OSXでExtended Attributesを除外してディレクトリ全体をコピーするには、環境変数 COPYFILE_DISABLE=1 をつけて tarを通して処理することで可能です。
$ COPYFILE_DISABLE=1 tar cC '/Volumes/data' file.txt | tar xv
TimeMachineやなんかのディスクから直接コピーすると、EAがたくさんついている影響なのか普通のファイルのように扱うことができないようです。パーミッションなどが正しいのになぜか書き込み禁止のメッセージが出るときなどは、EAを消してみるとうまくいくかもしれません。
ls -al で最後に@がついているのは、Extended Attributesがついています。を確認するためには、xattrコマンドを使えばよいです。
$ xattr file.txt
-l で詳細、-d で1つづつ消せます。