Git LFSで管理されたファイルがあるリポジトリをcapistrano(3.14.1)で配備してもリンクのまま配備されてしまいます。ホスト側にgit-lfsをインストールしてみたのですが結果は変わらずでした。
という訳で当面の回避策です。まずは、目的のファイル(例:public/foo.mp4)をrsyncやscpコマンドなどで、capistranoのsharedフォルダにコピーしておきます。
rsync -avz public/foo.mp4 host:myproject/shared/public/
sharedフォルダから、配備するアプリにファイルをコピーするコマンドは以下のように記述します。
config/deploy.rb
append :linked_files, "public/foo.mp4"
ローカル環境などからcurrent(例:myproject/current/public/)に直接コピーしても、その場では動きますが、次のリリースを配備するときにディレクトリごと置き換わってしまうため、この一手間が必要です。