KaiCoTrackerっていう、トラッキング知ってる？

0.対象読者

生物学者 　or　農学者

運動量を定量的に表したい方に特におすすめ。DeepLabCut(トラッキング界のスタンダード)も良いけど、幼虫にはちょっと。DeepLabCutは処理が重いから、長い動画に向かない。。。

トラッキング

　YoLoとか物体検知って夢がありますよ。でも、物体検出のモデルから、速度、移動距離出すのって骨が折れますよね。以前、YoLov3でそんなことやっていましたが、途中で挫けました。

1.KaicoTrackerとは？

　KaicoTrackerは、疋田 弘之(京都大化学研究所)、勝間進(東京大学)氏らによって開発されたカイコのトラッキングの技術です。論文が投稿されたのが2022年5月10日なので、新しく出た技術のようです(2022/05/16現在)。使われているアルゴルズムは、k近傍法という古典的な手法でカイコのトラッキングをしています。

2.概論

コードはGitHubに公開されています。Githubで、ファイルを落としていただき、以下を実行！

cd KaicoTracker
python3 KaicoTracker.py --input test.avi --autoCrop 4 5

これで、出来るはずなのですが、私の環境では出来ませんでした(WebGLがどうとか)。JupyterLab上で実行すると…

!python3 KaicoTracker.py --input test.avi --autoCrop 4 5

上手くいきました！

このように追跡してくれます。追跡の結果は、id、total_distance median_speed、median_duration、frequencyなどと自動で色々返してくれます。

このようないい感じのグラフが自動で生成されます。

pandasで整形したもの。毎日、カイコをトラッキングして運動量を調べたら面白そう。

今、家でカイコを飼ってるんです。

農学部で、実習の一環で現在、我が家にカイコがおります。今は、たまごです。ラズパイで定点観測し、動画にして、それをKaicoTrackerで色々見てみようと思います。