概要
普通に動くはずの CWL が docker in docker (dind) で動かないことがあるが、
これは dind の問題ではない可能性がある
結論
/tmp をマウントする必要がある。
問題の詳細
outputs で、指定したファイルが見つからないというエラーがでてくる。
詳細についてはこれから調べるが、
これはdind のホスト側の /tmp とツールを実行しているdockerの /tmp が共有されていないため、
cwltool (dindのホスト側） が、outputs で指定したファイル (dind として起動されているツールのコンテナ内にある)を回収できないためである。
問題を発見したのは、
VSCode の Remote Container Developmentであるが、これは WES や TES などを作るときにも
必要になるかもしれない。