調べてもあまり出てこないから，メモがてら．

前準備

地図を表示したりするまでの準備

ツールのインストール

gdal
ogr2ogr
topojson

この３つが必要．インストール方法はいくらでもあるので割愛．
自分はhomebrewとnpmで入れた．

データの入手，整形

ダウンロード

いろいろとあるけど，自分は国土交通省から．
東京都だけを抜き出してダウンロード．
アンケートとか必要だった．平成26年度のものを選んだ．

GeoJSONの作成

拡張子がshpのものが必要
バイナリだから，中身を見るには

$ ogrinfo -al N03-14_13_140401.shp | nkf -w | head -n 20 | less

INFO: Open of `N03-14_13_140401.shp'
      using driver `ESRI Shapefile' successful.

Layer name: N03-14_13_140401
Geometry: Polygon
Feature Count: 3297
Extent: (136.069482, 20.425119) - (153.986898, 35.898424)
Layer SRS WKT:
GEOGCS["GCS_JGD_2000",
    DATUM["Japanese_Geodetic_Datum_2000",
        SPHEROID["GRS_1980",6378137.0,298.257222101]],
    PRIMEM["Greenwich",0.0],
    UNIT["Degree",0.0174532925199433]]
N03_001: String (10.0)
N03_002: String (20.0)
N03_003: String (20.0)
N03_004: String (20.0)
N03_007: String (5.0)
OGRFeature(N03-14_13_140401):0
  N03_001 (String) = 東京都
  N03_002 (String) = (null)
  N03_003 (String) = 西多摩郡
  N03_004 (String) = 奥多摩町
  N03_007 (String) = 13308
  POLYGON ((139.100223 35.867104...

今回は東京都の島しょ部を除いた部分が欲しかったから，
N003_007(行政区域コード)で13360未満のものだけ抽出．（島しょ部は13600以降）

$ ogr2ogr -f GeoJSON -where "N03_007 < '13360'" tokyo_honshu.geojson N03-14_13_140401.shp

TopoJSONの作成

GeoJSONをTopoJSONっていう圧縮したもの？に変換する．
とりあえず中身を見ると

$ less tokyo_honshu.geojson

{
"type": "FeatureCollection",

"features": [
{ "type": "Feature", "properties": { "N03_001": "東京都", "N03_002": null, "N03_003": "西多摩郡", "N03_004": "奥多摩町", "N03_007": "13308" }, "geometry": { "type": "Polygon", "coordinates": [ [ [ 139.100223, 35.867104 ], [ 139.100419000000102, 35.866862 ], [ 139.100845, 35.866292 ], [ 139.101117, 35.86603 ], [ 139.101137, 35.865995 ], [...

後々で使うかもしれなかったからTopoJSONに変換する際に，
区市？（N03_003）と町村？（N03_004）をプロパティとして追加して，行政区域コード（N03_007）をIDとして追加することに．
さらに区とかに名前を書き換えるため"変換後"="変換前"っていうのも加える．

$ topojson --id-property N03_007 -p shi=N03_004 -p ku=N03_003 -o tokyo_honshu.topojson tokyo_honshu.geojson

これでtokyo_honshu.topojsonっていうファイルができる．

参考

http://tactosh.com/2014/04/d3-js-japan-geo-map/
http://kshigeru.blogspot.jp/2013/03/d3-geojson-polygon.html