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@madilloar(madi lloar)

Cytoscape.jsを試してみた

Last updated at Posted at 2019-07-12

Cytoscape.jsとは

Cytoscape.js(http://js.cytoscape.org/):
グラフ理論（ネットワーク）の可視化と解析のためのライブラリです。ライセンスは MIT License なので、商用にも使えます。下記デモで利用している依存ライブラリもMIT Licenseです。

試してみた

次のURLをクリックすると、デモ用ページに遷移します。
Cytoscape.js demo(https://madilloar.github.io/pub-pages/cytoscape1.html)

使い方:

  • 「Layout:」コンボボックスで、レイアウトを選択すると、グラフのノード配置が変わります。
  • 「読込」ボタンは、その右にあるテキストエリアに書いてあるノードとエッヂの情報に従って、ノードのグラフを書きます。
  • 「保存」ボタンは、その右にあるテキストエリアに、現在のグラフにあるノードの属性情報をJSON文字列で書き込みます。
  • 「ノード」をクリックすると、そのクリックイベントを拾って、ノードの状態を変えます。
  • 「ノード」を右クリックすると、その右クリックイベントを拾って、ノードの状態をalert表示します。
  • 灰色の「グラフエリア」をクリックすると、新しいノードを作ります。
  • ドラッグするとグラフが移動します。マウスホイールでグラフをズームイン／ズームアウトします。
  • 左の方にある、丸っこい図形とスライダーはズームイン／ズームアウトするコントールです。

覚書

ノードやエッヂに任意の属性をつけられる

ノードに必須の属性は「id」。親ノードを示すときは「parent」属性に親の「id」を指定するのが必須。
それ以外は、任意に属性を加えられる。例えば下記例では、「name」属性を独自に入れてます。

このデモでは、ノードに「name」属性を表示するようにしていますが、下記例のように、「¥n」を文字列の途中に入れておいて、スタイルで「node.css("text-wrap", "wrap");」と「wrap」するようにすると、ノード内の文字列が改行してくれます。

{ group: 'nodes', data: { id: 'n24', name: 'テキスト\n折り返しの\nテスト', parent: 'n39' } },

ノードのスタイルを動的に変える

ボタンをクリックしたイベントをトリガーにノードのスタイルを変えるコードの断片。

ボタンイベント
      $("#IdBtnRead").click(function () {
        // ボタンイベント内で、スタイルの設定
        setStyles(cy.nodes(), cy.edges());
        // スタイル設定の後にlayout().run();でグラフに反映。
      });

下記例では、ノードの属性に任意に付け加えた「type属性」で親か子かを判定しています。

スタイルの設定
     var setStyles = function (nodes, edges) {
        // ノードのスタイル
        nodes.forEach(function (node) {
          var data = node.json().data;
          if (!data.type) {
            // 子ノードのサイズとスタイル
          } else if ((data.type).match(/^g/)) {
            // 親ノードのスタイル
          }
        });
        // エッヂのスタイル
        edges.forEach(function (edge) {
        });
      };

グラフエリアの要素をセレクタで選択してイベントを拾う

cy.on("cxttap", "node", function (evt) { の「"node"」の部分がセレクタで、
この例では、全てのノードの中で、右クリック("cxttap")されたノードでイベントが発火します。

      cy.on("cxttap", "node", function (evt) {
        var tgt = evt.target;
        var data = tgt.json().data;
        var id = data["id"];
        var m = "";
        m += "ノードの右クリックイベントでアラートしてますが、GETとかPOSTするのもよいかも。";
        m += "{id:" + id + ", x:" + tgt.position("x") + ", y:" + tgt.position("y") + "}";
        alert(m);
      });

##　クリックした要素によって処理を分ける
下記例では、セレクタを使わないで、グラフエリアでクリックされた要素で処理を分けています。
「if (tgt === cy) {」の様に、比較にオブジェクトを使うので、扱いにくいです。

クリックした要素によって処理を分ける
cy.on("tap", function (evt) {
        var tgt = evt.target;
        if (tgt === cy) {
          // cyをtapした場合は、ノードを追加
        } else {
          // ノードをタップした場合
      });

要素の入れ替え

「var elements = cy.elements()」で全要素(ノード、エッヂ)を取得して、「cy.remove(elementes)」の引数に渡すことで、全要素を削除します。
「cy.add(eval(JSON文字列));」で要素を追加します。

