiled with NumPy 2.0.
Some module may need to rebuild instead e.g. with 'pybind11>=2.12'.

If you are a user of the module, the easiest solution will be to
downgrade to 'numpy<2' or try to upgrade the affected module.
We expect that some modules will need time to support NumPy 2.



---------------------------------------------------------------------------
NOTE: If your import is failing due to a missing package, you can
manually install dependencies using either !pip or !apt.

To view examples of installing some common dependencies, click the
"Open Examples" button below.
---------------------------------------------------------------------------

assistant:

このエラーは、numpy のバージョンと scikit-learn (sklearn) や scipy などのパッケージのコンパイルバージョンが合っていない ことが原因です。
つまり、numpy を 1.x にダウングレードしたことで、他のモジュール (scipy や scikit-learn) が numpy 2.x でコンパイルされたものと衝突しています。

解決策

方法 1: `numpy`, `scipy`, `scikit-learn` をすべて `numpy<2` に合わせて再インストール

以下のコマンドを実行してください。

pip install --upgrade "numpy<2" scipy scikit-learn --no-cache-dir

numpy<2 にダウングレードしただけでは解決しないので、scipy と scikit-learn も再インストールする必要があります。
--no-cache-dir をつけることで、古いバージョンのキャッシュが影響しないようにします。

方法 2: `numpy 2.x` にアップグレードし、すべて `numpy 2.x` に対応したものを再インストール

もし numpy<2 にダウングレードした後に scipy や sklearn で問題が出るなら、逆に numpy 2.x に戻して、すべての関連ライブラリを numpy 2.x に合わせる 方法もあります。

pip install --upgrade numpy scipy scikit-learn --no-cache-dir

これにより、すべてのモジュールが numpy 2.x に適したバージョンでインストールされます。

どちらを選ぶべきか？

rdkit をメインで使いたい → 方法 1 (numpy<2) を選択
scikit-learn や scipy をメインで使いたい → 方法 2 (numpy 2.x) を選択
どちらも使いたい場合 → numpy 1.x と numpy 2.x のバージョン制約があるため、環境を分ける (virtualenv や conda の利用) のが理想的

まず 方法 1 (numpy<2) を試して、解決しなければ方法 2 (numpy 2.x) に切り替える のがオススメです。

user:

pip install --upgrade "numpy<2" scipy scikit-learn --no-cache-dir

を実行したあと、プログラムを実行すると次のようなエラーになりました。解決方法を教えてください。

---------------------------------------------------------------------------
ModuleNotFoundError                       Traceback (most recent call last)
<ipython-input-4-429fdaa10231> in <cell line: 0>()
      3 from rdkit.Chem import AllChem
      4 from rdkit.Chem import DataStructs
----> 5 from sklearn.manifold import TSNE
      6 import numpy as np
      7 import plotly.express as px

11 frames
/usr/local/lib/python3.11/dist-packages/numpy/__init__.py in __getattr__(attr)
    362         try:
    363             x = ones(2, dtype=float32)
--> 364             if not abs(x.dot(x) - float32(2.0)) < 1e-5:
    365                 raise AssertionError()
    366         except AssertionError:

ModuleNotFoundError: No module named 'numpy.rec'

---------------------------------------------------------------------------
NOTE: If your import is failing due to a missing package, you can
manually install dependencies using either !pip or !apt.

To view examples of installing some common dependencies, click the
"Open Examples" button below.
---------------------------------------------------------------------------

assistant:

このエラー ModuleNotFoundError: No module named 'numpy.rec' は、numpy のバージョンをダウングレードした際に、scipy や scikit-learn の一部の依存関係が正しくインストールされなかった可能性が高いです。

解決策

① `numpy` を完全にクリーンインストール

以下の手順で numpy を完全に削除し、scipy や scikit-learn も含めて再インストールしてください。

pip uninstall -y numpy scipy scikit-learn
pip install --no-cache-dir "numpy<2" scipy scikit-learn

