はじめに

Google ColabにPyTorch Geometricをインストールを試みましたが，一筋縄ではいきませんでした．いろいろ調べてみてもインストールする方法は書かれていなかったので，覚書として残しておきます．

Google Colaboratoryとは

Google Colaboratory(Google Colab, Colaboratoryとも)は，Googleが提供するクラウド上で実行できるJupyter Notebook環境です．なんといっても無料でTesla K80 GPUを使える点がすばらしい．研究機関や企業に属さない個人がGPUを利用したいときには最適な環境といえます．
使い方などは【秒速で無料GPUを使う】深層学習実践Tips on Colaboratoryに詳しくまとめられています．

PyTorch Geometricとは

PyTorch Geometric(PyG)は，PyTorchベースのGraph Neural Network系ライブラリです．GCNやGATをはじめとするGraph Neural Networkや，Node2vecなどのGraph Embedding手法の実装が提供されています．

PyTorch Geometricを利用するためには，torch-geometricのほかに4つのライブラリ(torch-scatter, torch-sparse, torch-cluster, torch-spline-conv)をインストールする必要があります．が，この4つのライブラリをインストールすることが悩みの種となりました．

インストール...できない

PyTorch scatterなど，PyTorch Geometric以外のライブラリがインストールできません．たとえばtorch-scatterをインストールしようとすると，このようなエラーメッセージが出てきます．

Collecting torch-scatter
  Downloading https://files.pythonhosted.org/packages/30/d9/1d5fd4d183dabd9e0a1f7008ecf83318432359f4cc27480e3f2212f44d9c/torch_scatter-1.3.2.tar.gz
Building wheels for collected packages: torch-scatter
  Building wheel for torch-scatter (setup.py) ... error
  ERROR: Failed building wheel for torch-scatter
  Running setup.py clean for torch-scatter
Failed to build torch-scatter
Installing collected packages: torch-scatter
    Running setup.py install for torch-scatter ... error
ERROR: Command errored out with exit status 1: /usr/bin/python3 -u -c 'import sys, setuptools, tokenize; sys.argv[0] = '"'"'/tmp/pip-install-ttwepv79/torch-scatter/setup.py'"'"'; __file__='"'"'/tmp/pip-install-ttwepv79/torch-scatter/setup.py'"'"';f=getattr(tokenize, '"'"'open'"'"', open)(__file__);code=f.read().replace('"'"'\r\n'"'"', '"'"'\n'"'"');f.close();exec(compile(code, __file__, '"'"'exec'"'"'))' install --record /tmp/pip-record-e9z1yo5h/install-record.txt --single-version-externally-managed --compile Check the logs for full command output.

なぜ？

どうやら原因として

ハードウェアアクセラレータがGPUに設定されていない
gcc，g++のバージョンが適切ではない
CPATHが通っていない

の3点があげられます．

解決方法

1．編集＞ノートブックの設定＞ハードウェアアクセラレータでGPUに変更
2． gcc, g++のversionを5にさげる．CPATHを通す．

!apt install gcc-5 g++-5 -y

!ln -sf /usr/bin/gcc-5 /usr/bin/gcc 
!ln -sf /usr/bin/g++-5 /usr/bin/g++

!export CPATH=/usr/local/cuda/include:$CPATH

3． Pytorch Geometricと付随するライブラリをインストールする

!pip install torch-scatter
!pip install torch-sparse
!pip install torch-cluster
!pip install torch-spline-conv 
!pip install torch-geometric

最後に

PyTorch GeometricがColab上で動くようにはなったけど...インストールに結構時間かかるなぁ…
以上です！

参考リンク

Pytorch Scatter
CPATH is empty #64