ノードの削除
      $("#IdBtnRead").click(function () {
        var elements = cy.elements();
        cy.remove(elements);
        cy.add(eval($("#IdElements").val()));
        setStyles(cy.nodes(), cy.edges());
        CytLayout.setLeyout(cy, $("#IdLayout").val());
      });

ノードの状態をJSON文字列で取得

「var nodes = cy.nodes();」で全ノードを取得して、ループの中で「JSON.stringify(node.json());」でJSON文字列化します。

ノードの状態をJSON文字列で取得
      $("#IdBtnSave").click(function () {
        var s = "";
        var nodes = cy.nodes();
        nodes.forEach(function (node) {
          s += JSON.stringify(node.json());
          s += "\n";
        });
        $("#IdElementsPosition").val(s);
      });

参考URL

Cytoscape.jsを用いてデータを可視化する
iVis-at-Bilkent/cytoscape.js-fcose

ソース

cytoscape-1.html
<!DOCTYPE html>
<html lang="ja">

<head>
  <meta charset="UTF-8">
  <meta name="viewport" content="width=device-width, initial-scale=1.0">
  <title>Cytoscape example</title>

  <link rel="stylesheet" type="text/css"
    href="https://cdnjs.cloudflare.com/ajax/libs/cytoscape-panzoom/2.5.3/cytoscape.js-panzoom.css">
  <link rel="stylesheet" type="text/css"
    href="https://cdnjs.cloudflare.com/ajax/libs/font-awesome/5.9.0/css/all.min.css">

  <script src="https://unpkg.com/jquery@3.4.1/dist/jquery.min.js"></script>
  <script src="https://unpkg.com/cytoscape@3.8.1/dist/cytoscape.min.js"></script>
  <script src="https://unpkg.com/numeric@1.2.6/numeric-1.2.6.js"></script>
  <script src="https://unpkg.com/layout-base@1.0.1/layout-base.js"></script>
  <script src="https://unpkg.com/cose-base@1.0.0/cose-base.js"></script>

  <!--cytoscape-fcose:Dependencies
    Cytoscape.js ^3.2.0
    numeric.js ^1.2.6
    cose-base ^1.0.0
  -->
  <script src="https://unpkg.com/cytoscape-fcose@1.0.0/cytoscape-fcose.js"></script>

  <!-- cytoscape-panzoom:Dependencies
    jQuery ^1.4 || ^2.0 || ^3.0
    Cytoscape.js ^2.0.0 || ^3.0.0
    Font Awesome 4 (for automatic icons), or you can specify your own class names for icons
  -->
  <script src="https://unpkg.com/cytoscape-panzoom@2.5.3/cytoscape-panzoom.js"></script>

  <style>
    body {
      font-family: helvetica neue, helvetica, liberation sans, arial, sans-serif;
      font-size: 10px;
    }

