概要
CWLのワークフロー(class: Workflow
)の、steps
において、1つの入力ファイルをうけるようなツールに、
複数のファイルを渡したいときの書き方。
in
に複数ファイルをうけるようにかいて
scatter
入力で複数ファイルのパラメータを指定する。
以下の例では
download_fastq
は、複数のファイルを出力する可能性がある(fastq_files
)
一方 gunzip
は、ツール定義(class: Workflow
)としては、1つの入力しか受けつけない。
それを複数受けられるようにするために、scatter
を使い、file
を1つづつ、gunzip
にわたす。
steps:
download_fastq:
run: download-fastq.cwl
in:
run_ids: run_ids
out:
[fastq_files]
gunzip:
run: gunzip.cwl
in:
file: download_fastq/fastq_files
scatter: file
out:
[decompressed]