Windows10 IoT CoreをインストールしたRPi2だけでLチカをしてみます。
GPIOの基本的な使い方の説明になります。

・VisualStudio2015RCで新しいプロジェクト>テンプレート>Visual C#>Windows Univiersal>Blank App(Windows Universal)を選んでプロジェクトを作成します。

・ソリューションエクスプローラーの参照を右クリックして追加を選びます。参照マネージャー>Windows Universal>拡張を選んでから、リスト内のWindows IoT Extemsion SDKにチェックを入れてOKをクリックします。

・MainPage.xaml.csを開いて次のようにプログラムを記述します。

MainPage.xaml.cs

using System;
using Windows.UI.Xaml;
using Windows.UI.Xaml.Controls;
using System.Diagnostics;
using Windows.Devices.Gpio;


// The Blank Page item template is documented at http://go.microsoft.com/fwlink/?LinkId=402352&clcid=0x409

namespace LChika
{
    /// <summary>
    /// An empty page that can be used on its own or navigated to within a Frame.
    /// </summary>
    public sealed partial class MainPage : Page
    {
        private const int LED_PIN = 47;     //ボード上ACT_LED(GPIO47)
        private GpioPin pin;
        private GpioPinValue pinValue;      //Pinの状態(High/Low)
        private DispatcherTimer timer;      //点滅用タイマー

        public MainPage()

        {
            this.InitializeComponent();

            //タイマーの準備
            timer = new DispatcherTimer();
            timer.Interval = TimeSpan.FromMilliseconds(500);    //500ミリ秒毎
            timer.Tick += Timer_Tick;       //タイマーイベントの登録
            InitGPIO();                     //GPIO初期化
            if (pin != null)
            {
                timer.Start();
            }
        }

        private void InitGPIO()
        {
            var gpio = GpioController.GetDefault();     //GPIOを制御とするためのクラスを取得

            if (gpio == null)
            {
                pin = null;
                Debug.WriteLine("GPIOを初期化できません.");
                return;
            }

            pin = gpio.OpenPin(LED_PIN);
            pinValue = GpioPinValue.High;
            pin.Write(pinValue);                        //GPIO47をHighに設定
            pin.SetDriveMode(GpioPinDriveMode.Output);  //GPIO47を出力モードに設定

            Debug.WriteLine("GPIOを初期化しました。");
        }

        private void Timer_Tick(object sender,object e)
        {
            if (pinValue == GpioPinValue.High)
            //GPIOがHighの時
            {
                pinValue = GpioPinValue.Low;
                pin.Write(pinValue);             
            }
            else
            //GPIOがLowの時
            {
                pinValue = GpioPinValue.High;
                pin.Write(pinValue);
            }
        }
    }
}

・ターゲットをARMにします。

・リモートコンピューターの設定をします。認証モードはなしに、アドレスはRPi2のIPアドレスです。

・リモートコンピューターをクリックしてデバッグを実行します。エラーが出る場合は一度RPi2を再起動してください。

無事プログラムが動作すればACT LEDが点滅することが確認できます。
LED_PINを47から35へ変更するとPWR LEDを点滅させることができます。

以上になります。