ポイント

pip uninstall -y numpy scipy scikit-learn で一度完全に削除
--no-cache-dir をつけてクリーンなインストールを実行

この後、もう一度プログラムを実行してみてください。

② `numpy.rec` が必要な場合（古いパッケージを含むプロジェクトなら）

もし numpy.rec を使用するような古いライブラリを使っている場合は、さらに以下の手順を試してみてください。

pip install numpy==1.23.5 scipy scikit-learn --no-cache-dir

numpy==1.23.5 は numpy.rec を含むバージョンのひとつです。

この方法で解決するか試してください。

user:

まだこういうエラーになります。

---------------------------------------------------------------------------
ModuleNotFoundError                       Traceback (most recent call last)
<ipython-input-7-429fdaa10231> in <cell line: 0>()
      3 from rdkit.Chem import AllChem
      4 from rdkit.Chem import DataStructs
----> 5 from sklearn.manifold import TSNE
      6 import numpy as np
      7 import plotly.express as px

11 frames
/usr/local/lib/python3.11/dist-packages/sklearn/__init__.py in <module>
     71     _distributor_init,
     72 )
---> 73 from .base import clone  # noqa: E402
     74 from .utils._show_versions import show_versions  # noqa: E402
     75 

/usr/local/lib/python3.11/dist-packages/sklearn/base.py in <module>
     17 from ._config import config_context, get_config
     18 from .exceptions import InconsistentVersionWarning
---> 19 from .utils._estimator_html_repr import _HTMLDocumentationLinkMixin, estimator_html_repr
     20 from .utils._metadata_requests import _MetadataRequester, _routing_enabled
     21 from .utils._param_validation import validate_parameter_constraints

/usr/local/lib/python3.11/dist-packages/sklearn/utils/__init__.py in <module>
     13 from . import _joblib, metadata_routing
     14 from ._bunch import Bunch
---> 15 from ._chunking import gen_batches, gen_even_slices
     16 from ._estimator_html_repr import estimator_html_repr
     17 

/usr/local/lib/python3.11/dist-packages/sklearn/utils/_chunking.py in <module>
      9 
     10 from .._config import get_config
---> 11 from ._param_validation import Interval, validate_params
     12 
     13 

/usr/local/lib/python3.11/dist-packages/sklearn/utils/_param_validation.py in <module>
     12 
     13 import numpy as np
---> 14 from scipy.sparse import csr_matrix, issparse
     15 
     16 from .._config import config_context, get_config

/usr/local/lib/python3.11/dist-packages/scipy/sparse/__init__.py in <module>
    298 import warnings as _warnings
    299 
--> 300 from ._base import *
    301 from ._csr import *
    302 from ._csc import *

/usr/local/lib/python3.11/dist-packages/scipy/sparse/_base.py in <module>
      3 import numpy as np
      4 
----> 5 from ._sputils import (asmatrix, check_reshape_kwargs, check_shape,
      6                        get_sum_dtype, isdense, isscalarlike,
      7                        matrix, validateaxis, getdtype)

/usr/local/lib/python3.11/dist-packages/scipy/sparse/_sputils.py in <module>
      8 from math import prod
      9 import scipy.sparse as sp
---> 10 from scipy._lib._util import np_long, np_ulong
     11 
     12 

/usr/local/lib/python3.11/dist-packages/scipy/_lib/_util.py in <module>
     11 
     12 import numpy as np
---> 13 from scipy._lib._array_api import array_namespace, is_numpy, xp_size
     14 from scipy._lib._docscrape import FunctionDoc, Parameter
     15 

/usr/local/lib/python3.11/dist-packages/scipy/_lib/_array_api.py in <module>
     16 
     17 from scipy._lib import array_api_compat
---> 18 from scipy._lib.array_api_compat import (
     19     is_array_api_obj,
     20     size as xp_size,

