自分用です。
チェック用のスクリプトを作る
check.py
import sys
print(sys.prefix)
実行してみる
C:\> check.py
C:\Python27
C:\> python check.py
C:\Users\taro\AppData\Local\Continuum\Anaconda3
違う!
それぞれのモジュールをチェック
C:\> conda list -p c:\Python27
C:\> conda list -p c:\Users\taro\AppData\Local\Continuum\Anaconda3
パスを指定してモジュールを追加する
C:\> conda install -p c:\Python27 xxx
または
C:\> conda install -p c:\Users\taro\AppData\Local\Continuum\Anaconda3 xxx