前提

OS: Ubuntu Server 16.04 LTS
DB: MariaDB 10.0.34
Zabbix: 3.4.8
管理者権限の作業

手順

バックアップ

下記でZabbixのDBの全データをバックアップする
必要に応じて、cron等を設定する

$ mysqldump zabbix > /tmp/backup.sql

リカバリ

一旦、Zabbixサーバーを停止する

$ service zabbix-server stop

ZabbixのDBを削除する

$ mysql -e"drop database zabbix;"

DBの不整合なファイルを一旦削除する。該ファイルは、再起動時に再作成されます。
詳しくは、下記を確認して下さい。
InnoDBの構成

$ service mysql stop
$ rm /var/lib/mysql/ib_logfile0
$ rm /var/lib/mysql/ib_logfile1
$ rm /var/lib/mysql/ibdata1
$ service mysql start

ZabbixのDBを再作成し、権限を付与する。

$ mysql -e"create database zabbix character set utf8 collate utf8_bin;"
$ mysql -e"grant all privileges on zabbix.* to zabbix@localhost identified by 'zabbix';"

バックアップしたデータを投入する。

$ mysql zabbix < /tmp/backup.sql

Zabbixサーバーを起動する

$ service zabbix-server start