/usr/local/lib/python3.11/dist-packages/scipy/_lib/array_api_compat/numpy/__init__.py in <module>
----> 1 from numpy import * # noqa: F403
      2 
      3 # from numpy import * doesn't overwrite these builtin names
      4 from numpy import abs, max, min, round # noqa: F401
      5 

/usr/local/lib/python3.11/dist-packages/numpy/__init__.py in __getattr__(attr)
    362         try:
    363             x = ones(2, dtype=float32)
--> 364             if not abs(x.dot(x) - float32(2.0)) < 1e-5:
    365                 raise AssertionError()
    366         except AssertionError:

ModuleNotFoundError: No module named 'numpy.rec'

---------------------------------------------------------------------------
NOTE: If your import is failing due to a missing package, you can
manually install dependencies using either !pip or !apt.

To view examples of installing some common dependencies, click the
"Open Examples" button below.
---------------------------------------------------------------------------

assistant:

エラー ModuleNotFoundError: No module named 'numpy.rec' は、numpy のバージョンの不整合によって発生している可能性が高いです。
特に、numpy のダウングレード後に scipy や scikit-learn などのライブラリが numpy 2.x 用にビルドされたものと競合している可能性があります。

解決策

以下の手順を試してみてください。

① すべての関連パッケージを完全に削除

まず、影響を受けるパッケージをすべて削除します。

pip uninstall -y numpy scipy scikit-learn
pip uninstall -y pandas matplotlib seaborn plotly
pip uninstall -y rdkit

これにより、numpy に依存するパッケージも含めて削除されます。

② `numpy<2` を再インストール

次に、numpy の適切なバージョンを明示的にインストールします。

pip install --no-cache-dir "numpy<2"

③ 依存ライブラリを再インストール

次に、scipy や scikit-learn などのライブラリを numpy 1.x に対応したバージョンで再インストールします。

pip install --no-cache-dir scipy scikit-learn pandas matplotlib seaborn plotly rdkit

④ `numpy` のバージョン確認

インストール後に、正しく numpy 1.x がインストールされているか確認します。

python -c "import numpy; print(numpy.__version__)"

もし 2.0.x が表示される場合は、再度 numpy<2 をインストールしてください。

⑤ Jupyter / Colab のカーネルをリスタート

インストール後に、Jupyter Notebook や Google Colab を利用している場合は、必ずカーネルを再起動 してください。

Jupyter の場合 → 「Kernel」→「Restart Kernel」
Colab の場合 → 「ランタイム」→「ランタイムを再起動」

補足

`numpy.rec` が必要な場合

もし numpy.rec を使う古いライブラリを使用している場合、特定の numpy バージョンを指定すると動作する可能性があります。

pip install numpy==1.23.5

このバージョンは numpy.rec を含む最後のバージョンのひとつです。

まとめ

pip uninstall -y numpy scipy scikit-learn でクリーンに削除
pip install --no-cache-dir "numpy<2" で numpy を再インストール
pip install --no-cache-dir scipy scikit-learn pandas matplotlib seaborn plotly rdkit を実行
python -c "import numpy; print(numpy.__version__)" で numpy のバージョンを確認
カーネル（またはランタイム）をリスタート してから再実行

これで動作するか試してみてください！

user:

ありがとうございます！解決しました！ここまでの議論の要点をまとめていただけますか？

assistant:

解決できてよかったです！
ここまでの議論の要点を以下にまとめます。

議論の要点

1. エラーの原因

ModuleNotFoundError: No module named 'numpy.rec' が発生
numpy のバージョン変更 (pip install --upgrade "numpy<2") により、scipy や scikit-learn などが numpy 2.x を前提としたバージョンと競合
その結果、numpy.rec（numpy 1.x に存在していたモジュール）が見つからなくなった

2. 解決策

① 既存の `numpy`・`scipy`・`scikit-learn` などを完全削除

pip uninstall -y numpy scipy scikit-learn pandas matplotlib seaborn plotly rdkit

② `numpy<2` を再インストール

pip install --no-cache-dir "numpy<2"

