正規表現って普段書かなくなると、すぐ忘れちゃいますよね？
めちゃめちゃTipsですが、備忘録も兼ねて投稿します。

やりたいこと

掲題の通りですが、金額等の文字列の修正を想定しています。
例：金額欄に1,000.000と入力されたときに、1,000,000に修正したい。
- ただし、1,000.000.00と入力されたときは1,000,000.00にしたい。
「そんなケースに遭遇する？」と思われるかもしれませんが、例えばOCRシステム等ではあり得るかと思います。（私の場合、まさにこれ）

コード

import re

target_text = '1,000.000.00'
replace_rule = re.compile('\.(?!\d{2}$)')

text = replace_rule.sub(',', target_text)

これでいけました。
なお、このままだと例えば 1,000.0は1,000,0となってしまうので、ちゃんと3つ区切りのドットだけを置換したい場合は（そもそもそんなケースが有るかは不明ですが）

import re

target_text = '1.000.00.00'
replace_rule = re.compile('\.(\d{3})')

text = replace_rule.sub(r',\1', target_text)

でいけました。

以上です。この記事が世界の誰かの役に立てば幸いです