GitHubにて RSAのhost-keyが更新されたそうです.(公式ブログ)

この際 GitHubに接続する際の sshについて RSA暗号ではなく, Ed25519にすることを考えます (新しい SSH キーを生成して ssh-agent に追加する公式document).

そして, 新たにこちらを使用するために次のコマンドを入力して設定を変更します.

$ git config --global core.sshCommand "ssh -i ~/.ssh/<Ed25519の秘密鍵のPATH>"

これで設定完了です.

設定の流れ.

<注意> この場合, 接続テストでは keyの設定が必要になります:

$ ssh -T git@github.com -i ~/.ssh/<Ed25519の秘密鍵のPATH>
Hi <user-name>! You've successfully authenticated, but GitHub does not provide shell access.