    #IdCytoscape {
      position: absolute;
      top: 150px;
      left: 0px;
      width: 100%;
      height: 100%;
      z-index: 999;
      background-color: #e9e9e9;
    }
  </style>
  <script>
    var CytLayout = (function () {
      var _setLayout = function (cy, layoutName) {
        var layout = {
          name: layoutName,
          fit: true,
          animate: true
        };
        cy.layout(layout).run();
        return layout;
      };
      return {
        setLeyout: _setLayout
      };
    })();
    document.addEventListener("DOMContentLoaded", function () {
      var setStyles = function (nodes, edges) {
        // ノードのスタイル
        nodes.forEach(function (node) {
          var data = node.json().data;
          if (!data.type) {
            // 子ノードのサイズとスタイル
            /*
                        // ノードのサイズをランダムで求めていますが、普通はノードの属性から値を取ると思います。
                        var width = [30, 70, 110];
                        var size = width[Math.floor(Math.random() * 3)];
                        node.css("width", size);
                        node.css("height", size);
            */
            // ラベルの幅と高さのサイズにします。
            node.css("width", "label");
            node.css("height", "label");
            node.css("padding", "20px");
            node.css("content", data.name || data.id);
            node.css("text-justification", "left")
            node.css("text-valign", "center");
            node.css("text-halign", "center");
            node.css("text-wrap", "wrap");
            node.css("shape", "round-rectangle");
            node.css("background-color", "#ffcb4f");
          } else if ((data.type).match(/^g/)) {
            // 親ノードのスタイル
            var colors = ["#B2EDCE", "#4eb7d9", "#ffdaf4"];
            node.css("content", data.name);
            node.css("text-valign", "top");
            node.css("background-color", colors[Math.floor(Math.random() * 3)]);
          }
        });
        // エッヂのスタイル
        edges.forEach(function (edge) {
          var data = edge.json().data;
          edge.css("content", data.id);
          edge.css("curve-style", "taxi");
          edge.css("target-arrow-shape", "triangle");
        });
      };
      var cy = cytoscape({
        container: $("#IdCytoscape"),
        ready: function () {
          setStyles(this.nodes(), this.edges());
        },
        elements: eval($("#IdElements").val()),
      });
      // パン、ズームイン／ズームアウトコントロールの配置
      cy.panzoom({});
      CytLayout.setLeyout(cy, $("#IdLayout").val());
      // cyのセレクタ"node"でイベントを拾う
      cy.on("cxttap", "node", function (evt) {
        var tgt = evt.target;
        var data = tgt.json().data;
        var id = data["id"];
        var m = "";
        m += "ノードの右クリックイベントでアラートしてますが、GETとかPOSTするのもよいかも。";
        m += "{id:" + id + ", x:" + tgt.position("x") + ", y:" + tgt.position("y") + "}";
        alert(m);
      });
      // cy要素自体でイベントを拾う
      cy.on("tap", function (evt) {
        var tgt = evt.target;
        if (tgt === cy) {
          // cyをtapした場合は、ノードを追加
          cy.add({
            data: { id: 'new' + Math.round(Math.random() * 100) },
            position: {
              x: evt.position.x,
              y: evt.position.y
            }
          });
        } else {
          // ノードをタップした場合
          var data = tgt.data();
          var m = "";
          m += "ノードのクリックイベントで属性を追加してます。\n";
          m += "{name+id:" + data["id"] + ",\nx:" + tgt.position("x") + ", y:" + tgt.position("y") + "}";
          data.name = m;
        }
        setStyles(cy.nodes(), cy.edges());
        CytLayout.setLeyout(cy, $("#IdLayout").val());
      });
      $("#IdLayout").change(function () {
        CytLayout.setLeyout(cy, $("#IdLayout").val());
      });
      $("#IdBtnRead").click(function () {
        var elements = cy.elements();
        cy.remove(elements);
        cy.add(eval($("#IdElements").val()));
        setStyles(cy.nodes(), cy.edges());
        CytLayout.setLeyout(cy, $("#IdLayout").val());
      });
      $("#IdBtnSave").click(function () {
        var s = "";
        var nodes = cy.nodes();
        nodes.forEach(function (node) {
          s += JSON.stringify(node.json());
          s += "\n";
        });
        $("#IdElementsPosition").val(s);
      });
    });
  </script>
</head>

