Gephi起動時 "unable to load libjogl_awt.jnilib" 対策 #Java

オープンソースのグラフ可視化ツール Gephi は、その環境にインストールされた Java を使用する。

ただ、少なくとも現在の Mac OS X 版はバージョン 7 系の Java との相性があまりよくないようで、普通に Java SE や SDK のバージョン 7 をインストールしてから Gephi を起動しようとすると、下に示した "unable to load libjogl_awt.jnilib" が表示されて起動できないことがある。

また、このエラーが発生せず Gephi は起動するのだけれど、

ファイルが開けず終了もできない（強制終了しかない）
"データ工房" をクリックして表示するとフリーズする

というケースにも遭遇し、実質的には使えませんいう状態。

試行錯誤の結果、gephi.conf ファイル中で jdkhome 変数を定義するとうまくいった（方法1）上記のエラーは発生せず、GUI 操作など通常使用に今のところ何の問題もない。

方法 2 のような情報もいただいた。また、あまり積極的には採れないながら（バージョン 7 を他で使いたいケースが多い）方法 3 もなくはないので、末尾に念のため書き残しておきます
環境によってどの方法が有効かどうかは要検証ながら、試せた範囲で参考に記しました。いずれにしても、そのうち Gephi 側でバージョン7のJavaを使用しても冒頭のエラーが発生しないよう対処されるだろう（と期待）

方法 1：gephi.conf で jdkhome を指定

バージョン 7 の Java をインストールすると、たとえば java -version では自然に

(prompt)$ java -version
java version "1.7.0_40"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.7.0_40-b43)
Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (build 24.0-b56, mixed mode)

とバージョン 7 が参照される。この設定のままでよく、別途

/Applications/Gephi.app/Contents/Resources/gephi/etc/gephi.conf

の位置にある gephi.conf を使用して、Gephi 起動時に参照する JDK を自分で指定する。

Gephi のシックなアプリケーションアイコンを右クリック→ [パッケージ内容を表示] でたどるか、さっさと Finder やターミナル経由で gephi.conf をエディタで開き、

gephi.conf行10-12付近

# default location of JDK/JRE, can be overridden by using --jdkhome <dir.> switch
# jdkhome=
jdkhome="/System/Library/Frameworks/JavaVM.framework/Versions/1.6.0/Home/"

のように jdkhome を定義する行のコメントアウトを外し、バージョン 6 系へのパスを指定する。あらかじめ

ls /System/Library/Frameworks/JavaVM.framework/Versions/

として、自分の環境に含まれている Java のバージョン数字を確認しておくと早い。

gephi.conf 保存後 Gephi を起動、[Gephi について] ウィンドウ左下に、参照しているバージョンが表示される：

ちなみに

当初は（これでバージョン7を参照してくれるのではと期待して）下記のパスを jdkhome に指定していた：

(prompt)$ /usr/libexec/java_home 
/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.7.0_40.jdk/Contents/Home

しかし自分の環境の場合は現象改善せずだった。Gephi 単体というより、OS 上の Java バージョン参照にはそもそもどの設定が効いているのだろう、という点はもやもや（Gephi 起動したのであまり追っていない）

方法 2：Java 7 残すままの対処法（2013/09/16追記）

@cielavenir さんよりtwitter経由で情報をいただきました。多発のためかすでに対処法がいろいろ議論されていました。多謝です

Resources/gephi/bin/gephi に以下を記述したところ Java 7 を残したまま直せました

--jdkhome `/usr/libexec/java_home -v 1.6\*`

（いただいた情報は以上）

方法 3：Java 7 アンインストール

雑多な情報ながらこのやりとりが参考になった

Apple 社提供の Java for OS X（2013/09 時点で最新は 2013-004）をインストールし直す
- ※ 追記この時点でバージョン 6 系 Java がインストールされるので、方法1のように jdkhome 指定さえすればバージョン 7 は削除不要かもしれない
- Apple のサポートサイトを "Java for OS X 2013" などで検索すると、その時点での最新版が見つかる
Java 7 アンインストール
- MacでJava 7をアンインストールするにはどうすればよいですか
- 「Javaプラグイン・ファイルJavaAppletPlugin.pluginの削除のみです」
- JDK をインストールした場合、その少し下に書かれた以下に従って忘れずに削除
- 「JDK 7がインストールされているシステムでApple Java 6を復元する場合は、まずJDK 7をアンインストールする必要があります。JDK 7のアンインストール手順を参照してください」

（Java for OS X 2013-004の場合）ターミナルでの java -version 実行結果が

java version "1.6.0_51"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.6.0_51-b11-457-11M4509)
Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (build 20.51-b01-457, mixed mode)

となっていればよい

ちなみに

gephiへの入り口は日本語情報としてここがよくまとまっている
- クイックスタートを見ると、どう操作すれば何ができるかがだいたいわかります
実際どんな活用をされているかは、例えばYouTubeやslideshareを検索すると雰囲気がつかめる。グラフの動きを意識した例は、やはり前者に多く上がっている気がする