概要

以下のようなエラーがでた。

samtools-view.cwl:16:3: object id `samtools-view.cwl#output_bam` previously defined

結論

CWL では、同じCWLファイル内では、ユニークなidを付ける必要がある

なので、

例、 CommandLineTool で、 output_bam を、 inputs と outputs とで定義している。

エラーとしては、以下のようになる。

samtools-view.cwl:16:3: object id `samtools-view.cwl#output_bam` previously defined

該当のファイルは、こんなかんじ。

Workflow 定義の中の、インラインで書くときも似たような問題があることがあるが、
v1.0 と v1.1 では違う可能性もあり。
このあたりは、調べてまた書く予定。