docker-compose run --rm web rails assets:precompileでerrorが起きる問題があったのでメモしておきます。

主にさくらのVPSにて、標準インストール/CentOS7を選択しているときに高確率で出くわすと思います。
原因は、さくらのVPSが悪いんじゃなくて、dockerの設定とファイルフォーマットの問題でした。

以下のようなエラーが出て、プリコンパイルできない

An unexpected error occurred: "ENOTEMPTY: directory not empty, rmdir 'hoge'
ファイルが消せないのか?
はい、消せません。

なぜか?

Centos7のファイルシステムがxfsだ!!

df -hT
Filesystem     Type      Size  Used Avail Use% Mounted on
/dev/vda3      xfs      193G  6.2G  177G   4% /

根本的な原因はこちらです(ありがとうございます!)

[引用]
OverlayFSは上側に重ねるファイルシステムがファイルタイプを返すd_typeをサポートしていないと使えません。d_typeをサポートしないファイルシステムでOverlayするとwhiteoutファイルをDT_CHRと判定できないため、消したはずのファイル(やディレクトリ)が中途半端に見えてしまいます。
http://qiita.com/amatsus/items/aa2a58b0d5800312b6fa

つまり、overlay+xfs(デフォルトの設定)の組み合わせはトラブル起こすのでやめましょう。

dockerインストール時にdockerのデバイスドライバを「devicemapper」にする設定をすること、
"production systems, you must use direct-lvm mode"プロダクションモードではdirect-lvmを使ってね、とコメントありますんで、こことても重要です!!
https://docs.docker.com/engine/installation/linux/centos/#install-from-a-package
http://docs.docker.jp/engine/userguide/storagedriver/selectadriver.html
https://docs.docker.com/engine/userguide/storagedriver/device-mapper-driver/#configure-direct-lvm-mode-for-production

今回は、手っ取り早く立ち上げるために、標準OSインストールしてフォーマットの確認を忘れていたのと、/etc/docker/daemon.jsonの設定を忘れてたことが原因です。

対処方法

で、どうしたかというと、ごにょごにょするのめんどくさかったので、マストドンのディレクトリごと別サーバに退避して、サーバを上記の点に注意しながら再構築して、アップデートしました。