Common Workflow Language(CWL) User Guide について
Common Workflow Language User Guide
公式サイトにあるドキュメントで、いろいろなことが２１ステップで学習できます。
各ステップには以下がかならずついているので、学習の目安になると思います。
- 何が学習できるのか(冒頭QuestionsとObjectives)
- 最後に Key Points
１ステップにつき、５分から１０分くらいで終わるようにできていて、目安の時間では３時間１５分で全部終わります。
実際に試したところ大体それくらいの時間でおわりました。
ぜひ試してみてください。
いろいろなことが学習できます。
アドベントカレンダーの私の担当分は、１ステップが１日なっています。
CWL User Guide 1: Introduction
Common Workflow Language User Guide: Introduction
CWL とは何か、といったようなことが書いてあります。
Key Points のところは、ぜひ読んだほうが良いです。
Key Points を引用すると次のようにかいてあります。
* CWL describes command line tools and workflows.
* CWL is not software.
* Descriptions in CWL aid portability between environments
CWLを記述し、それを動かす部分はないです。
２にはいる前に、CWLを動かす環境を整備
pythonがすでに使えるのであれば
pip install cwltool
これだけで、必要なものがはいります。
あとは、dockerを使うサンプルもあるので、でてきたときにdockerをいれたいとおもいます。
また、vagrant が使えるのであれば、
manabuishii/vagrant-cwl-impl-test
git clone https://github.com/manabuishii/vagrant-cwl-impl-test.git
cd vagrant-cwl-impl-test
vagrant up
これで、cwltoolも含めて必要なものがはいった仮想マシンができあがります。
User Guide のなかでは、cwl-runner と書いてありますが、今回のCWL Advent Calendar 2017はcwltoolを使って、すすめてみようとおもいます。
これについては、後述の予定です。
データについて
User Guideを進めていくと、前のステップの結果を使うといったことがでてきます。
途中の日からでもはじめられるように、必要なデータをいれたレポジトリをつくりました。
manabuishii/cwl_user_guide_work
git clone https://github.com/manabuishii/cwl_user_guide_work.git
CWL User Guide 2: First Example
Common Workflow Language User Guide: First Example
この回では Hello world! を表示します。
そのためにCWLを記述したファイルと、パラメータを記述したファイルの２つのファイルを用意します。
この回では
Hello world! を表示するための書き方について１行１行解説してあります。
Key Points もぜひ読んで下さい。
CWL ファイル、1st-tool.cwl
#!/usr/bin/env cwl-runner
cwlVersion: v1.0
class: CommandLineTool
baseCommand: echo
inputs:
message:
type: string
inputBinding:
position: 1
outputs: []
パラメータ用のファイル、echo-job.yml
message: Hello world!
結果
$ cwltool 1st-tool.cwl echo-job.yml
/usr/local/bin/cwltool 1.0.20171107133715
Resolved '1st-tool.cwl' to 'file:///home/vagrant/cwl_user_guide_work/02-1st-example/1st-tool.cwl'
[job 1st-tool.cwl] /tmp/tmppJq7QV$ echo \
'Hello world!'
Hello world!
[job 1st-tool.cwl] completed success
{}
Final process status is success
使ったファイル
cwl_user_guide_work/02-1st-example at master · manabuishii/cwl_user_guide_work
少し試してみよう
echo-job.yml の Hello world! 部分を変更して、もう１度実行してみましょう。
表示されるメッセージがかわることが確認できるとおもいます。
次回へ続きます