<body>
  <h1>Cytoscape demo</h1>
  <table border="1">
    <tr>
      <td>
        <label for="IdLayout">Layout:</label>
        <select name="NmLayout" id="IdLayout">
          <option value="fcose" selected>fcose</option>
          <option value="grid">grid</option>
          <option value="random">random</option>
          <option value="circle">circle</option>
          <option value="concentric">concentric</option>
          <option value="breadthfirst">breadthfirst</option>
          <option value="cose">cose</option>
        </select>
      </td>
      <td>
        <button id="IdBtnRead">読込</button>
        <textarea name="NmElements" id="IdElements" cols="30" rows="5">
                    [
                    { group: 'nodes', data: { id: 'n0' } },
                    { group: 'nodes', data: { id: 'n1' } },
                    { group: 'nodes', data: { id: 'n2' } },
                    { group: 'nodes', data: { id: 'n3' } },
                    { group: 'nodes', data: { id: 'n4', parent: 'n37' } },
                    { group: 'nodes', data: { id: 'n5' } },
                    { group: 'nodes', data: { id: 'n6' } },
                    { group: 'nodes', data: { id: 'n7', parent: 'n37' } },
                    { group: 'nodes', data: { id: 'n8', parent: 'n37' } },
                    { group: 'nodes', data: { id: 'n9', parent: 'n37' } },
                    { group: 'nodes', data: { id: 'n10', parent: 'n38' } },
                    { group: 'nodes', data: { id: 'n12' } },
                    { group: 'nodes', data: { id: 'n13' } },
                    { group: 'nodes', data: { id: 'n14' } },
                    { group: 'nodes', data: { id: 'n15' } },
                    { group: 'nodes', data: { id: 'n16' } },
                    { group: 'nodes', data: { id: 'n17' } },
                    { group: 'nodes', data: { id: 'n18' } },
                    { group: 'nodes', data: { id: 'n19' } },
                    { group: 'nodes', data: { id: 'n20' } },
                    { group: 'nodes', data: { id: 'n21' } },
                    { group: 'nodes', data: { id: 'n22' } },
                    { group: 'nodes', data: { id: 'n23' } },
                    { group: 'nodes', data: { id: 'n24', name: 'テキスト\n折り返しの\nテスト', parent: 'n39' } },
                    { group: 'nodes', data: { id: 'n25', parent: 'n39' } },
                    { group: 'nodes', data: { id: 'n26', parent: 'n42' } },
                    { group: 'nodes', data: { id: 'n27', parent: 'n42' } },
                    { group: 'nodes', data: { id: 'n28', parent: 'n42' } },
                    { group: 'nodes', data: { id: 'n29', parent: 'n40' } },
                    { group: 'nodes', data: { id: 'n31', parent: 'n41' } },
                    { group: 'nodes', data: { id: 'n32', parent: 'n41' } },
                    { group: 'nodes', data: { id: 'n33', parent: 'n41' } },
                    { group: 'nodes', data: { id: 'n34', parent: 'n41' } },
                    { group: 'nodes', data: { id: 'n35', parent: 'n41' } },
                    { group: 'nodes', data: { id: 'n36', parent: 'n41' } },
                    { group: 'nodes', data: { id: 'n37', type: 'g37', name: 'グループ37' } },
                    { group: 'nodes', data: { id: 'n38', type: 'g38', name: 'グループ38' } },
                    { group: 'nodes', data: { id: 'n39', type: 'g39', name: 'グループ39', parent: 'n43' } },
                    { group: 'nodes', data: { id: 'n40', type: 'g40', name: 'グループ40', parent: 'n42' } },
                    { group: 'nodes', data: { id: 'n41', type: 'g41', name: 'グループ41', parent: 'n42' } },
                    { group: 'nodes', data: { id: 'n42', type: 'g42', name: 'グループ42', parent: 'n43' } },
                    { group: 'nodes', data: { id: 'n43', type: 'g43', name: 'グループ43' } },
                    { group: 'edges', data: { id: 'e0', source: 'n0', target: 'n1' } },
                    { group: 'edges', data: { id: 'e1', source: 'n1', target: 'n2' } },
                    { group: 'edges', data: { id: 'e2', source: 'n2', target: 'n3' } },
                    { group: 'edges', data: { id: 'e3', source: 'n0', target: 'n3' } },
                    { group: 'edges', data: { id: 'e4', source: 'n1', target: 'n4' } },
                    { group: 'edges', data: { id: 'e5', source: 'n2', target: 'n4' } },
                    { group: 'edges', data: { id: 'e6', source: 'n4', target: 'n5' } },
                    { group: 'edges', data: { id: 'e7', source: 'n5', target: 'n6' } },
                    { group: 'edges', data: { id: 'e8', source: 'n4', target: 'n6' } },
                    { group: 'edges', data: { id: 'e9', source: 'n4', target: 'n7' } },
                    { group: 'edges', data: { id: 'e10', source: 'n7', target: 'n8' } },
                    { group: 'edges', data: { id: 'e11', source: 'n8', target: 'n9' } },
                    { group: 'edges', data: { id: 'e12', source: 'n7', target: 'n9' } },
                    { group: 'edges', data: { id: 'e13', source: 'n13', target: 'n14' } },
                    { group: 'edges', data: { id: 'e14', source: 'n12', target: 'n14' } },
                    { group: 'edges', data: { id: 'e15', source: 'n14', target: 'n15' } },
                    { group: 'edges', data: { id: 'e16', source: 'n14', target: 'n16' } },
                    { group: 'edges', data: { id: 'e17', source: 'n15', target: 'n17' } },
                    { group: 'edges', data: { id: 'e18', source: 'n17', target: 'n18' } },
                    { group: 'edges', data: { id: 'e19', source: 'n18', target: 'n19' } },
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