結論
最新のバージョンのImageMagickをインストールする
現象
a.png と b.png があり、diff.png を作成しようとして、「画像の幅か高さが違う！」と怒られる。
# compare ./a.jpg ./b.jpg diff.jpg
compare: image widths or heights differ `./a.jpg' @ error/compare.c/CompareImageCommand/964.
経緯
自宅で仮作成したプログラムを会社に持っていったら上記エラー発生。
該当エラーで検索しても、サイズが違うとできないという記事ばかりヒット。
ただ自宅で作ったのはMac環境で、サイズが異なる画像でも比較画像が作成できていた。
会社のLinux環境（CentOS）では、上記エラーが出たことで、問題の切り分けを行った。
まずは、エラーが起こらないMacOSでのバージョンを確認。
# compare --version
Version: ImageMagick 7.0.8-28 Q16 x86_64 2019-02-19 https://imagemagick.org}
次に、エラーが起こるCentOSでのバージョンを確認。
# compare -version
Version: ImageMagick 6.7.8-9 2016-06-16 Q16 http://www.imagemagick.org
CentOSのyumでインストールを試みると、19.2.22時点で、Ver. 6.7.8.9-15.el7_2 がインストールされるが、どうやらこのバージョンでは、サイズ差がある場合、補完してくれるわけではない様子。
最新のバージョンをインストールする
remi レポジトリーを追加し、ImageMagick7をインストールする
# yum install http://rpms.famillecollet.com/enterprise/remi-release-7.rpm
# yum install imagemagick7 --enablerepo=remi
# compare --version
Version: ImageMagick 7.0.8-28 Q16 x86_64 2019-02-18 https://imagemagick.org
Copyright: © 1999-2019 ImageMagick Studio LLC
これで、サイズの異なる画像でも画像比較などの処理が可能になる。