cwltool でのCWLのツール定義開発の回し方紹介

概要

cwltoolを使ってCWLのツール定義の開発の回し方の紹介

結論

1. CWLのツール定義を作る
2. 作ったCWLファイルを検証する
   • cwltool --validate 作った.cwl
3. 問題があれば、1
4. ヘルプでオプションを確認する(2の操作の--validateと違って、cwlファイルの後ろに --help)
   • cwltool 作った.cwl --help
5. 設定ファイルのテンプレートを作る。作らない場合は6の後半
   • cwltool --make-template 作った.cwl > 設定ファイル.yaml
6. 実行する
   • cwltool 作った.cwl 設定ファイル.yaml 　または
   • cwltool 作った.cwl --作ったオプション1=値 --作ったオプション2=値