えーっとですね、実はMacがおかしくなりまして、クリーンインストールしなくてはいけないので、ATOMのプラグイン一覧を書き写したものになります。
私は、現在、angularJSベースで書いているので、基本、HTML／CSS／JavaScript/Angular/Material Design/angular-materialを使うことを前提として実装しています。また、Monacaユーザーであり、onsenuiも実装しています。
Monaca & angular & Material Design関連
angularjs
angularjs-helper
autocomplete-angular-material
autocomplete-onsenui
language-babel
タグ閉じ系
atom-beautify
hightlight-column
hightlight-line
autoclose-html
autocomplete
autocomplete-paths
無いとダメな奴
script
linter
linter-csslint
linter-jscs
あると便利系
color-picker
file-icons
minimap
日本語メニュー化系
japanese-menu
Git系
git-plus
merge-conflicts
ファイル出力系
pretty-json
HTML系
atom-html-preview
これぐらいで今は済んでますが、あとからRuby on Railsで開発するので、もう少し付け足す感じですね。現場からは以上です。
追記（2016年3月3日）
Ask Stack
minifier
atom runner
term2
web view
git log