解決方法

blenderでエクスポートしたGLB形式のファイルを、VSCODEのglTF TOOLという拡張機能を使いインポートしました。

読込したいGLBファイルを右クリックして、出てくるメニューの下から2つ目のimportの項目を選択すると、編集できるgltfのテキストファイルとバイナリーファイルが作られます。

ファイルを保存する時に、保存先を選ぶ画面が表示されます。

この設定をする前は、今回修正したアルファの値が無かったのです。

一応blenderで、このようにマテリアルの設定をすると良いです。

ベースカラーで、Aがアルファの値のようです。
とりあえず関連があるか分かりませんが、修正してみました。
他の色も、アルファの値を修正しています。

こちらが、編集できた画面です。
ビューアーで無事に、透過が反映されています。

マテリアルのこの場所の値を、手入力で修正しました。

そのため、アルファの部分の値を0.5に変更してみました。
無事に、透過になりました。

metallicFactorは、輝きを出したかったので、値を高めにしました。

baseColorFactorの値が見つからない時は、記事の冒頭で書きましたノードの設定を行ってみて下さい。

ビューアーで透過の確認が出来まいたので、gltfの拡張子のファイルを右クリックして、エクスポートを選び、エクスポートしました。

webのglTFビューアーでも、透過が反映されていました。