LoginSignup
0
0

More than 3 years have passed since last update.

ファイル1つしか入力として受け付けないCWLツールに対して、複数のファイルを処理させたい

Posted at

概要

CWLのワークフロー(class: Workflow)の、steps において、1つの入力ファイルをうけるようなツールに、
複数のファイルを渡したいときの書き方。

inに複数ファイルをうけるようにかいて
scatter 入力で複数ファイルのパラメータを指定する。
以下の例では
download_fastq は、複数のファイルを出力する可能性がある(fastq_files)
一方 gunzip は、ツール定義(class: Workflow)としては、1つの入力しか受けつけない。
それを複数受けられるようにするために、scatter を使い、file を1つづつ、gunzipにわたす。

steps:
  download_fastq:
    run: download-fastq.cwl
    in:
      run_ids: run_ids
    out:
      [fastq_files]
  gunzip:
    run: gunzip.cwl
    in:
      file: download_fastq/fastq_files
    scatter: file
    out:
      [decompressed]
0
0
0

Register as a new user and use Qiita more conveniently

  1. You get articles that match your needs
  2. You can efficiently read back useful information
  3. You can use dark theme
What you can do with signing up
0
0