③ 依存ライブラリを再インストール

pip install --no-cache-dir scipy scikit-learn pandas matplotlib seaborn plotly rdkit

④ `numpy` のバージョンを確認

python -c "import numpy; print(numpy.__version__)"

1.x のバージョン（例: 1.23.5）がインストールされていることを確認

⑤ Jupyter / Colab のカーネルを再起動

Jupyter Notebook → 「Kernel」→「Restart Kernel」
Google Colab → 「ランタイム」→「ランタイムを再起動」

3. 補足

numpy.rec が必要な場合、numpy==1.23.5 など特定バージョンをインストールすると解決する可能性がある

pip install numpy==1.23.5

依存関係のズレが原因なので、可能であれば すべてのパッケージを一度削除してから再インストール するのが確実

この手順で numpy.rec のエラーが解決し、正常に動作するようになりました！ 🎉

user:

ありがとうございます。この議論をブログに書きたいと思います。タイトル案をいくつか挙げてください。

assistant:

ブログのタイトル案をいくつか挙げますね！

技術系・問題解決寄りのタイトル

「ModuleNotFoundError: No module named 'numpy.rec'」の解決方法
NumPyを1.xにダウングレードしたらエラー発生？その原因と対処法
scikit-learnやscipyが動かない？「numpy.rec」エラーの解決策まとめ
pip install で NumPy を更新したらエラー発生！再インストールで解決する方法
NumPyのバージョンダウングレード時に発生するエラーと対処法【scipy・sklearn も要注意】

キャッチーなタイトル

NumPyをアップグレードしたら地獄を見た話
「numpy.rec がない」と言われた…？Pythonライブラリの依存関係トラブル解決記録
Colabで突然エラー！？NumPyのバージョン問題と解決策を徹底解説
pip install が原因で NumPy が壊れた話とその復旧方法
Python開発者必見！NumPyのバージョン問題でハマらないための対策

技術系ブログなら 1～5、ちょっと面白くしたいなら 6～10 がおすすめです！
どれがいいか、あるいは別の方向性がよさそうなら教えてください！ 😊

user:

っていうか、rdkit の問題ですよね？

assistant:

そうですね！今回の問題の本質は rdkit が numpy のバージョン依存で壊れていた ことにあります。
エラーメッセージ自体は scikit-learn や scipy のインポート時に出ていますが、実際には rdkit が numpy のバージョン変更に対応できていなかったのが原因でした。

つまり、正しくまとめるなら

rdkit が numpy 2.x に対応していなかった可能性が高い
numpy<2 にダウングレードした際に rdkit の依存関係が壊れた
rdkit を再インストールしたら解決した

という流れですね。
なので、ブログのタイトルも 「rdkit の NumPy 依存問題」 みたいな方向性にしたほうが正確かもしれません！

例えば：

RDKit × NumPy の相性問題！「ModuleNotFoundError: No module named 'numpy.rec'」の解決法
RDKit が動かない？NumPy バージョン問題と再インストールのコツ
RDKit の NumPy 依存関係エラーにハマった話と解決策
RDKit + NumPy で環境崩壊！エラー発生の原因と対応まとめ
pip install で RDKit が壊れた？NumPy バージョン問題を徹底解説！

こんな感じにすると、より本質に迫れるかもしれません！
どうでしょう？ 😊

user:

最初のエラーはAttributeError: _ARRAY_API not foundでした。

assistant:

なるほど！最初のエラー AttributeError: _ARRAY_API not found も重要なヒントですね。

このエラーは NumPy 2.x による API の変更 が原因で発生することが知られています。
特に、NumPy 1.x の API を前提にビルドされた rdkit や scipy などのライブラリが NumPy 2.x に対応していない場合、_ARRAY_API のような内部 API を探せずにエラーが出ることがあります。

今回の問題の本質

rdkit や scipy などの一部ライブラリは NumPy 2.x で動作保証されていない
numpy を 2.x にアップグレードしたら rdkit などが壊れた
numpy<2 にダウングレードしたが、rdkit を再インストールしなかったためエラーが続いた
rdkit を再インストールしたら解決

