結論
html,body {
-webkit-text-size-adjust: 100%;
-ms-text-size-adjust: 100%;
}
文字サイズの自動調整をさせたくない部分に-webkit-text-size-adjustを指定することで解決します。
もともとiphoneに搭載されている文字の自動調整のせいで文字が大きくなってしまうようです。
リセットCSSにはデフォルトで組み込まれてることが多いのですが、そうでなかった場合はここを確認したほうがいいです。
参考
iPhone版Safariで文字サイズがおかしくなるときは-webkit-text-size-adjust: 100%; を指定する