概要
以下のようなエラーがでた。
samtools-view.cwl:16:3: object id `samtools-view.cwl#output_bam` previously defined
結論
CWL では、同じCWLファイル内では、ユニークなidを付ける必要がある
なので、
inputs と outputs で、同じ名前をつけることはできない。
例、 CommandLineTool で、 output_bam を、 inputs と outputs とで定義している。
- Fix output parameter for samtools-view.cwl by tom-tan · Pull Request #24 · pitagora-network/DAT2-cwl
エラーとしては、以下のようになる。
samtools-view.cwl:16:3: object id `samtools-view.cwl#output_bam` previously defined
該当のファイルは、こんなかんじ。
参考情報
Workflow 定義の中の、インラインで書くときも似たような問題があることがあるが、
v1.0 と v1.1 では違う可能性もあり。
このあたりは、調べてまた書く予定。