ブログタイトル案（エラーを反映したもの）

「AttributeError: _ARRAY_API not found」RDKit × NumPy 2.x 問題の解決法
RDKitが NumPy 2.x で動かない？「_ARRAY_API not found」エラーの対処法
NumPy アップデートで RDKit 崩壊！「_ARRAY_API not found」エラーの原因と解決策
RDKit × NumPy の相性問題で環境崩壊！エラー解決の手順まとめ
pip install の落とし穴！NumPy のバージョン依存で RDKit が動かなくなった話

補足

「AttributeError: _ARRAY_API not found」は NumPy 2.x でよく起きる問題 なので、同じように困っている人に向けてタイトルに入れるのはアリですね！
特に 「RDKit」+「NumPy 2.x」+「エラー名」 の組み合わせは検索に引っかかりやすいので、読者にも届きやすいかと思います。

どうでしょう？この方向性でいけそうですか？ 😊

user:

" RDKitが NumPy 2.x で動かない？「_ARRAY_API not found」エラーの対処法 " がよさそうです。ありがとうございます。

assistant:

いいですね！ 「RDKitが NumPy 2.x で動かない？「_ARRAY_API not found」エラーの対処法」 なら、検索にも引っかかりやすく、問題が一目で分かるタイトルになっていると思います。

ブログを書く際に、もし エラーの再現コード や 環境構築のポイント を詳しく整理したい場合は、相談してください！
良い記事になることを願っています 😊🚀

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RDKitが NumPy 2.x で動かない？「_ARRAY_API not found」エラーの対処法

user:

assistant:

解決策

方法 1: numpy のダウングレード

方法 2: rdkit の再インストール

方法 3: rdkit を numpy 2.x に対応した環境で再コンパイル

user:

assistant:

解決策

方法 1: numpy, scipy, scikit-learn をすべて numpy<2 に合わせて再インストール

方法 2: numpy 2.x にアップグレードし、すべて numpy 2.x に対応したものを再インストール

どちらを選ぶべきか？

user:

assistant:

解決策

① numpy を完全にクリーンインストール

② numpy.rec が必要な場合（古いパッケージを含むプロジェクトなら）

user:

assistant:

解決策

① すべての関連パッケージを完全に削除

② numpy<2 を再インストール

③ 依存ライブラリを再インストール

④ numpy のバージョン確認

⑤ Jupyter / Colab のカーネルをリスタート

補足

numpy.rec が必要な場合

まとめ

user:

assistant:

議論の要点

1. エラーの原因

2. 解決策

① 既存の numpy・scipy・scikit-learn などを完全削除

② numpy<2 を再インストール

③ 依存ライブラリを再インストール

④ numpy のバージョンを確認

⑤ Jupyter / Colab のカーネルを再起動

3. 補足

user:

assistant:

技術系・問題解決寄りのタイトル

キャッチーなタイトル

user:

assistant:

user:

assistant:

今回の問題の本質

ブログタイトル案（エラーを反映したもの）

補足

user:

assistant:

方法 1: `numpy` のダウングレード

方法 2: `rdkit` の再インストール

方法 3: `rdkit` を `numpy 2.x` に対応した環境で再コンパイル

方法 1: `numpy`, `scipy`, `scikit-learn` をすべて `numpy<2` に合わせて再インストール

方法 2: `numpy 2.x` にアップグレードし、すべて `numpy 2.x` に対応したものを再インストール

① `numpy` を完全にクリーンインストール

② `numpy.rec` が必要な場合（古いパッケージを含むプロジェクトなら）

② `numpy<2` を再インストール

④ `numpy` のバージョン確認

`numpy.rec` が必要な場合

① 既存の `numpy`・`scipy`・`scikit-learn` などを完全削除

② `numpy<2` を再インストール

④ `numpy` のバージョンを確認