Common Workflow Language(CWL) User Guide について

Common Workflow Language User Guide

公式サイトにあるドキュメントで、いろいろなことが２１ステップで学習できます。

各ステップには以下がかならずついているので、学習の目安になると思います。

何が学習できるのか(冒頭QuestionsとObjectives)
最後に Key Points

１ステップにつき、５分から１０分くらいで終わるようにできていて、目安の時間では３時間１５分で全部終わります。

実際に試したところ大体それくらいの時間でおわりました。

ぜひ試してみてください。

いろいろなことが学習できます。

アドベントカレンダーの私の担当分は、１ステップが１日なっています。

CWL User Guide 1: Introduction

Common Workflow Language User Guide: Introduction

CWL とは何か、といったようなことが書いてあります。
Key Points のところは、ぜひ読んだほうが良いです。

Key Points を引用すると次のようにかいてあります。

* CWL describes command line tools and workflows.
* CWL is not software.
* Descriptions in CWL aid portability between environments

CWLを記述し、それを動かす部分はないです。

２にはいる前に、CWLを動かす環境を整備

pythonがすでに使えるのであれば

pip install cwltool

これだけで、必要なものがはいります。
あとは、dockerを使うサンプルもあるので、でてきたときにdockerをいれたいとおもいます。

また、vagrant が使えるのであれば、

manabuishii/vagrant-cwl-impl-test

git clone https://github.com/manabuishii/vagrant-cwl-impl-test.git
cd vagrant-cwl-impl-test
vagrant up

これで、cwltoolも含めて必要なものがはいった仮想マシンができあがります。

User Guide のなかでは、cwl-runner と書いてありますが、今回のCWL Advent Calendar 2017はcwltoolを使って、すすめてみようとおもいます。
これについては、後述の予定です。

データについて

User Guideを進めていくと、前のステップの結果を使うといったことがでてきます。
途中の日からでもはじめられるように、必要なデータをいれたレポジトリをつくりました。

manabuishii/cwl_user_guide_work

git clone https://github.com/manabuishii/cwl_user_guide_work.git

CWL User Guide 2: First Example

Common Workflow Language User Guide: First Example

この回では Hello world! を表示します。
そのためにCWLを記述したファイルと、パラメータを記述したファイルの２つのファイルを用意します。

この回では
Hello world! を表示するための書き方について１行１行解説してあります。
Key Points もぜひ読んで下さい。

CWL ファイル、1st-tool.cwl

1st-tool.cwl

#!/usr/bin/env cwl-runner

cwlVersion: v1.0
class: CommandLineTool
baseCommand: echo
inputs:
  message:
    type: string
    inputBinding:
      position: 1
outputs: []

パラメータ用のファイル、echo-job.yml

echo-job.yml

message: Hello world!

結果

$ cwltool 1st-tool.cwl echo-job.yml
/usr/local/bin/cwltool 1.0.20171107133715
Resolved '1st-tool.cwl' to 'file:///home/vagrant/cwl_user_guide_work/02-1st-example/1st-tool.cwl'
[job 1st-tool.cwl] /tmp/tmppJq7QV$ echo \
    'Hello world!'
Hello world!
[job 1st-tool.cwl] completed success
{}
Final process status is success

使ったファイル

cwl_user_guide_work/02-1st-example at master · manabuishii/cwl_user_guide_work

少し試してみよう

echo-job.yml の Hello world! 部分を変更して、もう１度実行してみましょう。
表示されるメッセージがかわることが確認できるとおもいます。

次回へ続きます