beta版のXcodeをインストールして、コマンドラインツールも更新してしまった。安定版のXcodeに戻してもコマンドラインツールはbeta版を使ってしまいます。
そんな時は、
% xcode-select -print-path
でパスを調べてみる
/Applications/Xcode5-DP.app/Contents/Developer
と消したはずのXcode5にリンクしている
$ sudo xcode-select -switch /Applications/Xcode.app/Contents/Developer
と使いたいXcodeを設定すればOK